Protein–RNA interactions for Protein: P02461

COL3A1, Collagen alpha-1(III) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL3A1P02461 APLP2-210ENST00000528499 2530 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL3A1P02461 CPSF3-201ENST00000238112 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL3A1P02461 SOST-201ENST00000301691 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL3A1P02461 NADK2-206ENST00000506945 1437 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL3A1P02461 MACF1-233ENST00000602421 1423 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL3A1P02461 FDFT1-226ENST00000623368 2368 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL3A1P02461 ECEL1-201ENST00000304546 2865 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL3A1P02461 TMEM235-201ENST00000374946 2409 ntTSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL3A1P02461 PDE8A-202ENST00000339708 2663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL3A1P02461 DNAJC28-203ENST00000402202 1480 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL3A1P02461 IMP4-201ENST00000259239 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL3A1P02461 POLR3E-209ENST00000564209 2464 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL3A1P02461 CACNG7-201ENST00000222212 1016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL3A1P02461 PRSS38-201ENST00000366757 1267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL3A1P02461 ACP6-203ENST00000487562 1258 ntTSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL3A1P02461 MRPL49-206ENST00000531705 489 ntTSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL3A1P02461 EFCAB11-211ENST00000556609 568 ntTSL 3 BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL3A1P02461 AL512357.1-201ENST00000557687 518 ntTSL 4 BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL3A1P02461 TRAF7-205ENST00000567653 666 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL3A1P02461 AC008735.1-201ENST00000592252 802 ntTSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL3A1P02461 AC020909.1-201ENST00000599632 1265 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL3A1P02461 LINC00454-206ENST00000609861 841 ntTSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL3A1P02461 RAB34-226ENST00000636772 1180 ntTSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL3A1P02461 CYP4F2-201ENST00000011989 2067 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL3A1P02461 GPT-202ENST00000394955 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL3A1P02461 TCIRG1-213ENST00000532635 2457 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL3A1P02461 POLR1D-220ENST00000637071 1943 ntTSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL3A1P02461 TDRKH-207ENST00000458431 2768 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL3A1P02461 SEMA3B-209ENST00000456560 2221 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL3A1P02461 HLA-DQB1-201ENST00000374943 1656 ntBASIC23.85■■□□□ 1.41
COL3A1P02461 ADRA1A-201ENST00000276393 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
COL3A1P02461 NSUN5P2-201ENST00000388955 1789 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
COL3A1P02461 HYAL1-204ENST00000395144 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
COL3A1P02461 TCP11-228ENST00000611141 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
COL3A1P02461 GAS2L1-210ENST00000621062 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
COL3A1P02461 AC004870.1-201ENST00000315132 882 ntBASIC23.84■■□□□ 1.41
COL3A1P02461 PHPT1-202ENST00000371661 985 ntTSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
COL3A1P02461 KCNAB2-205ENST00000378092 1202 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
COL3A1P02461 C2orf82-202ENST00000409230 663 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC23.84■■□□□ 1.41
COL3A1P02461 LINC02247-201ENST00000417135 743 ntTSL 3 BASIC23.84■■□□□ 1.41
COL3A1P02461 FAAHP1-202ENST00000446499 1238 ntBASIC23.84■■□□□ 1.41
COL3A1P02461 SLC25A6P4-201ENST00000586535 553 ntBASIC23.84■■□□□ 1.41
COL3A1P02461 DBN1-201ENST00000292385 3072 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
COL3A1P02461 SIGIRR-203ENST00000431843 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
COL3A1P02461 DICER1-AS1-204ENST00000554631 1709 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
COL3A1P02461 SLCO4A1-201ENST00000217159 2776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
COL3A1P02461 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
COL3A1P02461 FLJ13224-201ENST00000313737 1514 ntBASIC23.83■■□□□ 1.41
COL3A1P02461 P3H1-204ENST00000397054 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
