Protein–RNA interactions for Protein: A6NC98

CCDC88B, Coiled-coil domain-containing protein 88B, humanhuman

Predictions only

Length 1,476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88BA6NC98 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC44.22■■■■■ 4.67
CCDC88BA6NC98 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC44.22■■■■■ 4.67
CCDC88BA6NC98 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC44.21■■■■■ 4.67
CCDC88BA6NC98 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC44.21■■■■■ 4.67
CCDC88BA6NC98 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC44.2■■■■■ 4.67
CCDC88BA6NC98 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC44.2■■■■■ 4.67
CCDC88BA6NC98 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC44.2■■■■■ 4.67
CCDC88BA6NC98 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC44.2■■■■■ 4.67
CCDC88BA6NC98 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC44.2■■■■■ 4.67
CCDC88BA6NC98 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC44.2■■■■■ 4.67
CCDC88BA6NC98 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.19■■■■■ 4.66
CCDC88BA6NC98 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.19■■■■■ 4.66
CCDC88BA6NC98 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC44.19■■■■■ 4.66
CCDC88BA6NC98 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC44.18■■■■■ 4.66
CCDC88BA6NC98 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC44.18■■■■■ 4.66
CCDC88BA6NC98 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC44.18■■■■■ 4.66
CCDC88BA6NC98 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC44.18■■■■■ 4.66
CCDC88BA6NC98 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC44.17■■■■■ 4.66
CCDC88BA6NC98 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC44.16■■■■■ 4.66
CCDC88BA6NC98 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC44.16■■■■■ 4.66
CCDC88BA6NC98 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC44.15■■■■■ 4.66
CCDC88BA6NC98 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC44.15■■■■■ 4.66
CCDC88BA6NC98 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC44.15■■■■■ 4.66
CCDC88BA6NC98 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC44.15■■■■■ 4.66
CCDC88BA6NC98 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC44.15■■■■■ 4.66
CCDC88BA6NC98 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC44.15■■■■■ 4.66
CCDC88BA6NC98 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC44.15■■■■■ 4.66
CCDC88BA6NC98 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC44.15■■■■■ 4.66
CCDC88BA6NC98 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC44.14■■■■■ 4.66
CCDC88BA6NC98 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.14■■■■■ 4.66
CCDC88BA6NC98 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC44.13■■■■■ 4.66
CCDC88BA6NC98 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC44.13■■■■■ 4.65
CCDC88BA6NC98 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.12■■■■■ 4.65
CCDC88BA6NC98 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.12■■■■■ 4.65
CCDC88BA6NC98 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC44.11■■■■■ 4.65
CCDC88BA6NC98 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC44.1■■■■■ 4.65
CCDC88BA6NC98 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC44.1■■■■■ 4.65
CCDC88BA6NC98 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.1■■■■■ 4.65
CCDC88BA6NC98 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC44.09■■■■■ 4.65
CCDC88BA6NC98 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC44.09■■■■■ 4.65
CCDC88BA6NC98 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.09■■■■■ 4.65
CCDC88BA6NC98 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC44.08■■■■■ 4.65
CCDC88BA6NC98 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC44.08■■■■■ 4.65
CCDC88BA6NC98 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC44.08■■■■■ 4.65
CCDC88BA6NC98 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC44.07■■■■■ 4.65
CCDC88BA6NC98 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC44.06■■■■■ 4.64
CCDC88BA6NC98 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC44.06■■■■■ 4.64
CCDC88BA6NC98 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC44.06■■■■■ 4.64
CCDC88BA6NC98 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC44.05■■■■■ 4.64
CCDC88BA6NC98 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC44.05■■■■■ 4.64
CCDC88BA6NC98 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC44.05■■■■■ 4.64
CCDC88BA6NC98 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.04■■■■■ 4.64
CCDC88BA6NC98 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC44.02■■■■■ 4.64
CCDC88BA6NC98 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC44.02■■■■■ 4.64
CCDC88BA6NC98 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC44.02■■■■■ 4.64
CCDC88BA6NC98 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC44.02■■■■■ 4.64
CCDC88BA6NC98 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC44.01■■■■■ 4.64
CCDC88BA6NC98 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC44.01■■■■■ 4.64
CCDC88BA6NC98 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.99■■■■■ 4.63
CCDC88BA6NC98 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.99■■■■■ 4.63
CCDC88BA6NC98 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC43.99■■■■■ 4.63
CCDC88BA6NC98 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.99■■■■■ 4.63
CCDC88BA6NC98 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC43.98■■■■■ 4.63
CCDC88BA6NC98 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC43.97■■■■■ 4.63
CCDC88BA6NC98 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.97■■■■■ 4.63
CCDC88BA6NC98 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC43.96■■■■■ 4.63
CCDC88BA6NC98 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.96■■■■■ 4.63
CCDC88BA6NC98 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC43.95■■■■■ 4.63
CCDC88BA6NC98 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.95■■■■■ 4.63
CCDC88BA6NC98 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC43.95■■■■■ 4.63
CCDC88BA6NC98 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC43.95■■■■■ 4.63
CCDC88BA6NC98 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC43.95■■■■■ 4.63
CCDC88BA6NC98 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC43.95■■■■■ 4.63
CCDC88BA6NC98 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC43.94■■■■■ 4.62
CCDC88BA6NC98 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.94■■■■■ 4.62
CCDC88BA6NC98 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC43.94■■■■■ 4.62
CCDC88BA6NC98 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC43.94■■■■■ 4.62
CCDC88BA6NC98 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC43.93■■■■■ 4.62
CCDC88BA6NC98 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.93■■■■■ 4.62
CCDC88BA6NC98 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC43.92■■■■■ 4.62
CCDC88BA6NC98 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.92■■■■■ 4.62
CCDC88BA6NC98 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC43.92■■■■■ 4.62
CCDC88BA6NC98 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC43.91■■■■■ 4.62
CCDC88BA6NC98 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC43.91■■■■■ 4.62
CCDC88BA6NC98 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC43.91■■■■■ 4.62
CCDC88BA6NC98 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC43.9■■■■■ 4.62
CCDC88BA6NC98 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC43.89■■■■■ 4.62
CCDC88BA6NC98 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC43.89■■■■■ 4.62
CCDC88BA6NC98 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.89■■■■■ 4.62
CCDC88BA6NC98 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC43.89■■■■■ 4.62
CCDC88BA6NC98 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC43.89■■■■■ 4.62
CCDC88BA6NC98 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC43.88■■■■■ 4.62
CCDC88BA6NC98 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.88■■■■■ 4.61
CCDC88BA6NC98 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC43.88■■■■■ 4.61
CCDC88BA6NC98 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC43.87■■■■■ 4.61
CCDC88BA6NC98 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC43.87■■■■■ 4.61
CCDC88BA6NC98 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC43.86■■■■■ 4.61
CCDC88BA6NC98 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC43.86■■■■■ 4.61
CCDC88BA6NC98 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC43.86■■■■■ 4.61
CCDC88BA6NC98 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC43.86■■■■■ 4.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.9 ms