Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 SAMD5-201ENST00000367474 6089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
SDC1P18827 TMEM214-201ENST00000238788 2990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
SDC1P18827 RAB17-201ENST00000264601 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
SDC1P18827 CHCHD6-201ENST00000290913 1006 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
SDC1P18827 PHYKPL-201ENST00000308158 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
SDC1P18827 CFL1-201ENST00000308162 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
SDC1P18827 MCM9-201ENST00000316068 2442 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
SDC1P18827 PKP3-201ENST00000331563 2809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
SDC1P18827 ARHGAP8-202ENST00000356099 1584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
SDC1P18827 FIBCD1-201ENST00000372337 1868 ntTSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
SDC1P18827 CALML5-201ENST00000380332 859 ntAPPRIS P1 BASIC17.34■□□□□ 0.37
SDC1P18827 DNPH1-202ENST00000393987 796 ntTSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
SDC1P18827 KRTAP5-3-201ENST00000399685 899 ntAPPRIS P1 BASIC17.34■□□□□ 0.37
SDC1P18827 CXXC1-202ENST00000412036 2280 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
SDC1P18827 AL161452.1-201ENST00000415062 1117 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
SDC1P18827 TEX264-204ENST00000415259 2290 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
SDC1P18827 TSPY1-201ENST00000423647 1171 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
SDC1P18827 NCAM1-AS1-201ENST00000526229 1081 ntTSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
SDC1P18827 DVL2-201ENST00000005340 3018 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
SDC1P18827 WIPI1-202ENST00000546360 1575 ntTSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
SDC1P18827 KRT18P55-202ENST00000578578 1546 ntBASIC17.34■□□□□ 0.37
SDC1P18827 VLDLR-AS1-205ENST00000599229 1346 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
SDC1P18827 AC020913.2-201ENST00000601929 629 ntTSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
SDC1P18827 FAM87A-204ENST00000613235 858 ntBASIC17.34■□□□□ 0.37
SDC1P18827 FP565260.3-205ENST00000620481 816 ntTSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
SDC1P18827 CNST-202ENST00000366512 2422 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
SDC1P18827 ESPN-216ENST00000636330 4731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.37
SDC1P18827 FIGNL2-201ENST00000564840 4693 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.37
SDC1P18827 POLR1D-221ENST00000637180 2262 ntTSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.37
SDC1P18827 HECTD2-203ENST00000371681 2175 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.37
SDC1P18827 CLDND1-204ENST00000394185 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.37
SDC1P18827 CREG2-201ENST00000324768 6383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
SDC1P18827 GINM1-201ENST00000367419 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
SDC1P18827 DPYSL3-202ENST00000398514 5309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
SDC1P18827 SGSM2-201ENST00000268989 4863 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
SDC1P18827 ICA1-208ENST00000407906 1615 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
SDC1P18827 STN1-201ENST00000224950 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
SDC1P18827 NFKBIL1-201ENST00000376145 1401 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
SDC1P18827 IFFO1-201ENST00000336604 2686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
SDC1P18827 NEK2-205ENST00000540251 1318 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
SDC1P18827 ROMO1-205ENST00000397416 288 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.33■□□□□ 0.36
SDC1P18827 AC009487.1-202ENST00000437683 402 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
SDC1P18827 LY6E-211ENST00000521699 1256 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.36
SDC1P18827 KLK7-206ENST00000597707 1054 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
SDC1P18827 AC024243.1-201ENST00000609234 778 ntBASIC17.33■□□□□ 0.36
SDC1P18827 CNNM3-201ENST00000305510 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
SDC1P18827 BPGM-202ENST00000393132 2051 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.36
SDC1P18827 SEMA6C-209ENST00000613223 1950 ntTSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.36
SDC1P18827 ARFGAP2-229ENST00000627920 2613 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
