Protein–RNA interactions for Protein: P22415

USF1, Upstream stimulatory factor 1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF1P22415 ADAP1-217ENST00000611167 2118 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USF1P22415 TPCN2-201ENST00000294309 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USF1P22415 PFN2-203ENST00000452853 1780 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USF1P22415 TFDP2-202ENST00000467072 1853 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USF1P22415 TMPRSS5-209ENST00000544634 1524 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USF1P22415 LRRC23-201ENST00000007969 1615 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USF1P22415 FEM1AP3-201ENST00000403722 1741 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
USF1P22415 NDUFA12-201ENST00000327772 635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USF1P22415 VKORC1-205ENST00000394975 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USF1P22415 GNB1L-203ENST00000405009 1076 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USF1P22415 AL591212.1-201ENST00000433646 615 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USF1P22415 FOSL1P1-201ENST00000511041 816 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
USF1P22415 TRMT112-203ENST00000535750 823 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USF1P22415 EFCAB11-211ENST00000556609 568 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USF1P22415 SRSF1-209ENST00000585096 568 ntTSL 4 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USF1P22415 AL732292.2-201ENST00000609649 430 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
USF1P22415 MCF2L-208ENST00000397030 6580 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USF1P22415 MAN2A1-201ENST00000261483 4667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USF1P22415 C11orf80-214ENST00000532565 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USF1P22415 CPEB2-202ENST00000345451 2013 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USF1P22415 CDK18-217ENST00000506784 2143 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USF1P22415 MAPT-205ENST00000351559 5811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USF1P22415 EDNRA-206ENST00000511804 1569 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USF1P22415 PHF12-201ENST00000268756 2957 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USF1P22415 TFRC-202ENST00000392396 5032 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USF1P22415 NIPAL2-201ENST00000341166 4581 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USF1P22415 CASD1-201ENST00000297273 3942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USF1P22415 LARGE2-201ENST00000325468 2522 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USF1P22415 MLST8-232ENST00000569417 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USF1P22415 SMPD3-203ENST00000563226 2093 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USF1P22415 MORC4-201ENST00000255495 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USF1P22415 FAM135A-205ENST00000418814 6415 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USF1P22415 RPP25-201ENST00000322177 3049 ntAPPRIS P1 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USF1P22415 WDR45-205ENST00000376358 1432 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USF1P22415 EI24-201ENST00000278903 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
USF1P22415 CCK-202ENST00000396169 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
USF1P22415 KRT81-202ENST00000615839 1505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USF1P22415 MLX-201ENST00000246912 2586 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
USF1P22415 GTF2IP1-210ENST00000622829 3605 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
USF1P22415 LYSMD4-202ENST00000344791 2885 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
USF1P22415 ACBD5-201ENST00000375888 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USF1P22415 SLC16A3-221ENST00000617373 2048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USF1P22415 SLC16A3-222ENST00000619321 2015 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USF1P22415 P2RY6-212ENST00000618468 2431 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USF1P22415 SNX4-201ENST00000251775 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
USF1P22415 IGF2-205ENST00000416167 5585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
USF1P22415 GML-201ENST00000220940 723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
USF1P22415 TMEM150B-201ENST00000326652 943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
USF1P22415 CMTM1-204ENST00000336328 606 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
USF1P22415 SFTPD-201ENST00000372292 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
USF1P22415 EXOSC3-202ENST00000396521 768 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USF1P22415 PTX4-202ENST00000440447 1117 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USF1P22415 EMBP1-201ENST00000458200 901 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
USF1P22415 CMTM1-213ENST00000529506 581 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
USF1P22415 ISCU-208ENST00000539593 1071 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USF1P22415 AC009065.1-201ENST00000564055 1225 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
USF1P22415 LIMD2-211ENST00000583211 1298 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USF1P22415 SYNGR4-204ENST00000601610 859 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USF1P22415 BUB3-201ENST00000368858 1361 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
USF1P22415 KRT8P32-201ENST00000512863 1461 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
USF1P22415 PBK-203ENST00000522944 1499 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USF1P22415 DENND6B-201ENST00000413817 4939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
USF1P22415 VBP1-201ENST00000286428 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
USF1P22415 ANKRD65-201ENST00000427211 1976 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
USF1P22415 TRABD-203ENST00000395827 2172 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USF1P22415 ST3GAL3-206ENST00000351035 2377 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USF1P22415 AC093503.3-201ENST00000624917 2352 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
USF1P22415 PLPBP-201ENST00000328195 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
USF1P22415 SSX2IP-210ENST00000605755 1933 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USF1P22415 PCED1A-201ENST00000356872 1706 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USF1P22415 RNF157-201ENST00000269391 4955 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
USF1P22415 C2CD2L-201ENST00000336702 4771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
USF1P22415 AHRR-204ENST00000506456 2350 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
USF1P22415 RPRD1A-201ENST00000357384 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
USF1P22415 KLHL14-201ENST00000358095 1884 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
USF1P22415 NAPRT-203ENST00000435154 1877 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
USF1P22415 SMARCC2-203ENST00000394023 4271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
USF1P22415 LRCH1-201ENST00000311191 4710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
USF1P22415 LINC00311-201ENST00000366314 1566 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
USF1P22415 PSMG4-209ENST00000473000 4603 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
USF1P22415 PGAP3-206ENST00000579146 2220 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
USF1P22415 PTPMT1-201ENST00000326656 928 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
USF1P22415 KRTAP5-6-201ENST00000382160 561 ntAPPRIS P1 BASIC15.42■□□□□ 0.06
USF1P22415 ITM2C-204ENST00000409704 1106 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
USF1P22415 PCAT7-201ENST00000452148 1164 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
USF1P22415 FNDC5-205ENST00000496770 837 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
USF1P22415 KRT18P31-201ENST00000506277 1292 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
USF1P22415 Z69720.1-201ENST00000601483 472 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
USF1P22415 AL390719.2-201ENST00000606993 987 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
USF1P22415 H2BFWT-202ENST00000611083 528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
USF1P22415 EBLN3P-205ENST00000629870 958 ntTSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
USF1P22415 PSPC1-206ENST00000619300 2013 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
USF1P22415 KLF3-201ENST00000261438 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
USF1P22415 FIGNL2-202ENST00000618634 4812 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
USF1P22415 AP5S1-203ENST00000379573 1848 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
USF1P22415 PGR-201ENST00000263463 2496 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
USF1P22415 TOX2-205ENST00000423191 1709 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
USF1P22415 WDR18-202ENST00000585809 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
USF1P22415 SLC3A2-202ENST00000377889 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
USF1P22415 LDHD-202ENST00000450168 1966 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.9 ms