Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 RPL26L1-205ENST00000519974 695 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.74■□□□□ 0.27
MSX1P28360 KRT8-216ENST00000552551 2126 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
MSX1P28360 AC015961.2-201ENST00000589281 701 ntTSL 3 BASIC16.74■□□□□ 0.27
MSX1P28360 AC016582.2-201ENST00000591908 446 ntTSL 3 BASIC16.74■□□□□ 0.27
MSX1P28360 HYMAI.1-201ENST00000620949 238 ntBASIC16.74■□□□□ 0.27
MSX1P28360 AL691432.3-201ENST00000621860 400 ntBASIC16.74■□□□□ 0.27
MSX1P28360 ILKAP-212ENST00000622223 1088 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
MSX1P28360 ALDOC-201ENST00000226253 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
MSX1P28360 PLCH2-205ENST00000449969 5450 ntTSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
MSX1P28360 KCNH1-210ENST00000640044 1818 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
MSX1P28360 PLEKHG5-201ENST00000340850 4715 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
MSX1P28360 PLEKHG5-211ENST00000535355 4725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
MSX1P28360 HAUS8-202ENST00000448593 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
MSX1P28360 UNKL-204ENST00000389221 5116 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
MSX1P28360 AGAP2-201ENST00000257897 5388 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
MSX1P28360 BSCL2-201ENST00000278893 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
MSX1P28360 EIF2B4-210ENST00000493344 1949 ntTSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
MSX1P28360 MCC-208ENST00000514701 2855 ntTSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
MSX1P28360 GAMT-202ENST00000447102 1769 ntTSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
MSX1P28360 TEAD2-202ENST00000377214 2440 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
MSX1P28360 ACD-215ENST00000620761 1483 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
MSX1P28360 KRT24-201ENST00000264651 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
MSX1P28360 ARHGEF28-212ENST00000513042 6273 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
MSX1P28360 AC090164.3-201ENST00000610780 2143 ntBASIC16.73■□□□□ 0.27
MSX1P28360 GJA8-201ENST00000369235 1302 ntAPPRIS P1 BASIC16.73■□□□□ 0.27
MSX1P28360 MMAB-204ENST00000537236 1342 ntTSL 3 BASIC16.73■□□□□ 0.27
MSX1P28360 SRRM2-AS1-203ENST00000571305 1344 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
MSX1P28360 MEN1-201ENST00000312049 2761 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
MSX1P28360 AC020661.1-201ENST00000503052 1584 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
MSX1P28360 KMT5B-206ENST00000405515 2869 ntTSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
MSX1P28360 TJP1-208ENST00000495972 2890 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
MSX1P28360 AC138356.1-201ENST00000330539 2086 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
MSX1P28360 LINC01311-201ENST00000565162 1445 ntBASIC16.73■□□□□ 0.27
MSX1P28360 PKD1P1-201ENST00000458669 6805 ntBASIC16.73■□□□□ 0.27
MSX1P28360 CYTH1-209ENST00000589296 2159 ntTSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
MSX1P28360 DCLK2-207ENST00000635524 2153 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
MSX1P28360 BOLA2B-201ENST00000305321 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
MSX1P28360 BOLA2-201ENST00000330978 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
MSX1P28360 TRIM73-203ENST00000437796 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
MSX1P28360 DGUOK-AS1-203ENST00000453103 601 ntTSL 3 BASIC16.73■□□□□ 0.27
MSX1P28360 AL162258.2-202ENST00000469931 831 ntTSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
MSX1P28360 NEK7-207ENST00000538004 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
MSX1P28360 THOP1-201ENST00000307741 4804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
MSX1P28360 AHCYL2-201ENST00000325006 5056 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
MSX1P28360 SDHAP2-201ENST00000455183 2001 ntBASIC16.73■□□□□ 0.27
MSX1P28360 PALM3-201ENST00000340790 2262 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
MSX1P28360 PTPA-204ENST00000355007 2515 ntTSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
MSX1P28360 IL6R-202ENST00000368485 5914 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
MSX1P28360 PDE9A-209ENST00000398227 1606 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
MSX1P28360 CHST11-205ENST00000549260 5696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
MSX1P28360 PSTK-201ENST00000368887 1705 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
