Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.11■■■□□ 2.41
VPS53Q5VIR6 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.11■■■□□ 2.41
VPS53Q5VIR6 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC30.1■■■□□ 2.41
VPS53Q5VIR6 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC30.1■■■□□ 2.41
VPS53Q5VIR6 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC30.1■■■□□ 2.41
VPS53Q5VIR6 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC30.09■■■□□ 2.41
VPS53Q5VIR6 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
VPS53Q5VIR6 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC30.09■■■□□ 2.41
VPS53Q5VIR6 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
VPS53Q5VIR6 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC30.08■■■□□ 2.41
VPS53Q5VIR6 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC30.08■■■□□ 2.41
VPS53Q5VIR6 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
VPS53Q5VIR6 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
VPS53Q5VIR6 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC30.07■■■□□ 2.4
VPS53Q5VIR6 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
VPS53Q5VIR6 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.07■■■□□ 2.4
VPS53Q5VIR6 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC30.07■■■□□ 2.4
VPS53Q5VIR6 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
VPS53Q5VIR6 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
VPS53Q5VIR6 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC30.06■■■□□ 2.4
VPS53Q5VIR6 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
VPS53Q5VIR6 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.05■■■□□ 2.4
VPS53Q5VIR6 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
VPS53Q5VIR6 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC30.05■■■□□ 2.4
VPS53Q5VIR6 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
VPS53Q5VIR6 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC30.05■■■□□ 2.4
VPS53Q5VIR6 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
VPS53Q5VIR6 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
VPS53Q5VIR6 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
VPS53Q5VIR6 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC30.04■■■□□ 2.4
VPS53Q5VIR6 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
VPS53Q5VIR6 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
VPS53Q5VIR6 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
VPS53Q5VIR6 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
VPS53Q5VIR6 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
VPS53Q5VIR6 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
VPS53Q5VIR6 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC30.02■■■□□ 2.4
VPS53Q5VIR6 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.39
VPS53Q5VIR6 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.39
VPS53Q5VIR6 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC30.01■■■□□ 2.39
VPS53Q5VIR6 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.39
VPS53Q5VIR6 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
VPS53Q5VIR6 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
VPS53Q5VIR6 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.99■■■□□ 2.39
VPS53Q5VIR6 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.99■■■□□ 2.39
VPS53Q5VIR6 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.99■■■□□ 2.39
VPS53Q5VIR6 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC29.99■■■□□ 2.39
VPS53Q5VIR6 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC29.98■■■□□ 2.39
VPS53Q5VIR6 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
VPS53Q5VIR6 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC29.98■■■□□ 2.39
VPS53Q5VIR6 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
VPS53Q5VIR6 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC29.98■■■□□ 2.39
VPS53Q5VIR6 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
VPS53Q5VIR6 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.97■■■□□ 2.39
VPS53Q5VIR6 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
VPS53Q5VIR6 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
VPS53Q5VIR6 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
VPS53Q5VIR6 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC29.97■■■□□ 2.39
VPS53Q5VIR6 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
VPS53Q5VIR6 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
VPS53Q5VIR6 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
VPS53Q5VIR6 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
VPS53Q5VIR6 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
VPS53Q5VIR6 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
VPS53Q5VIR6 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.39
VPS53Q5VIR6 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.95■■■□□ 2.39
VPS53Q5VIR6 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC29.95■■■□□ 2.39
VPS53Q5VIR6 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.95■■■□□ 2.39
VPS53Q5VIR6 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC29.95■■■□□ 2.39
VPS53Q5VIR6 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.39
VPS53Q5VIR6 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.39
VPS53Q5VIR6 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.39
VPS53Q5VIR6 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.39
VPS53Q5VIR6 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.39
VPS53Q5VIR6 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.39
VPS53Q5VIR6 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.39
VPS53Q5VIR6 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.39
VPS53Q5VIR6 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.39
VPS53Q5VIR6 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.38
VPS53Q5VIR6 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
VPS53Q5VIR6 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC29.94■■■□□ 2.38
VPS53Q5VIR6 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC29.94■■■□□ 2.38
VPS53Q5VIR6 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.94■■■□□ 2.38
VPS53Q5VIR6 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC29.94■■■□□ 2.38
VPS53Q5VIR6 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
VPS53Q5VIR6 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
VPS53Q5VIR6 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC29.93■■■□□ 2.38
VPS53Q5VIR6 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC29.93■■■□□ 2.38
VPS53Q5VIR6 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC29.93■■■□□ 2.38
VPS53Q5VIR6 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
VPS53Q5VIR6 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC29.93■■■□□ 2.38
VPS53Q5VIR6 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
VPS53Q5VIR6 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
VPS53Q5VIR6 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC29.92■■■□□ 2.38
VPS53Q5VIR6 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC29.92■■■□□ 2.38
VPS53Q5VIR6 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC29.92■■■□□ 2.38
VPS53Q5VIR6 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
VPS53Q5VIR6 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC29.92■■■□□ 2.38
VPS53Q5VIR6 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC29.92■■■□□ 2.38
VPS53Q5VIR6 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.91■■■□□ 2.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.5 ms