Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 SLC35E1-208ENST00000595753 5099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 ICA1-206ENST00000402384 2458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 TCAP-201ENST00000309889 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 WNT8B-201ENST00000343737 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 AATF-208ENST00000619387 2141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 MAP3K6-207ENST00000493901 4309 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 LEFTY2-201ENST00000366820 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 RALGAPA1-219ENST00000637992 8512 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 ACD-215ENST00000620761 1483 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 PEPD-203ENST00000436370 1638 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 EXTL3-201ENST00000220562 6483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 SENP6-202ENST00000370010 4644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 PEX11G-201ENST00000221480 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 GGCT-202ENST00000275428 1173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 IL15-201ENST00000296545 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 GYG2P1-201ENST00000357871 623 ntTSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 PLA2R1-202ENST00000392771 5160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 BAIAP2-203ENST00000416299 1442 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 PRODH-205ENST00000420436 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 MAGI2-AS3-203ENST00000424477 520 ntTSL 4 BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 SPDYE13P-201ENST00000445314 798 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 AC092647.4-201ENST00000457211 535 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 LINC00595-207ENST00000476909 792 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 ATP6V0C-203ENST00000565223 668 ntTSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 ATP6V0C-204ENST00000568562 477 ntTSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 DUX4-205ENST00000570263 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 C16orf74-207ENST00000602914 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 HYMAI.1-201ENST00000620949 238 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 FOXD4L6-201ENST00000622588 2034 ntAPPRIS P1 BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 CDC25B-202ENST00000340833 1978 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 ZMYM5-202ENST00000382905 1382 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 THOP1-201ENST00000307741 4804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 SEPT8-201ENST00000296873 4394 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 ZNF395-211ENST00000523202 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 GGT3P-201ENST00000412448 2340 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 LRP4-201ENST00000378623 8076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 UNKL-204ENST00000389221 5116 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 ZNF470-201ENST00000330619 7151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 STRA6-209ENST00000563965 2565 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 LCORL-201ENST00000326877 5604 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 NOTCH3-201ENST00000263388 8666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 CD276-203ENST00000537340 2439 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 BAZ1B-201ENST00000339594 6102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 ASB13-201ENST00000357700 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 RELL2-201ENST00000297164 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 RHOB-201ENST00000272233 2372 ntAPPRIS P1 BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 FAM19A3-201ENST00000361886 1056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 PLCB1-204ENST00000404098 1260 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 AC004540.1-203ENST00000421862 907 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 AC008825.1-201ENST00000504398 452 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 KRT18P35-201ENST00000510488 1269 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 AL445228.2-201ENST00000605589 952 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 TPSB2-201ENST00000606293 1165 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 GTF2H4-202ENST00000376316 1673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 SEPT9-236ENST00000591088 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 ANXA6-201ENST00000354546 2593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 CDK10-202ENST00000353379 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 PACS2-203ENST00000447393 6365 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 NOL3-211ENST00000568146 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 GLB1-202ENST00000307377 2018 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 HCLS1-201ENST00000314583 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 ZCWPW1-201ENST00000360951 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 KRT8-216ENST00000552551 2126 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 SPAG4-201ENST00000374273 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 AC009102.3-201ENST00000623118 1491 ntBASIC15.46■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 CD19-202ENST00000538922 1957 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 PCCA-203ENST00000376286 2481 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 WFDC1-203ENST00000568638 1319 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 MFSD10-205ENST00000507555 1573 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 OLFM1-201ENST00000252854 2591 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 TRIM8-201ENST00000302424 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 FAM131A-202ENST00000340957 2421 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 HMGA1-201ENST00000311487 1920 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 C6orf203-202ENST00000405204 1420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 CCDC157-201ENST00000338306 3001 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 DNAJA3-203ENST00000431375 2294 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 GATAD1-201ENST00000287957 3361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 CLN8-211ENST00000636934 1790 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 ZMYM5-203ENST00000382907 1092 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 SNCB-202ENST00000393693 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 AC007952.1-201ENST00000399087 553 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 AC007952.2-202ENST00000399093 556 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 IMP3-202ENST00000403490 1237 ntAPPRIS P1 BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 AC131097.3-201ENST00000413820 1228 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 CT47A4-201ENST00000415858 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 CT47A9-201ENST00000417256 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 CT47A6-201ENST00000419194 1298 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 CT47A10-201ENST00000430448 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 CT47A5-201ENST00000439466 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 CT47A3-201ENST00000441330 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 CT47A8-201ENST00000457977 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 CT47A2-201ENST00000458218 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 AZIN1-AS1-214ENST00000522850 473 ntTSL 3 BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 DCTN5-208ENST00000568589 772 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 MED9-202ENST00000580462 565 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 BVES-AS1-203ENST00000580511 853 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 FAM104A-205ENST00000581110 512 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 AC034238.1-212ENST00000596137 723 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 COLCA2-205ENST00000614153 1264 ntTSL 3 BASIC15.45■□□□□ 0.06
HOXA4Q00056 AC083849.1-201ENST00000615227 514 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.6 ms