Protein–RNA interactions for Protein: Q92994

BRF1, Transcription factor IIIB 90 kDa subunit, humanhuman

Predictions only

Length 677 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRF1Q92994 AC079602.3-201ENST00000623931 403 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
BRF1Q92994 BOD1L2-201ENST00000585477 3239 ntAPPRIS P1 BASIC21.42■■□□□ 1.02
BRF1Q92994 HERPUD2-202ENST00000396081 3057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
BRF1Q92994 MAPK8IP3-216ENST00000610761 5626 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
BRF1Q92994 ASB13-201ENST00000357700 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
BRF1Q92994 MAFF-201ENST00000338483 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
BRF1Q92994 SLX1B-SULT1A4-201ENST00000344620 2424 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
BRF1Q92994 NOX4-201ENST00000263317 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
BRF1Q92994 GABBR1-204ENST00000377016 4299 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
BRF1Q92994 TNFAIP2-201ENST00000333007 4175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
BRF1Q92994 GLB1-202ENST00000307377 2018 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
BRF1Q92994 CCDC63-202ENST00000545036 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
BRF1Q92994 COPS7A-210ENST00000539735 1832 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
BRF1Q92994 PAK4-209ENST00000599470 1715 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
BRF1Q92994 GUCA1A-202ENST00000372958 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
BRF1Q92994 FLJ13224-201ENST00000313737 1514 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
BRF1Q92994 JAKMIP1-202ENST00000409021 2975 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
BRF1Q92994 CRMP1-202ENST00000397890 2911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
BRF1Q92994 EPHX4-201ENST00000370383 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
BRF1Q92994 KLK14-201ENST00000156499 1060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
BRF1Q92994 PTP4A3-206ENST00000524028 963 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
BRF1Q92994 DYNLL1-205ENST00000548342 662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
BRF1Q92994 SLC9A3R2-208ENST00000566198 1199 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
BRF1Q92994 FAM104A-205ENST00000581110 512 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
BRF1Q92994 C16orf74-207ENST00000602914 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
BRF1Q92994 CXXC1-202ENST00000412036 2280 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
BRF1Q92994 RBCK1-203ENST00000382181 2208 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
BRF1Q92994 ANKRD6-204ENST00000447838 2968 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
BRF1Q92994 SLMAP-201ENST00000295951 5433 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
BRF1Q92994 FGFR1-203ENST00000341462 6054 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
BRF1Q92994 RUSC2-202ENST00000455600 5636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
BRF1Q92994 C18orf21-205ENST00000592875 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
BRF1Q92994 SPACA1-201ENST00000237201 1499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
BRF1Q92994 TMEM263-204ENST00000548125 3349 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
BRF1Q92994 TSLP-203ENST00000420978 2621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
BRF1Q92994 NDUFAF2-201ENST00000296597 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
BRF1Q92994 MRPL52-201ENST00000311892 1042 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
BRF1Q92994 LCE3C-201ENST00000333881 425 ntAPPRIS P1 BASIC21.4■■□□□ 1.02
BRF1Q92994 CAPN10-203ENST00000352879 862 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
BRF1Q92994 CHTOP-202ENST00000368687 1094 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
BRF1Q92994 GNG5-202ENST00000370645 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
BRF1Q92994 COMTD1-201ENST00000372538 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
BRF1Q92994 ST6GALNAC4P1-201ENST00000435385 499 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
BRF1Q92994 AC134772.1-201ENST00000438872 885 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
BRF1Q92994 HOXD8-203ENST00000450510 1268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
BRF1Q92994 AC009185.1-201ENST00000517634 911 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
BRF1Q92994 RBM42-202ENST00000586618 771 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
BRF1Q92994 AC011498.2-201ENST00000588798 540 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
BRF1Q92994 UBA52-210ENST00000598780 668 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
BRF1Q92994 ISOC2-201ENST00000085068 1122 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
BRF1Q92994 TEFM-205ENST00000581216 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
BRF1Q92994 CYP4F8-210ENST00000612078 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
BRF1Q92994 UBE2I-207ENST00000406620 1842 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
BRF1Q92994 RNFT2-204ENST00000407967 2415 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
BRF1Q92994 HOTAIR-201ENST00000424518 2421 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
BRF1Q92994 SPOPL-201ENST00000280098 6025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
BRF1Q92994 IL17RC-206ENST00000416074 2342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
BRF1Q92994 PHLDA1-202ENST00000602540 5741 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
BRF1Q92994 PLEKHB1-203ENST00000398492 2275 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
BRF1Q92994 UNC5CL-202ENST00000373164 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
BRF1Q92994 AC127496.1-202ENST00000573602 2091 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
BRF1Q92994 STARD10-218ENST00000543304 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
BRF1Q92994 ZFYVE21-202ENST00000311141 1383 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
BRF1Q92994 INPP5J-205ENST00000404390 2215 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
BRF1Q92994 WDR59-202ENST00000536050 1752 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
BRF1Q92994 SELENOF-202ENST00000370554 1220 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
BRF1Q92994 ST8SIA1-202ENST00000381424 1036 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
BRF1Q92994 CDKN2AIPNL-202ENST00000458198 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
BRF1Q92994 APBB3-216ENST00000511201 1014 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
BRF1Q92994 ABHD14B-208ENST00000525795 980 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.39■■□□□ 1.01
BRF1Q92994 OAF-202ENST00000531220 815 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.39■■□□□ 1.01
BRF1Q92994 CDKN3-209ENST00000556102 938 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
BRF1Q92994 NDUFAB1-201ENST00000007516 717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
BRF1Q92994 AC093627.4-201ENST00000484550 5008 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
BRF1Q92994 TJP3-205ENST00000587686 2946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
BRF1Q92994 DUS1L-201ENST00000306796 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
BRF1Q92994 KCTD12-201ENST00000377474 6225 ntAPPRIS P1 BASIC21.39■■□□□ 1.01
BRF1Q92994 BCL7A-203ENST00000538010 6247 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
BRF1Q92994 ZZZ3-201ENST00000370798 2468 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
BRF1Q92994 TRAF3-203ENST00000392745 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
BRF1Q92994 TMEM59L-201ENST00000262817 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
BRF1Q92994 JMJD6-202ENST00000397625 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
BRF1Q92994 MATN4-205ENST00000537548 1991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
BRF1Q92994 PDIA2-202ENST00000404312 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
BRF1Q92994 TNPO2-203ENST00000450764 4993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
BRF1Q92994 CD14-201ENST00000302014 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
BRF1Q92994 NR4A1-203ENST00000394824 2639 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
BRF1Q92994 FNBP1-203ENST00000443566 5227 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
BRF1Q92994 CHTF8-203ENST00000448552 2903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
BRF1Q92994 PSTPIP1-201ENST00000379595 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
BRF1Q92994 TBXA2R-204ENST00000589966 1814 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
BRF1Q92994 NARF-204ENST00000390006 1766 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
BRF1Q92994 WNT9B-201ENST00000290015 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
BRF1Q92994 ACVRL1-202ENST00000419526 1356 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
BRF1Q92994 ACOXL-205ENST00000439055 2373 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
BRF1Q92994 MB21D2-201ENST00000392452 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
BRF1Q92994 AC132938.6-201ENST00000623828 1655 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
BRF1Q92994 RAI2-201ENST00000331511 2317 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
BRF1Q92994 CDC25B-202ENST00000340833 1978 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
BRF1Q92994 KIRREL2-205ENST00000592409 2563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.4 ms