Protein–RNA interactions for Protein: P02461

COL3A1, Collagen alpha-1(III) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL3A1P02461 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.54■■■□□ 2.96
COL3A1P02461 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC33.53■■■□□ 2.96
COL3A1P02461 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.53■■■□□ 2.96
COL3A1P02461 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.52■■■□□ 2.96
COL3A1P02461 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.52■■■□□ 2.96
COL3A1P02461 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC33.51■■■□□ 2.96
COL3A1P02461 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.51■■■□□ 2.95
COL3A1P02461 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.5■■■□□ 2.95
COL3A1P02461 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC33.5■■■□□ 2.95
COL3A1P02461 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC33.5■■■□□ 2.95
COL3A1P02461 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.5■■■□□ 2.95
COL3A1P02461 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC33.5■■■□□ 2.95
COL3A1P02461 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC33.49■■■□□ 2.95
COL3A1P02461 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC33.49■■■□□ 2.95
COL3A1P02461 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.49■■■□□ 2.95
COL3A1P02461 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.49■■■□□ 2.95
COL3A1P02461 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC33.48■■■□□ 2.95
COL3A1P02461 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC33.48■■■□□ 2.95
COL3A1P02461 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC33.48■■■□□ 2.95
COL3A1P02461 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.48■■■□□ 2.95
COL3A1P02461 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC33.47■■■□□ 2.95
COL3A1P02461 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC33.46■■■□□ 2.95
COL3A1P02461 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC33.46■■■□□ 2.95
COL3A1P02461 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC33.45■■■□□ 2.95
COL3A1P02461 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC33.45■■■□□ 2.95
COL3A1P02461 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.45■■■□□ 2.94
COL3A1P02461 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.44■■■□□ 2.94
COL3A1P02461 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.44■■■□□ 2.94
COL3A1P02461 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.44■■■□□ 2.94
COL3A1P02461 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC33.44■■■□□ 2.94
COL3A1P02461 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC33.44■■■□□ 2.94
COL3A1P02461 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.44■■■□□ 2.94
COL3A1P02461 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.43■■■□□ 2.94
COL3A1P02461 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC33.43■■■□□ 2.94
COL3A1P02461 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.43■■■□□ 2.94
COL3A1P02461 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.43■■■□□ 2.94
COL3A1P02461 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC33.42■■■□□ 2.94
COL3A1P02461 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC33.42■■■□□ 2.94
COL3A1P02461 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.41■■■□□ 2.94
COL3A1P02461 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.41■■■□□ 2.94
COL3A1P02461 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.41■■■□□ 2.94
COL3A1P02461 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC33.41■■■□□ 2.94
COL3A1P02461 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.4■■■□□ 2.94
COL3A1P02461 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.4■■■□□ 2.94
COL3A1P02461 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC33.39■■■□□ 2.94
COL3A1P02461 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC33.39■■■□□ 2.94
COL3A1P02461 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC33.38■■■□□ 2.93
COL3A1P02461 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.38■■■□□ 2.93
COL3A1P02461 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.38■■■□□ 2.93
COL3A1P02461 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC33.37■■■□□ 2.93
COL3A1P02461 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC33.37■■■□□ 2.93
COL3A1P02461 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC33.37■■■□□ 2.93
COL3A1P02461 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC33.37■■■□□ 2.93
COL3A1P02461 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC33.36■■■□□ 2.93
COL3A1P02461 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC33.36■■■□□ 2.93
COL3A1P02461 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC33.36■■■□□ 2.93
COL3A1P02461 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC33.36■■■□□ 2.93
COL3A1P02461 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.35■■■□□ 2.93
COL3A1P02461 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC33.35■■■□□ 2.93
COL3A1P02461 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC33.34■■■□□ 2.93
COL3A1P02461 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.34■■■□□ 2.93
COL3A1P02461 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.34■■■□□ 2.93
COL3A1P02461 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC33.34■■■□□ 2.93
COL3A1P02461 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.33■■■□□ 2.93
COL3A1P02461 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC33.33■■■□□ 2.93
COL3A1P02461 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC33.33■■■□□ 2.93
COL3A1P02461 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.33■■■□□ 2.93
COL3A1P02461 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC33.33■■■□□ 2.93
COL3A1P02461 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.33■■■□□ 2.93
COL3A1P02461 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.33■■■□□ 2.93
COL3A1P02461 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.33■■■□□ 2.93
COL3A1P02461 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC33.32■■■□□ 2.93
COL3A1P02461 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC33.32■■■□□ 2.93
COL3A1P02461 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC33.32■■■□□ 2.92
COL3A1P02461 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.32■■■□□ 2.92
COL3A1P02461 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.31■■■□□ 2.92
COL3A1P02461 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC33.31■■■□□ 2.92
COL3A1P02461 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC33.31■■■□□ 2.92
COL3A1P02461 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC33.31■■■□□ 2.92
COL3A1P02461 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC33.3■■■□□ 2.92
COL3A1P02461 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC33.3■■■□□ 2.92
COL3A1P02461 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC33.3■■■□□ 2.92
COL3A1P02461 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC33.29■■■□□ 2.92
COL3A1P02461 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.29■■■□□ 2.92
COL3A1P02461 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.28■■■□□ 2.92
COL3A1P02461 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.27■■■□□ 2.92
COL3A1P02461 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.27■■■□□ 2.92
COL3A1P02461 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.27■■■□□ 2.92
COL3A1P02461 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC33.27■■■□□ 2.92
COL3A1P02461 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC33.27■■■□□ 2.92
COL3A1P02461 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC33.26■■■□□ 2.92
COL3A1P02461 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC33.26■■■□□ 2.92
COL3A1P02461 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC33.26■■■□□ 2.91
COL3A1P02461 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC33.26■■■□□ 2.91
COL3A1P02461 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC33.25■■■□□ 2.91
COL3A1P02461 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC33.25■■■□□ 2.91
COL3A1P02461 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC33.25■■■□□ 2.91
COL3A1P02461 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC33.24■■■□□ 2.91
COL3A1P02461 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.23■■■□□ 2.91
COL3A1P02461 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC33.23■■■□□ 2.91
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.1 ms