Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 MARK2-211ENST00000513765 2671 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 IL6R-202ENST00000368485 5914 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 CPT2-207ENST00000636867 2643 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 HCLS1-201ENST00000314583 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 HERPUD2-201ENST00000311350 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 FAM222A-202ENST00000538780 3294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 TCAP-201ENST00000309889 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 XYLT2-203ENST00000507602 2107 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 PLPPR2-208ENST00000591608 2552 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 IGSF9B-206ENST00000533871 5050 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 AGER-205ENST00000375069 1538 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 HAPLN4-201ENST00000291481 3449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 HMGA1-205ENST00000447654 2159 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 MSLN-202ENST00000545450 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 OR6D1P-202ENST00000641007 5290 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 SELENOF-202ENST00000370554 1220 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 GUCA2B-201ENST00000372581 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 IMP3-202ENST00000403490 1237 ntAPPRIS P1 BASIC21.56■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 AC003075.1-204ENST00000433005 540 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 AC012213.1-202ENST00000523422 449 ntTSL 3 BASIC21.56■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 DRAP1-205ENST00000527119 581 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 AC021739.3-201ENST00000557908 855 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 MIR3917-201ENST00000580971 93 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 CENPS-CORT-205ENST00000602787 571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.56■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF534-205ENST00000617900 1085 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 AC011558.1-201ENST00000623459 338 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 PRSS23-209ENST00000533902 2043 ntTSL 4 BASIC21.56■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF446-203ENST00000594369 2238 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 MTSS1L-204ENST00000616026 2241 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 AC135050.7-201ENST00000624508 2218 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 RAB4A-201ENST00000366690 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 RPS6KA1-204ENST00000374168 3186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 AL445433.2-201ENST00000425113 2544 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 THOP1-205ENST00000586677 1872 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 TYMS-201ENST00000323224 1327 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 NOMO2-212ENST00000622306 4252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 C16orf58-202ENST00000430477 2471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 CDX4-201ENST00000373514 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 FAM110A-201ENST00000246100 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 EDA-203ENST00000374552 5278 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 MAGED2-213ENST00000627068 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 GTF2IRD2-207ENST00000625377 1910 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 HOXC11-201ENST00000243082 2039 ntTSL 3 BASIC21.55■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 CAMKK2-207ENST00000404169 2116 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 SYTL1-208ENST00000543823 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 CHD1L-204ENST00000431239 2907 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 MRPL52-201ENST00000311892 1042 ntTSL 3 BASIC21.55■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 CD7-201ENST00000312648 1281 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 DMKN-208ENST00000424570 1293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 YBX1P2-201ENST00000489612 999 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 LINC00599-204ENST00000521242 716 ntTSL 3 BASIC21.55■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 P2RX2-208ENST00000542301 1881 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 SALRNA1-201ENST00000555871 2086 ntTSL 4 BASIC21.55■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 DMRT3-201ENST00000190165 2183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 AAED1-201ENST00000375234 2863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 TNFAIP2-201ENST00000333007 4175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 LINC00634-201ENST00000381348 1510 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 WNT5B-203ENST00000537031 1437 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 EIF5A-204ENST00000416016 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 SLCO4A1-201ENST00000217159 2776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 AC007613.1-201ENST00000572811 2597 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 CHRAC1-201ENST00000220913 2488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 MAFF-207ENST00000538999 2365 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 FAM53A-205ENST00000472884 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 ALDOC-201ENST00000226253 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 SERPINA4-201ENST00000298841 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 DOC2A-208ENST00000564944 1782 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF302-206ENST00000505242 2849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 OPRD1-201ENST00000234961 9345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 PRDX3-201ENST00000298510 1591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 CHTOP-202ENST00000368687 1094 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 PRICKLE4-202ENST00000394260 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 PRICKLE4-203ENST00000394263 1155 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 AC117947.1-201ENST00000427448 529 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 CDKN2AIPNL-202ENST00000458198 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 FIS1-207ENST00000474120 915 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 RARRES2-205ENST00000482669 563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 PTP4A3-206ENST00000524028 963 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 INO80E-207ENST00000563197 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 AL441883.1-201ENST00000566170 1045 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 FAM104A-205ENST00000581110 512 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 AC004076.1-201ENST00000596831 664 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 SYNGR4-204ENST00000601610 859 ntTSL 3 BASIC21.54■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 SCPEP1-216ENST00000631024 444 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 MAP3K7CL-206ENST00000399928 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 DMRTA1-201ENST00000325870 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 LRRC27-201ENST00000344079 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM206-201ENST00000261455 2475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 SREBF2-201ENST00000361204 5240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM176A-210ENST00000484928 1530 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 OARD1-202ENST00000424266 1337 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 RNF157-201ENST00000269391 4955 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF668-208ENST00000538906 2865 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 NKX2-1-203ENST00000518149 2583 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 GTF2IP1-210ENST00000622829 3605 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 MRGPRF-AS1-201ENST00000538407 1490 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 ANKRD18DP-201ENST00000335478 2171 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 RELL2-202ENST00000444782 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 IFNAR2-204ENST00000382264 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
SYNE3Q6ZMZ3 RAPH1-201ENST00000308091 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.3 ms