Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 FAM57A-205ENST00000572018 373 ntTSL 3 BASIC22.83■■□□□ 1.25
TRIM28Q13263 MIR5100-201ENST00000579544 119 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
TRIM28Q13263 PTPN11-207ENST00000639857 801 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
TRIM28Q13263 ITPKC-201ENST00000263370 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
TRIM28Q13263 SLC27A3-214ENST00000624995 2413 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
TRIM28Q13263 FOXN3-214ENST00000557258 2692 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 ARFRP1-208ENST00000612256 2974 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 KDM8-202ENST00000441782 1612 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 NR1H2-210ENST00000598168 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 NSMF-206ENST00000371475 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 NYX-202ENST00000378220 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 LRRC29-201ENST00000393992 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 AQP8-201ENST00000219660 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 PRSS38-201ENST00000366757 1267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 INPP5F-203ENST00000369081 874 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 UBXN10-AS1-201ENST00000442226 510 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 RNASEH2C-202ENST00000527610 835 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 AP002469.2-201ENST00000531724 424 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 VASH1-204ENST00000554743 1096 ntTSL 3 BASIC22.82■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 AC021739.5-201ENST00000558637 494 ntTSL 3 BASIC22.82■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 RPL19-204ENST00000579260 1051 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 AC020909.1-201ENST00000599632 1265 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 HNF4A-208ENST00000609795 1192 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 RAB7A-201ENST00000265062 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 WHAMM-201ENST00000286760 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 CARD9-202ENST00000371734 1814 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 ACOT7-202ENST00000377842 1813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 SETD3-201ENST00000329331 1330 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 KLC1-217ENST00000554280 2426 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 STARD10-213ENST00000538536 1678 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 IRF7-207ENST00000525445 1588 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 SIT1-201ENST00000259608 1231 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 MIR202HG-201ENST00000300167 384 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 TBC1D7-202ENST00000356436 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 TBC1D7-204ENST00000379300 1276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 EXOSC3-202ENST00000396521 768 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 MTCL1P1-201ENST00000446207 792 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 AC136604.3-201ENST00000508188 429 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 AC016590.1-204ENST00000586442 813 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 AC087289.1-201ENST00000586808 890 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 CALM3-211ENST00000598871 561 ntTSL 4 BASIC22.81■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 ECSIT-202ENST00000270517 1700 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 FAM53A-205ENST00000472884 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 TFAP4-201ENST00000204517 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 CASC2-205ENST00000454781 2216 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 MORF4L1-201ENST00000331268 2359 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 TPSD1-201ENST00000211076 1499 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 RPP25-201ENST00000322177 3049 ntAPPRIS P1 BASIC22.8■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 CACTIN-202ENST00000248420 2671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 MICA-209ENST00000449934 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 PDP1-208ENST00000520728 2554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 PGAP3-206ENST00000579146 2220 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 AP001351.1-201ENST00000501397 1865 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 SULT2B1-201ENST00000201586 1295 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 LCE1F-201ENST00000334371 357 ntAPPRIS P1 BASIC22.8■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 KRT18P65-201ENST00000439811 1286 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 SAPCD2P3-201ENST00000455031 850 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 COX18-204ENST00000507544 1086 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 AF238378.1-201ENST00000526806 358 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 SPINT1-AS1-202ENST00000564302 643 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 CCDC61-202ENST00000594087 1017 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 AC114341.1-201ENST00000618070 349 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 IZUMO4-213ENST00000620263 947 ntTSL 3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 TGFBR1-202ENST00000374994 6516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 CIAO1-203ENST00000488633 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 FAM9A-202ENST00000543214 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 KLF6-204ENST00000469435 2169 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 LINC00937-205ENST00000538304 2157 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 TEAD2-202ENST00000377214 2440 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 LINC00602-201ENST00000629776 2065 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 FZR1-202ENST00000395095 1491 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 SSSCA1-201ENST00000309328 698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 BIRC7-203ENST00000395306 593 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 AC131097.3-201ENST00000413820 1228 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 NUS1P2-201ENST00000417358 873 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 METTL21A-205ENST00000426075 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 AL137026.1-202ENST00000452578 1089 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 CT47A11-201ENST00000457020 1294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 SMIM4-202ENST00000476842 522 ntTSL 4 BASIC22.79■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 AL138831.2-201ENST00000606564 490 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 ADORA2A-215ENST00000618076 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 ARHGAP22-203ENST00000374172 2380 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 FAM110A-203ENST00000381939 1737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 NDN-201ENST00000331837 1931 ntAPPRIS P1 BASIC22.78■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 CALB2-202ENST00000349553 1373 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 IDS-202ENST00000370441 1399 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 C18orf32-201ENST00000318240 1128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 TYMS-202ENST00000323250 693 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 ZGPAT-202ENST00000355969 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 C1orf43-204ENST00000368518 1278 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 TNFSF13-204ENST00000396542 726 ntTSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 HOXB-AS2-201ENST00000464382 845 ntTSL 4 BASIC22.78■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 PPP1R1B-208ENST00000580825 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 SLC25A6P4-201ENST00000586535 553 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 SLC25A24-204ENST00000569674 2357 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 TOP1MT-218ENST00000523676 1982 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 GPR162-201ENST00000311268 2768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 UBE2I-207ENST00000406620 1842 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 GTF2H4-202ENST00000376316 1673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
TRIM28Q13263 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
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