Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 AC073111.4-202ENST00000486297 585 ntTSL 4 BASIC17.76■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 AL512357.1-201ENST00000557687 518 ntTSL 4 BASIC17.76■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 AC090616.6-201ENST00000582640 721 ntBASIC17.76■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 LIMD2-211ENST00000583211 1298 ntTSL 3 BASIC17.76■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 AL732314.6-201ENST00000627721 484 ntTSL 4 BASIC17.76■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 P2RY2-201ENST00000311131 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 LYPD3-201ENST00000244333 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 INTS11-249ENST00000618806 1523 ntTSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 ZDHHC2-201ENST00000262096 6377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 SCAND1-203ENST00000615116 1371 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 TMEM53-202ENST00000372237 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 KSR1-205ENST00000509603 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 SEMA3D-202ENST00000444867 1605 ntTSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 MYC-201ENST00000259523 2042 ntTSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 KRT9-201ENST00000246662 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 CAPN1-226ENST00000533820 3083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 UBE2N-201ENST00000318066 5186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 IDH3G-202ENST00000370092 1712 ntTSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 TAX1BP3-202ENST00000611779 1302 ntTSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 AC138430.1-201ENST00000586064 5409 ntTSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 TMEM222-201ENST00000374076 1599 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 MCC-208ENST00000514701 2855 ntTSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 ZNF554-201ENST00000317243 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 STN1-201ENST00000224950 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 SCARF2-203ENST00000623402 3248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 DENND1A-203ENST00000373624 5010 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 PDP1-208ENST00000520728 2554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 CROCCP3-202ENST00000420820 1947 ntBASIC17.75■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 PSMA7-203ENST00000370873 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 TRAPPC3-202ENST00000373162 1056 ntTSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 LINC01315-202ENST00000424852 1142 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 AP000347.1-202ENST00000435868 847 ntBASIC17.75■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 PLXND1-205ENST00000504689 546 ntTSL 3 BASIC17.75■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 GNAS-AS1-203ENST00000598163 548 ntTSL 4 BASIC17.75■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 GPR32P1-201ENST00000601788 811 ntBASIC17.75■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 CYP1B1-AS1-214ENST00000620177 554 ntTSL 4 BASIC17.75■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 ASAH1-251ENST00000637561 929 ntTSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 SEPT8-216ENST00000620483 4335 ntTSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 MTMR9LP-203ENST00000426597 1545 ntBASIC17.75■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 ARRDC2-201ENST00000222250 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 CDAN1-201ENST00000356231 4637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 CEP55-201ENST00000371485 2638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 UBXN2A-201ENST00000309033 6066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 ELMOD1-202ENST00000443271 1990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 P2RX5-203ENST00000547178 1998 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 KCTD15-202ENST00000430256 2555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 MARK2-208ENST00000508192 2924 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 ASCC1-205ENST00000394919 2683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 ZAR1L-202ENST00000533490 1564 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 BMP1-202ENST00000306385 4229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 GBX2-203ENST00000551105 1307 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 BRPF3-202ENST00000357641 6052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 ZNF394-203ENST00000426306 2017 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 CACNA1A-218ENST00000635895 8657 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 CACNA1A-257ENST00000638009 8665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 DLK1-202ENST00000341267 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 SYBU-232ENST00000533171 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 SLC26A11-212ENST00000572725 1862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 LRRC4B-202ENST00000599957 3019 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.74■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 IL34-201ENST00000288098 1607 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 GJC3-201ENST00000312891 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 TMEM234-202ENST00000344461 721 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 IGHGP-201ENST00000390555 1178 ntBASIC17.74■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 DARS-AS1-202ENST00000419808 772 ntTSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 LBX1-AS1-204ENST00000456391 421 ntTSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 CCNG1-208ENST00000510664 994 ntTSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 FOSL1P1-201ENST00000511041 816 ntBASIC17.74■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 AC105202.1-201ENST00000517833 995 ntTSL 3 BASIC17.74■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 KLK12-205ENST00000529888 735 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 AC009065.1-201ENST00000564055 1225 ntBASIC17.74■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 ZFPM1-205ENST00000569086 563 ntTSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 TBCB-205ENST00000585746 875 ntTSL 3 BASIC17.74■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 AL732292.2-201ENST00000609649 430 ntBASIC17.74■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 H2BFWT-202ENST00000611083 528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 AC138932.1-201ENST00000534164 6830 ntBASIC17.74■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 ZCCHC24-202ENST00000372336 4933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 TRIM13-206ENST00000457662 1489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 SEMA6C-210ENST00000621728 1918 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 NECTIN3-206ENST00000485303 3664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 LYNX1-204ENST00000614491 4708 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 CPXM2-204ENST00000615851 2512 ntTSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 CBSL-210ENST00000624934 1992 ntTSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 RPL3-201ENST00000216146 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 KCNN2-208ENST00000631899 2098 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 AIRE-201ENST00000291582 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 MEPCE-202ENST00000414441 2261 ntTSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 SMARCC2-201ENST00000267064 4076 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 RIOX2-201ENST00000333396 5347 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 CDC26-201ENST00000374206 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 ROMO1-205ENST00000397416 288 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.73■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 AP000721.2-201ENST00000537170 650 ntTSL 4 BASIC17.73■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 RNPS1-224ENST00000569598 918 ntTSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 AC022150.1-201ENST00000599222 640 ntTSL 3 BASIC17.73■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 CHMP4A-211ENST00000609024 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 AC124864.1-201ENST00000623408 392 ntBASIC17.73■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 AHCYL1-203ENST00000393614 4313 ntTSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 MRPS5-201ENST00000272418 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 TICAM1-202ENST00000621756 1650 ntTSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 STXBP2-201ENST00000221283 1876 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 JMJD7-201ENST00000397299 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.7 ms