Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 UBAP1-203ENST00000379186 2524 ntTSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
SDC1P18827 CYP2D8P-201ENST00000433633 1490 ntBASIC17.4■□□□□ 0.38
SDC1P18827 MMP9-201ENST00000372330 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
SDC1P18827 ZNF280B-203ENST00000626650 5721 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
SDC1P18827 TCTEX1D2-201ENST00000325318 673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
SDC1P18827 RHOC-203ENST00000369632 1026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.4■□□□□ 0.38
SDC1P18827 AL445472.1-201ENST00000452532 1007 ntTSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
SDC1P18827 TSPY15P-201ENST00000457163 923 ntBASIC17.4■□□□□ 0.38
SDC1P18827 KHDRBS1-204ENST00000492989 1215 ntTSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
SDC1P18827 EGLN1P1-201ENST00000531623 762 ntBASIC17.4■□□□□ 0.38
SDC1P18827 CLPB-212ENST00000543042 2133 ntTSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
SDC1P18827 C14orf144-201ENST00000553757 537 ntTSL 4 BASIC17.4■□□□□ 0.38
SDC1P18827 ETFA-216ENST00000560726 942 ntTSL 3 BASIC17.4■□□□□ 0.38
SDC1P18827 LINC02256-201ENST00000561999 366 ntTSL 3 BASIC17.4■□□□□ 0.38
SDC1P18827 PTGIR-204ENST00000596260 1009 ntTSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
SDC1P18827 PRR36-202ENST00000618550 4456 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
SDC1P18827 ADCK5-201ENST00000308860 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
SDC1P18827 ALAS2-203ENST00000396198 1936 ntTSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
SDC1P18827 CAPN1-201ENST00000279247 3007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
SDC1P18827 GRIN3B-201ENST00000234389 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
SDC1P18827 MAPK9-207ENST00000452135 4815 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
SDC1P18827 AL109910.2-201ENST00000607733 1953 ntTSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
SDC1P18827 MFGE8-202ENST00000268151 1752 ntTSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
SDC1P18827 MAN2A1-201ENST00000261483 4667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
SDC1P18827 CDHR1-201ENST00000332904 2694 ntTSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
SDC1P18827 ACSS2-201ENST00000253382 2925 ntTSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
SDC1P18827 SQOR-201ENST00000260324 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
SDC1P18827 NDRG2-208ENST00000397851 2022 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
SDC1P18827 SOGA3-203ENST00000525778 4077 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
SDC1P18827 ZNF74-202ENST00000400451 3159 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
SDC1P18827 MLF2-202ENST00000435120 1379 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
SDC1P18827 GOLGA2P7-201ENST00000316967 2525 ntTSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
SDC1P18827 CDH22-203ENST00000537909 3902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
SDC1P18827 CCDC120-204ENST00000597275 2752 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
SDC1P18827 SLC43A1-201ENST00000278426 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.38
SDC1P18827 MID1IP1-202ENST00000378474 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.38
SDC1P18827 RABEP2-202ENST00000358201 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.38
SDC1P18827 NFATC1-206ENST00000542384 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.38
SDC1P18827 TMEM198-201ENST00000344458 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.38
SDC1P18827 C21orf59-201ENST00000290155 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
SDC1P18827 TIMM8A-201ENST00000372902 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
SDC1P18827 CHTOP-205ENST00000403433 1923 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
SDC1P18827 MFSD2A-203ENST00000420632 1914 ntTSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
SDC1P18827 FXYD6-204ENST00000526014 2171 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
SDC1P18827 C9orf66-201ENST00000382387 2918 ntAPPRIS P1 BASIC17.39■□□□□ 0.37
SDC1P18827 ACD-215ENST00000620761 1483 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
SDC1P18827 SLC27A5-207ENST00000601355 1987 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
SDC1P18827 SLC39A1-210ENST00000617697 2214 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
SDC1P18827 KCNC4-204ENST00000438661 2953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
SDC1P18827 HCRT-201ENST00000293330 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
SDC1P18827 CACYBP-202ENST00000405362 1059 ntTSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
SDC1P18827 AC131097.3-201ENST00000413820 1228 ntTSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
SDC1P18827 AL357874.1-201ENST00000428948 574 ntTSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
SDC1P18827 KCTD7-202ENST00000443322 1160 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
SDC1P18827 IKBKB-210ENST00000518983 447 ntTSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
SDC1P18827 RAB2A-211ENST00000531289 1058 ntTSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
SDC1P18827 MNT-208ENST00000575394 606 ntTSL 4 BASIC17.39■□□□□ 0.37
SDC1P18827 AC010240.3-201ENST00000607688 395 ntBASIC17.39■□□□□ 0.37
SDC1P18827 THAP12-201ENST00000260045 3300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
SDC1P18827 PPP4C-202ENST00000561610 1333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
SDC1P18827 PIF1-201ENST00000268043 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
SDC1P18827 CCDC137-201ENST00000329214 2468 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
SDC1P18827 ATP6AP2-214ENST00000636287 1904 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
SDC1P18827 MARVELD3-202ENST00000299952 2214 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
SDC1P18827 RASL11B-201ENST00000248706 1995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
SDC1P18827 CDC25B-202ENST00000340833 1978 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
SDC1P18827 NOMO2-212ENST00000622306 4252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
SDC1P18827 TLE4-205ENST00000376544 4871 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
SDC1P18827 TP73-AS1-203ENST00000423764 2875 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
SDC1P18827 C14orf180-202ENST00000410013 2009 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
SDC1P18827 GABRB2-206ENST00000520240 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
SDC1P18827 SEMA3B-202ENST00000418576 1765 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
SDC1P18827 WDR59-202ENST00000536050 1752 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
SDC1P18827 SLCO6A1-201ENST00000379807 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
SDC1P18827 FAM3A-204ENST00000369643 1521 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
SDC1P18827 ASL-204ENST00000395331 1538 ntTSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
SDC1P18827 PLPP4-202ENST00000398250 1521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
SDC1P18827 C16orf59-204ENST00000563531 1864 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
SDC1P18827 DLK2-203ENST00000372488 1590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
SDC1P18827 MPG-201ENST00000219431 1193 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC17.38■□□□□ 0.37
SDC1P18827 TSTD1-202ENST00000368023 574 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
SDC1P18827 CD1E-211ENST00000368166 1271 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
SDC1P18827 FAM182B-202ENST00000376404 456 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
SDC1P18827 ERICH4-201ENST00000378187 946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
SDC1P18827 UQCRQ-201ENST00000378665 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
SDC1P18827 DIO1-206ENST00000525202 558 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
SDC1P18827 AC005606.2-201ENST00000564438 614 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
SDC1P18827 MIR4497-201ENST00000583208 89 ntBASIC17.38■□□□□ 0.37
SDC1P18827 KIRREL2-205ENST00000592409 2563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
SDC1P18827 DNAJC28-201ENST00000314399 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
SDC1P18827 HDAC10-202ENST00000349505 1950 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
SDC1P18827 TLK2-203ENST00000346027 3449 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
SDC1P18827 ZNF746-202ENST00000458143 3797 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
SDC1P18827 ARPIN-202ENST00000460685 2145 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
SDC1P18827 HPCA-201ENST00000373467 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
SDC1P18827 SULT1A1-204ENST00000395609 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
SDC1P18827 CARD10-202ENST00000403299 4113 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
SDC1P18827 CHRNA4-207ENST00000615287 5643 ntTSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
SDC1P18827 ZNF200-202ENST00000396870 2373 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
SDC1P18827 NEU1-206ENST00000375631 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.2 ms