Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CHD3Q12873 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CHD3Q12873 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CHD3Q12873 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CHD3Q12873 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CHD3Q12873 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CHD3Q12873 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CHD3Q12873 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
CHD3Q12873 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CHD3Q12873 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CHD3Q12873 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CHD3Q12873 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CHD3Q12873 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CHD3Q12873 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
CHD3Q12873 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CHD3Q12873 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CHD3Q12873 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CHD3Q12873 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CHD3Q12873 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
CHD3Q12873 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CHD3Q12873 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CHD3Q12873 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHD3Q12873 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHD3Q12873 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHD3Q12873 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHD3Q12873 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHD3Q12873 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHD3Q12873 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHD3Q12873 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHD3Q12873 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHD3Q12873 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CHD3Q12873 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CHD3Q12873 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CHD3Q12873 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CHD3Q12873 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CHD3Q12873 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CHD3Q12873 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.02
CHD3Q12873 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC21.39■■□□□ 1.02
CHD3Q12873 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.02
CHD3Q12873 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
CHD3Q12873 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CHD3Q12873 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CHD3Q12873 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CHD3Q12873 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
CHD3Q12873 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CHD3Q12873 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CHD3Q12873 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CHD3Q12873 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CHD3Q12873 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CHD3Q12873 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
CHD3Q12873 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CHD3Q12873 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CHD3Q12873 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CHD3Q12873 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CHD3Q12873 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CHD3Q12873 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CHD3Q12873 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CHD3Q12873 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CHD3Q12873 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CHD3Q12873 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CHD3Q12873 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CHD3Q12873 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CHD3Q12873 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CHD3Q12873 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CHD3Q12873 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CHD3Q12873 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CHD3Q12873 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CHD3Q12873 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CHD3Q12873 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CHD3Q12873 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CHD3Q12873 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CHD3Q12873 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CHD3Q12873 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CHD3Q12873 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CHD3Q12873 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CHD3Q12873 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CHD3Q12873 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
CHD3Q12873 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
CHD3Q12873 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CHD3Q12873 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
CHD3Q12873 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC21.32■■□□□ 1
CHD3Q12873 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CHD3Q12873 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC21.31■■□□□ 1
CHD3Q12873 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CHD3Q12873 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CHD3Q12873 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CHD3Q12873 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
CHD3Q12873 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
CHD3Q12873 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CHD3Q12873 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CHD3Q12873 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC21.29■■□□□ 1
CHD3Q12873 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CHD3Q12873 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CHD3Q12873 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
CHD3Q12873 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CHD3Q12873 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
CHD3Q12873 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
CHD3Q12873 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
CHD3Q12873 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CHD3Q12873 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
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