Protein–RNA interactions for Protein: P48742

LHX1, LIM/homeobox protein Lhx1, humanhuman

Predictions only

Length 406 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX1P48742 MCTP1-218ENST00000515393 5396 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
LHX1P48742 ACVR1B-203ENST00000426655 1782 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
LHX1P48742 GJA8-201ENST00000369235 1302 ntAPPRIS P1 BASIC19.32■□□□□ 0.68
LHX1P48742 LLGL2-203ENST00000392550 3509 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
LHX1P48742 CEP55-201ENST00000371485 2638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
LHX1P48742 ANKRD18DP-201ENST00000335478 2171 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
LHX1P48742 TWF1-201ENST00000395510 3045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
LHX1P48742 MBD3-207ENST00000590550 2782 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
LHX1P48742 ALKBH4-201ENST00000292566 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
LHX1P48742 ISCU-201ENST00000311893 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
LHX1P48742 CGB7-201ENST00000377280 918 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.32■□□□□ 0.68
LHX1P48742 AC069368.1-202ENST00000437723 750 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
LHX1P48742 MIR3652-201ENST00000579335 131 ntBASIC19.32■□□□□ 0.68
LHX1P48742 FCGRT-210ENST00000596975 1054 ntTSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
LHX1P48742 AC008567.3-202ENST00000619671 859 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
LHX1P48742 PPP2R2C-206ENST00000507294 1667 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
LHX1P48742 MID1IP1-202ENST00000378474 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
LHX1P48742 PRDM8-202ENST00000415738 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
LHX1P48742 CNTNAP3B-203ENST00000377561 5379 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
LHX1P48742 LTBP3-217ENST00000530785 2461 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
LHX1P48742 NUMBL-207ENST00000598779 2249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
LHX1P48742 PLD3-205ENST00000409419 1966 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
LHX1P48742 TJP1-208ENST00000495972 2890 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
LHX1P48742 CYR61-201ENST00000451137 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
LHX1P48742 MARK2-202ENST00000361128 3004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
LHX1P48742 LINC00602-201ENST00000629776 2065 ntBASIC19.31■□□□□ 0.68
LHX1P48742 STAC3-201ENST00000332782 1656 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
LHX1P48742 FDXR-205ENST00000544854 1827 ntTSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
LHX1P48742 EXOSC5-201ENST00000221233 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
LHX1P48742 C21orf2-201ENST00000325223 1283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
LHX1P48742 S100A14-201ENST00000344616 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
LHX1P48742 CORT-201ENST00000377049 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
LHX1P48742 FAM239B-201ENST00000381106 1099 ntTSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
LHX1P48742 RPL8-202ENST00000394920 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
LHX1P48742 LENG8-AS1-201ENST00000416022 582 ntTSL 3 BASIC19.31■□□□□ 0.68
LHX1P48742 LINC00265-3P-201ENST00000447588 903 ntBASIC19.31■□□□□ 0.68
LHX1P48742 CHCHD3-203ENST00000448878 1038 ntTSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
LHX1P48742 TOB2P1-201ENST00000469761 992 ntBASIC19.31■□□□□ 0.68
LHX1P48742 AC008610.1-201ENST00000504573 393 ntTSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
LHX1P48742 BRICD5-203ENST00000566018 555 ntTSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
LHX1P48742 CHMP2A-208ENST00000601220 885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
LHX1P48742 AL117335.1-203ENST00000619200 948 ntTSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
LHX1P48742 PCOLCE-AS1-201ENST00000442166 2537 ntTSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
LHX1P48742 LSM12-201ENST00000293406 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
LHX1P48742 SLC1A6-210ENST00000600144 1735 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
LHX1P48742 PLCXD1-202ENST00000381663 1863 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
LHX1P48742 AK3-202ENST00000381809 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
LHX1P48742 PRDM5-201ENST00000264808 5330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
