Protein–RNA interactions for Protein: Q9NRJ3

CCL28, C-C motif chemokine 28, humanhuman

Predictions only

Length 127 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCL28Q9NRJ3 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCL28Q9NRJ3 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCL28Q9NRJ3 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCL28Q9NRJ3 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCL28Q9NRJ3 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCL28Q9NRJ3 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCL28Q9NRJ3 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCL28Q9NRJ3 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCL28Q9NRJ3 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCL28Q9NRJ3 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCL28Q9NRJ3 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCL28Q9NRJ3 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
CCL28Q9NRJ3 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
CCL28Q9NRJ3 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
CCL28Q9NRJ3 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.54■□□□□ 0.88
CCL28Q9NRJ3 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCL28Q9NRJ3 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCL28Q9NRJ3 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCL28Q9NRJ3 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCL28Q9NRJ3 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCL28Q9NRJ3 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCL28Q9NRJ3 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCL28Q9NRJ3 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCL28Q9NRJ3 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCL28Q9NRJ3 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC20.52■□□□□ 0.87
CCL28Q9NRJ3 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCL28Q9NRJ3 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC20.51■□□□□ 0.87
CCL28Q9NRJ3 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCL28Q9NRJ3 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCL28Q9NRJ3 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCL28Q9NRJ3 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCL28Q9NRJ3 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCL28Q9NRJ3 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCL28Q9NRJ3 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCL28Q9NRJ3 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCL28Q9NRJ3 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCL28Q9NRJ3 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCL28Q9NRJ3 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCL28Q9NRJ3 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCL28Q9NRJ3 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCL28Q9NRJ3 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCL28Q9NRJ3 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCL28Q9NRJ3 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCL28Q9NRJ3 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
CCL28Q9NRJ3 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCL28Q9NRJ3 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCL28Q9NRJ3 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCL28Q9NRJ3 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCL28Q9NRJ3 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCL28Q9NRJ3 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCL28Q9NRJ3 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCL28Q9NRJ3 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
CCL28Q9NRJ3 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCL28Q9NRJ3 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCL28Q9NRJ3 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCL28Q9NRJ3 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCL28Q9NRJ3 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCL28Q9NRJ3 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCL28Q9NRJ3 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCL28Q9NRJ3 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
CCL28Q9NRJ3 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCL28Q9NRJ3 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCL28Q9NRJ3 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCL28Q9NRJ3 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCL28Q9NRJ3 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCL28Q9NRJ3 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCL28Q9NRJ3 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCL28Q9NRJ3 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCL28Q9NRJ3 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCL28Q9NRJ3 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCL28Q9NRJ3 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
CCL28Q9NRJ3 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCL28Q9NRJ3 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCL28Q9NRJ3 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCL28Q9NRJ3 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCL28Q9NRJ3 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCL28Q9NRJ3 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCL28Q9NRJ3 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCL28Q9NRJ3 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCL28Q9NRJ3 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCL28Q9NRJ3 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCL28Q9NRJ3 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCL28Q9NRJ3 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCL28Q9NRJ3 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
CCL28Q9NRJ3 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCL28Q9NRJ3 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCL28Q9NRJ3 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCL28Q9NRJ3 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCL28Q9NRJ3 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC20.39■□□□□ 0.85
CCL28Q9NRJ3 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCL28Q9NRJ3 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCL28Q9NRJ3 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
CCL28Q9NRJ3 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
CCL28Q9NRJ3 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCL28Q9NRJ3 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCL28Q9NRJ3 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
CCL28Q9NRJ3 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCL28Q9NRJ3 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
CCL28Q9NRJ3 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCL28Q9NRJ3 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.8 ms