Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 TM7SF3-201ENST00000343028 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 SH3BP5-203ENST00000408919 1880 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 FBLN7-205ENST00000409903 1989 ntTSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 LDHAL6A-202ENST00000396213 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 AC009041.2-206ENST00000563863 1728 ntTSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 AC008073.3-201ENST00000610442 2281 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 PRSS23-209ENST00000533902 2043 ntTSL 4 BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 GAS2L1-208ENST00000616432 2925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 LY6E-207ENST00000520466 1419 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 PLD3-205ENST00000409419 1966 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.35■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 AP004609.1-201ENST00000498872 1646 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 LCE1B-201ENST00000360090 1139 ntAPPRIS P1 BASIC18.35■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 YWHAZ-203ENST00000395951 964 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 SDCCAG3P1-201ENST00000589292 1150 ntBASIC18.35■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 AC008992.1-201ENST00000591132 446 ntTSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 NXNL2-205ENST00000618633 739 ntTSL 5 BASIC18.35■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 LRRC36-201ENST00000329956 2395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 WNK1-203ENST00000447667 1902 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 ADAMTS10-205ENST00000595838 2458 ntTSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 GPX3-209ENST00000614343 1478 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 CD19-202ENST00000538922 1957 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.35■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 CRTC1-203ENST00000594658 2384 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 RPS2P28-201ENST00000314255 741 ntBASIC18.34■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 TNNT3-203ENST00000381557 1019 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 DMKN-206ENST00000418261 1257 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 EEF1D-223ENST00000528610 923 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 EEF1D-238ENST00000531621 840 ntTSL 3 BASIC18.34■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 SDR39U1-202ENST00000538105 1041 ntTSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 AC008105.3-202ENST00000585471 1077 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 AP002449.1-201ENST00000588211 474 ntTSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 FUT6-212ENST00000592563 1095 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 ZIC4-212ENST00000484399 1774 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 DPP10-203ENST00000393147 2758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 GNA11-201ENST00000078429 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 AC004817.3-201ENST00000602957 2129 ntBASIC18.34■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 LRRC27-201ENST00000344079 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 CLDN14-203ENST00000399136 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 ARHGAP22-203ENST00000374172 2380 ntTSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 MOXD1-203ENST00000392401 2191 ntTSL 4 BASIC18.34■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 ZNF281-202ENST00000367352 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 DAP3-214ENST00000471642 1671 ntTSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 STARD10-213ENST00000538536 1678 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 SDCBP2-204ENST00000381812 1550 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 RAB7A-201ENST00000265062 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 SPDYC-201ENST00000377185 991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 CTNS-203ENST00000399306 803 ntTSL 3 BASIC18.34■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 LBH-203ENST00000404397 543 ntTSL 4 BASIC18.34■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 HTR5BP-201ENST00000430851 1154 ntBASIC18.34■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 CRCP-205ENST00000431089 942 ntTSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 RNA5SP416-201ENST00000516838 111 ntBASIC18.34■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 ERI1-203ENST00000519292 2107 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 AC126763.1-201ENST00000552015 2118 ntBASIC18.34■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 AC105339.3-201ENST00000560043 636 ntBASIC18.34■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 GAK-222ENST00000618573 1248 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 AL662799.1-201ENST00000630418 496 ntTSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 C11orf80-203ENST00000525449 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 ZNF296-201ENST00000303809 1744 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 SIKE1-201ENST00000060969 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 CYP2D7-208ENST00000614967 1504 ntTSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 RER1-202ENST00000378512 1404 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 NADK2-206ENST00000506945 1437 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 CNEP1R1-203ENST00000458059 2965 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 TMEM109-201ENST00000227525 2413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 MORN1-203ENST00000378531 1798 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 POLE2-202ENST00000539565 1792 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 AURKA-202ENST00000347343 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 PGAP3-206ENST00000579146 2220 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 APOA4-201ENST00000357780 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 MRPL28-201ENST00000199706 1098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 ZNF593-201ENST00000270812 698 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 AL135791.1-201ENST00000429214 826 ntTSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 KRT18P2-201ENST00000447938 1258 ntBASIC18.33■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 AC069503.2-201ENST00000546333 576 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 COX5A-204ENST00000567270 579 ntTSL 3 BASIC18.33■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 HLA-A-203ENST00000376809 1611 ntAPPRIS P1 BASIC18.33■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 GFI1B-208ENST00000636263 1604 ntTSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 IL17RC-215ENST00000455057 2244 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 EOMES-202ENST00000449599 2829 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 ARFRP1-208ENST00000612256 2974 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 GTF2H4-202ENST00000376316 1673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 HMCES-201ENST00000383463 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 KLC1-217ENST00000554280 2426 ntTSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 MVK-201ENST00000228510 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 SYNE4-201ENST00000324444 1354 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 ZGPAT-202ENST00000355969 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 CEP78-202ENST00000376597 2618 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 FOXP3-206ENST00000557224 1371 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 C11orf58-201ENST00000228136 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 ZNF561-AS1-204ENST00000587536 1799 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 HCCS-202ENST00000380762 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 AC073621.1-201ENST00000392730 636 ntBASIC18.32■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 METTL21A-202ENST00000406927 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 JMJD7-203ENST00000408047 1192 ntTSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 PIGBOS1-201ENST00000436697 866 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 AC002347.1-201ENST00000569543 541 ntBASIC18.32■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 AC008687.7-201ENST00000593309 920 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 ZNF772-206ENST00000600175 737 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29 ms