Protein–RNA interactions for Protein: P02461

COL3A1, Collagen alpha-1(III) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL3A1P02461 PDCD6-207ENST00000509581 1156 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 AC074051.2-201ENST00000565115 352 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 AC009154.2-201ENST00000621177 724 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 ATP1B1-201ENST00000367815 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 AK1-203ENST00000373176 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 CXXC1-202ENST00000412036 2280 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 CHRAC1-201ENST00000220913 2488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 ADAMTS9-202ENST00000459780 2871 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 KCNC3-203ENST00000477616 3176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 TNFRSF8-202ENST00000413146 2363 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 LINC00937-205ENST00000538304 2157 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 DKK1-201ENST00000373970 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 KRT8P47-201ENST00000604727 1398 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 ERI1-203ENST00000519292 2107 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 BEX4-201ENST00000372691 1066 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 BIRC7-203ENST00000395306 593 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 HDAC11-204ENST00000404040 967 ntTSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 AC069368.1-202ENST00000437723 750 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 KRT18P65-201ENST00000439811 1286 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 AC136604.3-201ENST00000508188 429 ntTSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 ANKRD34C-AS1-203ENST00000559225 528 ntTSL 4 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 LAT-211ENST00000566177 786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 ANAPC11-204ENST00000571024 668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 ANAPC11-218ENST00000582222 523 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 IL11-204ENST00000590625 1028 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 SENP6-201ENST00000327284 2700 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 LPAR2-201ENST00000407877 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 FCGRT-202ENST00000426395 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 PLA2G2F-201ENST00000375102 2723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 NSUN5P1-202ENST00000421140 1535 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 NSUN5P2-203ENST00000457352 1529 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 SOD2-206ENST00000452684 2045 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 MADD-208ENST00000405573 1823 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 LINC00960-201ENST00000463183 1333 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 FCMR-201ENST00000367091 1950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 POLD4-205ENST00000529704 1486 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 JMJD6-202ENST00000397625 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 ANKS3-202ENST00000446014 2265 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 NUMBL-202ENST00000540131 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 SNRPA1-201ENST00000254193 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 S100A11-201ENST00000271638 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 TLCD1-201ENST00000292090 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 IFT27-201ENST00000340630 1113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 AL732292.2-201ENST00000609649 430 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 AC087289.5-201ENST00000586076 3175 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 AC008687.8-201ENST00000599795 1748 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 NDRG2-208ENST00000397851 2022 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 CTSD-212ENST00000637815 2003 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 RGS20-203ENST00000344277 1667 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 AP5S1-201ENST00000246041 1960 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 BSG-201ENST00000333511 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 PTTG1IP-203ENST00000397887 2413 ntTSL 4 BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 CARNS1-205ENST00000531040 2968 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 IRF3-203ENST00000377139 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 PAX4-204ENST00000463946 1613 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 C6orf141-206ENST00000529246 1450 ntAPPRIS P1 BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 IDUA-201ENST00000247933 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 SFTPD-201ENST00000372292 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 PHGR1-201ENST00000448599 436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 KRT17P6-201ENST00000453795 1220 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 GUSBP12-201ENST00000513727 720 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 AP000867.3-201ENST00000524675 377 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 BRICD5-203ENST00000566018 555 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 MIR3652-201ENST00000579335 131 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 KLHL40-201ENST00000287777 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 MYC-207ENST00000621592 2366 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 YDJC-201ENST00000292778 1351 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 SP100-208ENST00000427101 1922 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 BANP-202ENST00000355022 2164 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 MSLN-202ENST00000545450 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 EDN3-204ENST00000371028 2397 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 MVK-201ENST00000228510 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 NOTCH2NL-204ENST00000579793 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 TMEM198-202ENST00000373883 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 PCBP3-206ENST00000400314 2202 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 RELL2-202ENST00000444782 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 CHIC2-201ENST00000263921 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 SWI5-201ENST00000320188 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 PGAP2-206ENST00000459679 795 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 MRPL2-208ENST00000489623 570 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 AC004130.1-202ENST00000603156 666 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 SPINK2-205ENST00000616980 677 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 AL732314.6-201ENST00000627721 484 ntTSL 4 BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 LEXM-201ENST00000358193 1777 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 STMN3-202ENST00000540534 2351 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 TEX13A-201ENST00000600991 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 APBB1-215ENST00000608394 2128 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 APBB1-222ENST00000610474 2147 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 CCNJ-202ENST00000403870 2830 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 GPANK1-204ENST00000375900 1814 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 CD55-206ENST00000391921 2433 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 KMT5B-205ENST00000402789 1599 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 HSPB8-201ENST00000281938 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 AGAP5-203ENST00000581191 2779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 AC004408.2-201ENST00000623613 2777 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 MFSD2A-203ENST00000420632 1914 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL3A1P02461 PPM1B-201ENST00000282412 2606 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.2 ms