MSX1P28360 LUC7L-201ENST00000293872 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
MSX1P28360 HCN2-201ENST00000251287 3408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
MSX1P28360 ZBTB8A-201ENST00000316459 1943 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
MSX1P28360 ASPM-201ENST00000294732 6132 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
MSX1P28360 GAS2L1P2-202ENST00000442849 2262 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
MSX1P28360 HCLS1-201ENST00000314583 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
MSX1P28360 MAPKAPK2-202ENST00000367103 2961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
MSX1P28360 ARSI-203ENST00000515301 1429 ntTSL 4 BASIC16.72■□□□□ 0.27
MSX1P28360 SERPINA4-201ENST00000298841 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
MSX1P28360 CLN8-211ENST00000636934 1790 ntTSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
MSX1P28360 VEGFA-206ENST00000372077 2834 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
MSX1P28360 P2RX2-208ENST00000542301 1881 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
MSX1P28360 COQ10B-201ENST00000263960 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
MSX1P28360 SYN2-206ENST00000621198 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
MSX1P28360 TIMM13-201ENST00000215570 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
MSX1P28360 MPZ-206ENST00000533357 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
MSX1P28360 SLBP-201ENST00000318386 1635 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC16.72■□□□□ 0.27
MSX1P28360 SLX1A-202ENST00000345535 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
MSX1P28360 SLX1B-202ENST00000351581 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
MSX1P28360 HOXB-AS3-203ENST00000465846 434 ntTSL 3 BASIC16.72■□□□□ 0.27
MSX1P28360 AC034238.1-212ENST00000596137 723 ntTSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
MSX1P28360 AL117335.1-203ENST00000619200 948 ntTSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
MSX1P28360 TBC1D9B-220ENST00000630103 303 ntTSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
MSX1P28360 VPS72-207ENST00000640458 689 ntTSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
MSX1P28360 ITGA9-201ENST00000264741 7889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
MSX1P28360 IPMK-201ENST00000373935 6133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
MSX1P28360 TMEM109-201ENST00000227525 2413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
MSX1P28360 FNBP1-202ENST00000420781 5410 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
MSX1P28360 FAM110A-203ENST00000381939 1737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.72■□□□□ 0.27
MSX1P28360 METTL5-207ENST00000410097 1370 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
MSX1P28360 CASP16P-202ENST00000575497 2161 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
MSX1P28360 SLC39A4-201ENST00000276833 2297 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
MSX1P28360 ZBTB48-202ENST00000377674 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
MSX1P28360 AC005082.1-201ENST00000413042 2259 ntBASIC16.72■□□□□ 0.27
MSX1P28360 HPCA-201ENST00000373467 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
MSX1P28360 PBK-203ENST00000522944 1499 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
MSX1P28360 GBGT1-208ENST00000540636 1934 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
MSX1P28360 UROS-202ENST00000368778 1556 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
MSX1P28360 GMCL1P1-201ENST00000463439 1581 ntBASIC16.72■□□□□ 0.27
MSX1P28360 FAM49B-214ENST00000519540 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
MSX1P28360 CCDC34-201ENST00000317945 2109 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
MSX1P28360 CACNG5-202ENST00000533854 1311 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
MSX1P28360 CCDC63-202ENST00000545036 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
MSX1P28360 THOP1-205ENST00000586677 1872 ntTSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
MSX1P28360 RBFA-202ENST00000306735 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
MSX1P28360 FBXO24-202ENST00000427939 2087 ntTSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
MSX1P28360 FAM53A-205ENST00000472884 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
MSX1P28360 DMRT3-201ENST00000190165 2183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
MSX1P28360 HYOU1-212ENST00000532519 2162 ntTSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.2 ms