Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 MYO9A-214ENST00000566885 5111 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
NUP88Q99567 CEP78-201ENST00000277082 2542 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
NUP88Q99567 VBP1-201ENST00000286428 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
NUP88Q99567 USP25-204ENST00000400183 5341 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
NUP88Q99567 FOLH1-203ENST00000343844 2258 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
NUP88Q99567 IQSEC1-201ENST00000273221 5279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
NUP88Q99567 ACD-215ENST00000620761 1483 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
NUP88Q99567 ARSI-203ENST00000515301 1429 ntTSL 4 BASIC21.4■■□□□ 1.02
NUP88Q99567 NPR3-204ENST00000434067 2715 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
NUP88Q99567 ATRN-201ENST00000262919 8633 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
NUP88Q99567 PCDHA2-203ENST00000526136 5254 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
NUP88Q99567 DUSP15-203ENST00000375966 1077 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
NUP88Q99567 PDLIM4-202ENST00000379018 1006 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
NUP88Q99567 IGHGP-201ENST00000390555 1178 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
NUP88Q99567 RPS14-203ENST00000407193 784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
NUP88Q99567 PP7080-204ENST00000510714 601 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
NUP88Q99567 TMEM135-209ENST00000532959 1149 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
NUP88Q99567 RPL28-210ENST00000560583 1204 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
NUP88Q99567 LIMD2-211ENST00000583211 1298 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
NUP88Q99567 TMIGD2-202ENST00000595645 1212 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
NUP88Q99567 C10orf142-202ENST00000623589 1010 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
NUP88Q99567 ASAH1-251ENST00000637561 929 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
NUP88Q99567 SULF2-201ENST00000359930 4915 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
NUP88Q99567 TRPC1-203ENST00000476941 3061 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
NUP88Q99567 GHDC-212ENST00000593209 1827 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
NUP88Q99567 GGT2-201ENST00000401924 2366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
NUP88Q99567 NEU4-203ENST00000404257 2352 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
NUP88Q99567 MORC4-201ENST00000255495 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
NUP88Q99567 SEMA3B-210ENST00000611067 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
NUP88Q99567 SLC2A14-214ENST00000542505 1650 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
NUP88Q99567 SEPT8-201ENST00000296873 4394 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
NUP88Q99567 SMARCC2-203ENST00000394023 4271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
NUP88Q99567 LINC00311-201ENST00000366314 1566 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
NUP88Q99567 TMEM222-201ENST00000374076 1599 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
NUP88Q99567 AGER-205ENST00000375069 1538 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
NUP88Q99567 CPEB2-202ENST00000345451 2013 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
NUP88Q99567 ZNF213-202ENST00000416391 2996 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.02
NUP88Q99567 ACADS-201ENST00000242592 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
NUP88Q99567 DISP3-202ENST00000304391 1495 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
NUP88Q99567 UVSSA-207ENST00000511216 2927 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
NUP88Q99567 ANKMY1-209ENST00000405523 1827 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
NUP88Q99567 PITPNC1-201ENST00000299954 6359 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.02
NUP88Q99567 TAX1BP3-202ENST00000611779 1302 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
NUP88Q99567 TCAIM-203ENST00000396078 2178 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
NUP88Q99567 CHIC2-201ENST00000263921 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
NUP88Q99567 BAALC-202ENST00000306391 243 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
NUP88Q99567 BAALC-204ENST00000330955 222 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
NUP88Q99567 UXT-201ENST00000333119 574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
NUP88Q99567 HDAC11-204ENST00000404040 967 ntTSL 3 BASIC21.39■■□□□ 1.01
NUP88Q99567 AC093734.1-201ENST00000416100 242 ntTSL 3 BASIC21.39■■□□□ 1.01
NUP88Q99567 RABL2B-209ENST00000435118 1126 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
NUP88Q99567 TOB2P1-201ENST00000469761 992 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
NUP88Q99567 CUTA-210ENST00000488034 769 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
NUP88Q99567 AP000867.3-201ENST00000524675 377 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
NUP88Q99567 CIB2-208ENST00000560618 804 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
NUP88Q99567 GPR32P1-201ENST00000601788 811 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
NUP88Q99567 AP000547.2-201ENST00000609641 661 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
NUP88Q99567 KIF1BP-201ENST00000361983 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
NUP88Q99567 RBFOX1-204ENST00000422070 1684 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
NUP88Q99567 EI24-201ENST00000278903 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
NUP88Q99567 CMTM7-201ENST00000334983 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
NUP88Q99567 LDHD-202ENST00000450168 1966 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
NUP88Q99567 UROS-202ENST00000368778 1556 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
NUP88Q99567 LAMP1-201ENST00000332556 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
NUP88Q99567 FAM189B-204ENST00000368368 2609 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
NUP88Q99567 RAB7A-201ENST00000265062 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
NUP88Q99567 MARK2-201ENST00000350490 2903 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
NUP88Q99567 FBXO41-204ENST00000520530 3293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
NUP88Q99567 PITX2-203ENST00000355080 2100 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
NUP88Q99567 PHYKPL-201ENST00000308158 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
NUP88Q99567 LINC00960-201ENST00000463183 1333 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
NUP88Q99567 IL34-201ENST00000288098 1607 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
NUP88Q99567 FAM91A1-201ENST00000334705 5511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
NUP88Q99567 CLIP2-202ENST00000361545 5445 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
NUP88Q99567 MUC1-204ENST00000343256 648 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
NUP88Q99567 DARS-AS1-202ENST00000419808 772 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
NUP88Q99567 AP001625.2-201ENST00000442605 575 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
NUP88Q99567 PRAP1-202ENST00000463201 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
NUP88Q99567 UNC93B7-201ENST00000509439 705 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
NUP88Q99567 SDHD-206ENST00000528182 754 ntTSL 3 BASIC21.38■■□□□ 1.01
NUP88Q99567 ISCU-208ENST00000539593 1071 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
NUP88Q99567 ZNF549-203ENST00000594943 556 ntTSL 4 BASIC21.38■■□□□ 1.01
NUP88Q99567 CYP1B1-AS1-214ENST00000620177 554 ntTSL 4 BASIC21.38■■□□□ 1.01
NUP88Q99567 CD55-201ENST00000314754 2220 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
NUP88Q99567 ASPHD2-201ENST00000215906 3357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
NUP88Q99567 DAG1-221ENST00000541308 5676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
NUP88Q99567 WDR34-201ENST00000372715 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
NUP88Q99567 AC008393.1-201ENST00000499601 1454 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
NUP88Q99567 IL4I1-201ENST00000341114 2349 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
NUP88Q99567 BTBD11-201ENST00000280758 5767 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
NUP88Q99567 UBE2QL1-201ENST00000399816 4317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
NUP88Q99567 PRPF39-201ENST00000355765 2868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
NUP88Q99567 FARSA-202ENST00000423140 1720 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
NUP88Q99567 RPL3-201ENST00000216146 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
NUP88Q99567 C6orf136-203ENST00000376473 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
NUP88Q99567 CORO6-212ENST00000584969 1416 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
NUP88Q99567 TDRKH-203ENST00000368824 2824 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
NUP88Q99567 AC007040.2-201ENST00000606025 4170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
NUP88Q99567 UBE2E1-202ENST00000346855 1398 ntTSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
NUP88Q99567 LRRC23-209ENST00000443597 1628 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.5 ms