Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 HLA-F-217ENST00000334668 1283 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 SUV39H2-204ENST00000378325 1292 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 GGT1-205ENST00000403838 1033 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 AC004540.1-203ENST00000421862 907 ntTSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 HLA-F-220ENST00000434407 884 ntBASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 AL513320.1-201ENST00000435049 622 ntTSL 3 BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 DGUOK-AS1-203ENST00000453103 601 ntTSL 3 BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 FGF14-AS2-201ENST00000606448 1074 ntBASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 RNASET2-213ENST00000611959 1124 ntTSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 IL15-201ENST00000296545 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 NOL3-211ENST00000568146 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 ABALON-201ENST00000629058 1903 ntBASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 EIF2B5-201ENST00000273783 2655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 IFFO1-204ENST00000396840 2677 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 SOX11-201ENST00000322002 8719 ntAPPRIS P1 BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 GGT3P-201ENST00000412448 2340 ntTSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 CALHM3-201ENST00000369783 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 CD276-201ENST00000318424 2738 ntTSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 GLB1-202ENST00000307377 2018 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 SOST-201ENST00000301691 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 NR1D2-201ENST00000312521 5258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 PEX11G-201ENST00000221480 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 NDUFAF2-201ENST00000296597 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 HBZP1-201ENST00000354915 429 ntBASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 MALL-203ENST00000427178 1070 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 VENTXP5-201ENST00000523979 775 ntBASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 DUX4-205ENST00000570263 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 AC083849.1-201ENST00000615227 514 ntBASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 SP7-203ENST00000537210 1472 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 ZFC3H1-211ENST00000552037 1484 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 PDIA2-202ENST00000404312 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 ZCCHC24-202ENST00000372336 4933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 FBXO44-201ENST00000251546 1896 ntTSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 EMC8-201ENST00000253457 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 AL096828.2-201ENST00000567259 1965 ntBASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 FBXL15-201ENST00000224862 2362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 TTLL12-201ENST00000216129 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 ULK3-220ENST00000569437 2611 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 REXO1L9P-201ENST00000604264 2108 ntBASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 BRPF3-202ENST00000357641 6052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 TPGS2-219ENST00000593035 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 POU3F2-201ENST00000328345 4879 ntAPPRIS P1 BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 NEU4-203ENST00000404257 2352 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 DNLZ-202ENST00000371739 2934 ntTSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 RNPS1-219ENST00000566397 1685 ntTSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 PDLIM7-203ENST00000359895 1567 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 UBE2QL1-201ENST00000399816 4317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 HOPX-201ENST00000317745 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 LCE3D-201ENST00000368787 613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 SMYD3-204ENST00000403792 1209 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 SAPCD2P2-201ENST00000431719 1174 ntBASIC21.03■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 SPDYE13P-201ENST00000445314 798 ntBASIC21.03■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 AP003396.3-201ENST00000530918 778 ntTSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 IFI27L2-206ENST00000556727 556 ntTSL 3 BASIC21.03■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 TK1-205ENST00000590862 642 ntTSL 3 BASIC21.03■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 NTF6B-201ENST00000591913 560 ntBASIC21.03■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 AC243829.1-201ENST00000615128 1059 ntTSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 ADAMTS16-203ENST00000511368 2682 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 MARK2-211ENST00000513765 2671 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 PLPPR2-208ENST00000591608 2552 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 TM2D2-201ENST00000397070 1631 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 ELP5-204ENST00000396628 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 LINC01311-201ENST00000565162 1445 ntBASIC21.03■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 PMEPA1-202ENST00000341744 4845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 MAPRE3-201ENST00000233121 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 STK25-203ENST00000403346 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 TPD52L1-202ENST00000368388 2147 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 MAPK8IP3-202ENST00000356010 4456 ntTSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 CNOT11-201ENST00000289382 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 SLC4A4-201ENST00000264485 5852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 MLLT1-201ENST00000252674 4507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 OGFOD2-212ENST00000538755 1949 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 SPACA1-201ENST00000237201 1499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 NOP14-204ENST00000502735 2723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 CDK5R1-201ENST00000313401 4325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 RGS3-202ENST00000342620 1714 ntTSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 PRRT2-212ENST00000636619 2065 ntTSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 TSPY8-203ENST00000383005 435 ntTSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 SELENOF-203ENST00000401030 727 ntTSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 AL671277.2-201ENST00000458060 996 ntBASIC21.02■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 PRKCB-209ENST00000498058 480 ntTSL 3 BASIC21.02■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 AF250324.1-201ENST00000506276 703 ntTSL 3 BASIC21.02■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 mascRNA-menRNA.2-201ENST00000616984 58 ntBASIC21.02■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 CD24-206ENST00000620405 586 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 AL772307.1-201ENST00000639363 1066 ntTSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 CENPT-215ENST00000564817 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 PLD3-205ENST00000409419 1966 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 GUCY1A2-201ENST00000282249 3047 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 NRXN1-208ENST00000405472 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 DACT2-201ENST00000366795 2942 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 SLC39A3-202ENST00000455372 2940 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 SPPL2C-201ENST00000329196 2238 ntAPPRIS P1 BASIC21.02■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 GPT-202ENST00000394955 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 MEST-201ENST00000223215 2465 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 IDUA-210ENST00000514224 2130 ntTSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 CLEC10A-201ENST00000254868 1797 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 NARF-204ENST00000390006 1766 ntTSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 STMN3-202ENST00000540534 2351 ntTSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 HNRNPK-202ENST00000360384 2038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
VPS54Q9P1Q0 SKOR1-204ENST00000554240 3597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.7 ms