SDC1P18827 GPRC5B-201ENST00000300571 5213 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
SDC1P18827 CDK11A-203ENST00000357760 2446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
SDC1P18827 CDK11A-204ENST00000358779 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
SDC1P18827 CDK11A-206ENST00000378638 2429 ntTSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
SDC1P18827 C1orf159-204ENST00000379339 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
SDC1P18827 CDK11A-208ENST00000404249 2449 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
SDC1P18827 APEH-202ENST00000438011 2249 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
SDC1P18827 LUC7L-201ENST00000293872 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
SDC1P18827 NME9-203ENST00000383180 2133 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
SDC1P18827 TAX1BP3-201ENST00000225525 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
SDC1P18827 MAFK-201ENST00000343242 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
SDC1P18827 C18orf8-208ENST00000590868 2002 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
SDC1P18827 NUDT16L1-201ENST00000304301 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
SDC1P18827 MMP23A-201ENST00000234610 1017 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
SDC1P18827 KRAS-201ENST00000256078 1119 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
SDC1P18827 HIST1H2AM-201ENST00000359611 393 ntAPPRIS P1 BASIC17.32■□□□□ 0.36
SDC1P18827 TMEM88B-201ENST00000378821 492 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
SDC1P18827 HDAC11-205ENST00000404548 577 ntTSL 4 BASIC17.32■□□□□ 0.36
SDC1P18827 ANK1-211ENST00000522231 1060 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
SDC1P18827 ANK1-212ENST00000522543 1160 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
SDC1P18827 FAU-207ENST00000529639 847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
SDC1P18827 SIGLEC15-202ENST00000546268 1054 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
SDC1P18827 SLC9A3R2-208ENST00000566198 1199 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
SDC1P18827 NUDT16L1-203ENST00000586252 922 ntTSL 3 BASIC17.32■□□□□ 0.36
SDC1P18827 RNF165-206ENST00000590330 1049 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
SDC1P18827 DNAJB6-218ENST00000634080 1005 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
SDC1P18827 RABL6-201ENST00000311502 3091 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
SDC1P18827 PRKCB-202ENST00000321728 2689 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
SDC1P18827 NCCRP1-201ENST00000339852 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
SDC1P18827 T-201ENST00000296946 2436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
SDC1P18827 TFEB-201ENST00000230323 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
SDC1P18827 THOC3-212ENST00000628318 1442 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
SDC1P18827 UNKL-204ENST00000389221 5116 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
SDC1P18827 SEPT11-201ENST00000264893 5593 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
SDC1P18827 FBXL17-201ENST00000359660 4510 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
SDC1P18827 SEL1L3-202ENST00000399878 4520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
SDC1P18827 MXRA8-202ENST00000342753 2231 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
SDC1P18827 NUMBL-207ENST00000598779 2249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
SDC1P18827 HSCB-201ENST00000216027 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
SDC1P18827 UPK3B-201ENST00000257632 1296 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
SDC1P18827 S100A16-203ENST00000368705 956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
SDC1P18827 UPK3B-203ENST00000394849 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
SDC1P18827 C21orf91-202ENST00000400558 1090 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
SDC1P18827 CYB561D2-204ENST00000424512 1212 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
SDC1P18827 FBXO32-202ENST00000443022 1227 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
SDC1P18827 ECEL1P2-202ENST00000465689 757 ntBASIC17.31■□□□□ 0.36
SDC1P18827 PLXND1-205ENST00000504689 546 ntTSL 3 BASIC17.31■□□□□ 0.36
SDC1P18827 PRTN3-202ENST00000544537 1036 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
SDC1P18827 TMEM249-203ENST00000565365 975 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC17.31■□□□□ 0.36
SDC1P18827 AC022154.1-201ENST00000600303 766 ntTSL 3 BASIC17.31■□□□□ 0.36
SDC1P18827 ATG4B-226ENST00000625810 370 ntTSL 4 BASIC17.31■□□□□ 0.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.5 ms