Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBQ0

VPS29, Vacuolar protein sorting-associated protein 29, humanhuman

Predictions only

Length 182 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS29Q9UBQ0 TAF4B-201ENST00000269142 5260 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 JPH2-201ENST00000342272 1923 ntTSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 TFEB-206ENST00000403298 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.55■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 CLSTN1-202ENST00000377298 5221 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 TPRA1-204ENST00000450633 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 SIDT2-217ENST00000532062 2143 ntTSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 P2RY6-208ENST00000540124 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 FBXL3-201ENST00000355619 3503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 SH2D2A-201ENST00000368198 1599 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 COL5A3-201ENST00000264828 6174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 MST1R-214ENST00000613534 2025 ntTSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 AC118553.2-202ENST00000638792 2729 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.54■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 SEMA3B-202ENST00000418576 1765 ntTSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 HAUS8-202ENST00000448593 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.54■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 CFL1-201ENST00000308162 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 CRAT-202ENST00000393384 973 ntTSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 ACP1-205ENST00000407983 703 ntTSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 AL954642.1-201ENST00000428088 538 ntTSL 3 BASIC17.54■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 SLC25A6P5-201ENST00000435663 894 ntBASIC17.54■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 FBXO32-202ENST00000443022 1227 ntTSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 ABHD11-207ENST00000458339 890 ntTSL 3 BASIC17.54■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 SIGLEC15-202ENST00000546268 1054 ntTSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 AC011773.3-202ENST00000549291 790 ntTSL 3 BASIC17.54■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 FP565260.3-205ENST00000620481 816 ntTSL 5 BASIC17.54■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 ANKRD36-207ENST00000639293 1168 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.54■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 NRBP1-204ENST00000379863 2174 ntTSL 5 BASIC17.54■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 PHKA2-201ENST00000379942 5559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 OGFOD2-212ENST00000538755 1949 ntTSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 LGI4-201ENST00000310123 2814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 SASH1-201ENST00000367467 7711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 SNAI3-AS1-202ENST00000563475 2081 ntTSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 UBQLN4-201ENST00000368309 3576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 CCDC88C-203ENST00000389856 1641 ntTSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 SLC22A4-201ENST00000200652 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 CIRBP-201ENST00000320936 1328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 CIRBP-207ENST00000586472 1303 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC17.53■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 OXSR1-201ENST00000311806 4553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 ASL-204ENST00000395331 1538 ntTSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 PLPP4-202ENST00000398250 1521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 NCF1B-201ENST00000423083 1516 ntTSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 MRAS-204ENST00000464896 1534 ntTSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 IGSF9-206ENST00000611023 2663 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 SNAPC3-207ENST00000610884 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 PLEKHB2-203ENST00000404460 1167 ntTSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 HOXD8-203ENST00000450510 1268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 NCAM1-AS1-201ENST00000526229 1081 ntTSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 C14orf144-201ENST00000553757 537 ntTSL 4 BASIC17.53■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 ETFA-216ENST00000560726 942 ntTSL 3 BASIC17.53■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 TMEM249-203ENST00000565365 975 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC17.53■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 PTGIR-204ENST00000596260 1009 ntTSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 AC022154.1-201ENST00000600303 766 ntTSL 3 BASIC17.53■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 ZNF131-206ENST00000505606 3209 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 SLC23A3-203ENST00000409878 2010 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 RGN-204ENST00000457380 2041 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 BANP-223ENST00000538234 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 HSPA4-205ENST00000617074 2358 ntTSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 SCOC-208ENST00000510586 2193 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 SF1-203ENST00000377387 2947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 NOV-201ENST00000259526 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 ABO-203ENST00000611156 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 PLCG1-201ENST00000244007 5285 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 ST6GALNAC6-201ENST00000291839 2280 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 NAA35-201ENST00000361671 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 EXO5-202ENST00000358527 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 ART1-201ENST00000250693 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 VLDLR-AS1-205ENST00000599229 1346 ntTSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 GATAD1-201ENST00000287957 3361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 FCMR-201ENST00000367091 1950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 TMC6-203ENST00000392467 2833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 CACNA1B-204ENST00000371357 9642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.52■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 HSCB-201ENST00000216027 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 CHCHD6-201ENST00000290913 1006 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 CCK-201ENST00000334681 830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 HMGA1P5-201ENST00000412453 271 ntBASIC17.52■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 AL161452.1-201ENST00000415062 1117 ntTSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 AL596275.1-201ENST00000423464 877 ntBASIC17.52■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 ECEL1P2-202ENST00000465689 757 ntBASIC17.52■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 KRT8P12-201ENST00000468527 998 ntTSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 NUBP2-206ENST00000565134 815 ntTSL 5 BASIC17.52■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 NUDT16L1-203ENST00000586252 922 ntTSL 3 BASIC17.52■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 GPX4-207ENST00000589115 812 ntTSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 ZNF134-203ENST00000600344 483 ntTSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 AC010240.3-201ENST00000607688 395 ntBASIC17.52■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 FAM87A-204ENST00000613235 858 ntBASIC17.52■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 ACYP2-203ENST00000406041 1913 ntTSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 ZNF846-205ENST00000588267 1943 ntTSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.4
VPS29Q9UBQ0 RBCK1-203ENST00000382181 2208 ntTSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 ACADVL-205ENST00000543245 2227 ntTSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 ELP5-214ENST00000574993 2209 ntTSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 AC026471.1-201ENST00000564629 3026 ntBASIC17.52■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 VIM-201ENST00000224237 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 NKD2-202ENST00000296849 2155 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 CHRM4-201ENST00000433765 1511 ntAPPRIS P1 BASIC17.52■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 TMSB4Y-201ENST00000284856 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 TNFAIP1-202ENST00000544907 1656 ntTSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 OLFM2-203ENST00000590841 1665 ntTSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 RAB4A-205ENST00000618010 2799 ntTSL 3 BASIC17.51■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 SNX27-203ENST00000368843 7197 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 USP18-201ENST00000215794 2129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
VPS29Q9UBQ0 OPA3-202ENST00000323060 2250 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.9 ms