COL3A1P02461 TRABD2A-202ENST00000409133 1554 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
COL3A1P02461 FNBP1-201ENST00000355681 1977 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
COL3A1P02461 PML-211ENST00000564428 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
COL3A1P02461 EGFL6-201ENST00000361306 2398 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
COL3A1P02461 PRELID3A-209ENST00000592149 2001 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
COL3A1P02461 CCDC78-201ENST00000293889 1611 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
COL3A1P02461 EMX2-203ENST00000553456 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
COL3A1P02461 PCCA-202ENST00000376285 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
COL3A1P02461 RHOT1-202ENST00000354266 2919 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
COL3A1P02461 MCRIP2-201ENST00000307650 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
COL3A1P02461 PTPMT1-201ENST00000326656 928 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
COL3A1P02461 CCNG1-208ENST00000510664 994 ntTSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.41
COL3A1P02461 WSCD1-209ENST00000574232 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.41
COL3A1P02461 AC020934.1-201ENST00000588469 739 ntTSL 3 BASIC23.83■■□□□ 1.41
COL3A1P02461 ECSIT-207ENST00000588998 818 ntTSL 3 BASIC23.83■■□□□ 1.41
COL3A1P02461 PLEKHH3-204ENST00000591022 2983 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
COL3A1P02461 C8orf46-215ENST00000522977 1347 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
COL3A1P02461 RNPS1-205ENST00000561718 1806 ntTSL 3 BASIC23.83■■□□□ 1.41
COL3A1P02461 PORCN-205ENST00000367574 1368 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
COL3A1P02461 PORCN-214ENST00000537758 1371 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
COL3A1P02461 TPCN2-201ENST00000294309 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
COL3A1P02461 GPC2-201ENST00000292377 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
COL3A1P02461 HEXB-207ENST00000511181 2021 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
COL3A1P02461 PROK2-202ENST00000353065 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
COL3A1P02461 GATM-201ENST00000396659 2597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
COL3A1P02461 LHFPL6-201ENST00000379589 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
COL3A1P02461 KIF25-203ENST00000443060 1613 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.4
COL3A1P02461 PNMA6E-201ENST00000445091 2192 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.4
COL3A1P02461 OTUD1-201ENST00000376495 2933 ntAPPRIS P1 BASIC23.82■■□□□ 1.4
COL3A1P02461 ARHGAP11A-208ENST00000567348 2422 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
COL3A1P02461 CBS-203ENST00000398158 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
COL3A1P02461 CBSL-206ENST00000624406 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
COL3A1P02461 CD14-201ENST00000302014 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
COL3A1P02461 TCTN1-204ENST00000397659 1885 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
COL3A1P02461 GATA2-203ENST00000487848 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
COL3A1P02461 TMEM150B-201ENST00000326652 943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
COL3A1P02461 MUC1-204ENST00000343256 648 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
COL3A1P02461 AC009078.2-202ENST00000463353 338 ntBASIC23.82■■□□□ 1.4
COL3A1P02461 AP002469.2-201ENST00000531724 424 ntBASIC23.82■■□□□ 1.4
COL3A1P02461 AK2-210ENST00000548033 936 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
COL3A1P02461 FAM57A-205ENST00000572018 373 ntTSL 3 BASIC23.82■■□□□ 1.4
COL3A1P02461 MIR5100-201ENST00000579544 119 ntBASIC23.82■■□□□ 1.4
COL3A1P02461 ZNF772-206ENST00000600175 737 ntTSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
COL3A1P02461 AC011247.3-202ENST00000605062 570 ntTSL 4 BASIC23.82■■□□□ 1.4
COL3A1P02461 LDHAL6A-203ENST00000615355 1042 ntTSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
COL3A1P02461 ABCG4-206ENST00000622721 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
COL3A1P02461 AC097374.2-201ENST00000618617 1306 ntBASIC23.82■■□□□ 1.4
COL3A1P02461 ENTPD2-202ENST00000355097 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
COL3A1P02461 CD151-203ENST00000397421 1486 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
COL3A1P02461 GGT3P-201ENST00000412448 2340 ntTSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
COL3A1P02461 RNF32-201ENST00000311822 1842 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56 ms