Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 MMP11-201ENST00000215743 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 ADM-207ENST00000530439 1839 ntTSL 2 BASIC19.95■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 PPIC-201ENST00000306442 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 MAST2-201ENST00000361297 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 C19orf25-202ENST00000436106 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 MED29-202ENST00000594368 1471 ntTSL 2 BASIC19.94■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 MTSS1-203ENST00000431961 1711 ntTSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 FBXL20-205ENST00000583610 1739 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.94■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 ZNF582-207ENST00000619584 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 CD72-201ENST00000259633 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 SFTPC-201ENST00000318561 997 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 AL512785.2-202ENST00000367932 830 ntTSL 4 BASIC19.94■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 AL355310.2-201ENST00000369843 688 ntTSL 3 BASIC19.94■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 MKNK2P1-201ENST00000437526 628 ntBASIC19.94■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 AC026191.1-201ENST00000491930 829 ntTSL 3 BASIC19.94■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 BAX-213ENST00000539787 458 ntTSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 SPCS2P1-201ENST00000561636 679 ntBASIC19.94■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 COX5A-202ENST00000562233 441 ntTSL 3 BASIC19.94■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 ATP6V0C-202ENST00000564973 1081 ntTSL 2 BASIC19.94■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 PTPRS-208ENST00000590509 893 ntTSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 AC239800.4-201ENST00000603712 296 ntBASIC19.94■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 MTFR1L-202ENST00000374301 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 HDAC11-221ENST00000522202 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.94■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 ENGASE-205ENST00000579016 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 CBWD1-202ENST00000356521 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 OSMR-202ENST00000502536 1740 ntTSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 NPNT-204ENST00000453617 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.93■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 CCDC47-202ENST00000403162 2195 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.93■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 PMPCAP1-201ENST00000508114 1576 ntBASIC19.93■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 TYROBP-201ENST00000262629 568 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 CRADD-201ENST00000332896 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 ADARB2-201ENST00000381305 703 ntTSL 2 BASIC19.93■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 PRYP5-201ENST00000451909 266 ntBASIC19.93■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 NDUFA6-202ENST00000498737 1256 ntTSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 TCAP-202ENST00000578283 583 ntTSL 5 BASIC19.93■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 AC005944.1-201ENST00000592758 564 ntTSL 3 BASIC19.93■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 AC011467.4-201ENST00000594891 528 ntBASIC19.93■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 CRB3-204ENST00000600229 1078 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.93■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 NDUFA6-203ENST00000602404 1080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 PDCD6-214ENST00000628729 1073 ntTSL 5 BASIC19.93■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 HPS6-201ENST00000299238 2649 ntAPPRIS P1 BASIC19.93■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 ST6GALNAC4-201ENST00000335791 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 FGFR1-214ENST00000447712 5900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 ALDOA-212ENST00000564546 2104 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 FGFR1-241ENST00000619564 5482 ntTSL 5 BASIC19.92■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 EXOC3L2-202ENST00000413988 2964 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.92■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 RASGRP1-201ENST00000310803 5023 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 RASGRP1-204ENST00000539159 5021 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.92■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 ATXN7L2-202ENST00000369870 2318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 ARHGAP22-210ENST00000477708 1951 ntTSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 PCDHA13-203ENST00000617769 2427 ntAPPRIS ALT2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 FAM57A-201ENST00000301324 2013 ntTSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 PLAUR-201ENST00000221264 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 SLC34A3-201ENST00000361134 2124 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 BAIAP2L2-202ENST00000381669 2146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 XXYLT1-204ENST00000429994 865 ntTSL 3 BASIC19.92■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 RNASE10-202ENST00000430083 1172 ntTSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 AKIRIN1-203ENST00000446189 1243 ntTSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 AC112698.1-201ENST00000510299 916 ntBASIC19.92■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 AL121820.2-201ENST00000556301 279 ntTSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 SWI5-206ENST00000608796 906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 AC106028.4-201ENST00000614509 607 ntBASIC19.92■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 C15orf56-202ENST00000623360 2129 ntTSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 AC010507.1-202ENST00000633286 381 ntTSL 3 BASIC19.92■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 CNNM1-201ENST00000356713 5959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 SERHL2-203ENST00000340239 1315 ntTSL 5 BASIC19.92■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 CAPS-201ENST00000452990 1789 ntTSL 5 BASIC19.92■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 GRK4-203ENST00000398052 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 AC073130.3-201ENST00000624389 2278 ntBASIC19.92■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 TAF4-201ENST00000252996 4628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 DYRK2-202ENST00000344096 8912 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 NR1H2-201ENST00000253727 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 SNX17-201ENST00000233575 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 C12orf42-201ENST00000378113 1513 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.92■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 KANK3-203ENST00000593649 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 SLC34A3-202ENST00000538474 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.91■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 DMRT2-204ENST00000382251 2292 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.91■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 DHRS7-201ENST00000216500 2322 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.91■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 KCNMA1-252ENST00000639120 2308 ntTSL 5 BASIC19.91■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 UPK2-201ENST00000264031 916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 ARMC12-201ENST00000288065 1169 ntTSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 SFT2D1-201ENST00000361731 1079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 AC244107.1-201ENST00000442033 332 ntBASIC19.91■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 LINC00899-202ENST00000444890 493 ntTSL 3 BASIC19.91■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 COX20P2-201ENST00000452636 358 ntBASIC19.91■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 PAEP-208ENST00000479141 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 SUMO2P17-202ENST00000508743 738 ntTSL 3 BASIC19.91■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 HOXC-AS3-202ENST00000513165 533 ntTSL 3 BASIC19.91■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 ANKRD13D-218ENST00000515828 1111 ntTSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 CYB561D1-208ENST00000528785 1271 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.91■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 CYB561D1-209ENST00000533024 913 ntTSL 2 BASIC19.91■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 AC092384.3-201ENST00000561980 531 ntTSL 4 BASIC19.91■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 AC127496.4-201ENST00000571591 549 ntTSL 4 BASIC19.91■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 TMEM220-203ENST00000578345 559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.91■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 AC068594.1-203ENST00000581153 695 ntTSL 2 BASIC19.91■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 AC011498.3-201ENST00000590159 569 ntTSL 4 BASIC19.91■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 ELL2P1-201ENST00000413990 1906 ntBASIC19.91■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 SMARCD2-203ENST00000448276 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 ACD-201ENST00000219251 2052 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.91■□□□□ 0.78
COL6A1P12109 MSLN-205ENST00000563941 2109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.3 ms