LHX1P48742 NF2-203ENST00000353887 1845 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
LHX1P48742 SRSF1-208ENST00000584773 1317 ntTSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
LHX1P48742 CD19-202ENST00000538922 1957 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
LHX1P48742 ZNF623-203ENST00000526926 2612 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
LHX1P48742 RAD51-203ENST00000423169 1611 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
LHX1P48742 USP49-202ENST00000373010 2446 ntTSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
LHX1P48742 RABL2B-205ENST00000395595 2428 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
LHX1P48742 DOC2A-208ENST00000564944 1782 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
LHX1P48742 BCL7A-203ENST00000538010 6247 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
LHX1P48742 IPPK-202ENST00000375522 882 ntTSL 3 BASIC19.3■□□□□ 0.68
LHX1P48742 UFD1-202ENST00000399523 1007 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
LHX1P48742 AGBL5-AS1-201ENST00000444217 407 ntTSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
LHX1P48742 VENTXP7-201ENST00000475503 772 ntBASIC19.3■□□□□ 0.68
LHX1P48742 LAT-211ENST00000566177 786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
LHX1P48742 AC243773.1-201ENST00000614759 544 ntTSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
LHX1P48742 AC009154.2-201ENST00000621177 724 ntBASIC19.3■□□□□ 0.68
LHX1P48742 CRTC1-203ENST00000594658 2384 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
LHX1P48742 KCNQ5-203ENST00000355635 6623 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
LHX1P48742 GPANK1-204ENST00000375900 1814 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
LHX1P48742 ACSM2A-201ENST00000219054 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
LHX1P48742 FSTL1-201ENST00000295633 5943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
LHX1P48742 FBLN7-205ENST00000409903 1989 ntTSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
LHX1P48742 ZBTB48-202ENST00000377674 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
LHX1P48742 PHLDA1-202ENST00000602540 5741 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
LHX1P48742 FAM213A-206ENST00000615554 2213 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
LHX1P48742 ISOC1-201ENST00000173527 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
LHX1P48742 GOLGA3-203ENST00000456883 5496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
LHX1P48742 SLC22A18-203ENST00000380574 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
LHX1P48742 JMJD6-202ENST00000397625 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
LHX1P48742 LINC00315-201ENST00000441947 2323 ntTSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
LHX1P48742 COPS7A-204ENST00000534947 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
LHX1P48742 KRT24-201ENST00000264651 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
LHX1P48742 IFT27-201ENST00000340630 1113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
LHX1P48742 GPATCH3-201ENST00000361720 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
LHX1P48742 TRAPPC3-202ENST00000373162 1056 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
LHX1P48742 RASGRP2-208ENST00000394428 444 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
LHX1P48742 ELOB-202ENST00000409477 997 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
LHX1P48742 AC246785.2-201ENST00000432512 513 ntBASIC19.29■□□□□ 0.68
LHX1P48742 MEAF6-205ENST00000448519 666 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
LHX1P48742 AC234772.2-201ENST00000456532 375 ntTSL 3 BASIC19.29■□□□□ 0.68
LHX1P48742 LINC02199-203ENST00000510229 496 ntTSL 3 BASIC19.29■□□□□ 0.68
LHX1P48742 TFF3-204ENST00000518498 1109 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
LHX1P48742 COX6C-204ENST00000520271 571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
LHX1P48742 AC079385.1-201ENST00000551505 570 ntTSL 4 BASIC19.29■□□□□ 0.68
LHX1P48742 AC011840.4-201ENST00000578471 627 ntBASIC19.29■□□□□ 0.68
LHX1P48742 CLEC4GP1-201ENST00000596555 870 ntBASIC19.29■□□□□ 0.68
LHX1P48742 Z69720.1-201ENST00000601483 472 ntBASIC19.29■□□□□ 0.68
LHX1P48742 DHRS12-201ENST00000218981 1970 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
LHX1P48742 MVK-201ENST00000228510 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
LHX1P48742 ACOT7-202ENST00000377842 1813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
LHX1P48742 SNAP47-202ENST00000366759 2362 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
LHX1P48742 EVC-201ENST00000264956 6431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.5 ms