Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 MYD88-211ENST00000495303 976 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 AC004080.5-201ENST00000498652 368 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 PLXND1-205ENST00000504689 546 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 AC034232.1-201ENST00000506026 1064 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 AC087388.1-201ENST00000571370 1112 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 TK1-205ENST00000590862 642 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 HOTAIR-201ENST00000424518 2421 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 TMEM263-204ENST00000548125 3349 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 RNFT2-202ENST00000319176 2180 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 AC020922.1-201ENST00000591954 3058 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 OGFOD2-212ENST00000538755 1949 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 NKX2-1-203ENST00000518149 2583 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 RGS20-203ENST00000344277 1667 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 PPP2R2C-206ENST00000507294 1667 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 SPSB3-201ENST00000301717 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 POMC-204ENST00000405623 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 RSPO4-201ENST00000217260 2707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 ERICH1-201ENST00000262109 1813 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 PDIA2-202ENST00000404312 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 MRM2-203ENST00000440306 1570 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 EMC8-201ENST00000253457 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 CNNM3-201ENST00000305510 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 SNTB2-201ENST00000336278 9789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 LY6E-203ENST00000517503 1335 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 AC107464.1-203ENST00000468356 2120 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 FIBCD1-201ENST00000372337 1868 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 AL354751.1-201ENST00000412768 1863 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 SP7-203ENST00000537210 1472 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 PDE4D-204ENST00000358923 2969 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 TAL1-202ENST00000371884 4642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 CAPN1-201ENST00000279247 3007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 SP100-208ENST00000427101 1922 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 DPYSL4-202ENST00000368627 1545 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 TADA3-201ENST00000301964 2355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 AL390961.4-201ENST00000623958 2535 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 LCN8-201ENST00000371688 867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 DDRGK1-202ENST00000380201 1128 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 SMYD3-204ENST00000403792 1209 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 LTBR-211ENST00000543190 785 ntTSL 3 BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 CADM1-222ENST00000616271 1246 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 FGFR3-202ENST00000340107 4293 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 PTP4A3-202ENST00000349124 2710 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 FLYWCH1P1-201ENST00000460917 1874 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 HEXB-207ENST00000511181 2021 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 PRELID3A-209ENST00000592149 2001 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 DAG1-220ENST00000539901 5665 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 RBM17-201ENST00000379888 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 PCBP4-210ENST00000471622 1784 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 PRRT2-212ENST00000636619 2065 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 POC1B-GALNT4-201ENST00000547474 2207 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 SLC44A3-201ENST00000271227 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 PMEPA1-202ENST00000341744 4845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 FNBP1-201ENST00000355681 1977 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 AL096828.2-201ENST00000567259 1965 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 FBXL7-202ENST00000504595 4562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 UBE2E1-202ENST00000346855 1398 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 CHRNB4-202ENST00000412074 1355 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 IL17RC-201ENST00000295981 2621 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 GAB3-203ENST00000424127 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 FBXO44-201ENST00000251546 1896 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 UNC13A-206ENST00000552293 5314 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 SERPINE2-206ENST00000447280 1716 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 TPGS2-219ENST00000593035 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 PIP4K2C-202ENST00000422156 1558 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 GMCL1P1-201ENST00000463439 1581 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 ARSI-203ENST00000515301 1429 ntTSL 4 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 VPS37A-201ENST00000324849 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 ARMC10P1-201ENST00000313754 855 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 TNNI3-201ENST00000344887 840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 LCE3D-201ENST00000368787 613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 ROMO1-205ENST00000397416 288 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 MOK-234ENST00000524370 1165 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 C12orf76-204ENST00000547573 607 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 C17orf49-208ENST00000552402 760 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 CLDN7-204ENST00000571881 735 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 EEF2KMT-206ENST00000587133 873 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 mascRNA-menRNA.2-201ENST00000616984 58 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 BAZ1A-203ENST00000382422 5775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 RUVBL1-202ENST00000464873 2126 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 PLCG1-AS1-201ENST00000454626 1462 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 AKIRIN1-201ENST00000372984 1330 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 VPS37D-202ENST00000451519 1303 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 NEK2-205ENST00000540251 1318 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 UBE2I-207ENST00000406620 1842 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 AC022916.1-201ENST00000590478 2658 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 KRT5-201ENST00000252242 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 MST1R-214ENST00000613534 2025 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 AC005332.8-201ENST00000622750 2735 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 EIF3C-211ENST00000566866 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 ATXN2-227ENST00000616825 4575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 HOPX-201ENST00000317745 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 HLA-F-217ENST00000334668 1283 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 CD1E-210ENST00000368165 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 CHTOP-202ENST00000368687 1094 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 ICAM4-202ENST00000380770 1211 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 ISCU-202ENST00000392807 1069 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 MALL-203ENST00000427178 1070 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 ISCU-203ENST00000431221 799 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 HLA-F-220ENST00000434407 884 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 PVRIG2P-201ENST00000435460 978 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55.6 ms