Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 MFGE8-203ENST00000542878 1172 ntTSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS28Q9UK41 PRTN3-202ENST00000544537 1036 ntTSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS28Q9UK41 C14orf144-201ENST00000553757 537 ntTSL 4 BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS28Q9UK41 MIR3917-201ENST00000580971 93 ntBASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS28Q9UK41 CPSF3-201ENST00000238112 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS28Q9UK41 SEMA3B-202ENST00000418576 1765 ntTSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS28Q9UK41 ZNF280B-203ENST00000626650 5721 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS28Q9UK41 CYP2D7-201ENST00000358097 1655 ntTSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS28Q9UK41 SLMAP-201ENST00000295951 5433 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS28Q9UK41 EDNRA-206ENST00000511804 1569 ntTSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS28Q9UK41 VPS26B-202ENST00000525095 1558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.98■□□□□ 0.63
VPS28Q9UK41 OTUD1-201ENST00000376495 2933 ntAPPRIS P1 BASIC18.97■□□□□ 0.63
VPS28Q9UK41 CD8A-202ENST00000352580 1977 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.97■□□□□ 0.63
VPS28Q9UK41 ANKRD13D-201ENST00000308440 2219 ntTSL 2 BASIC18.97■□□□□ 0.63
VPS28Q9UK41 PGP-201ENST00000333503 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
VPS28Q9UK41 PEX5L-206ENST00000465751 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.97■□□□□ 0.63
VPS28Q9UK41 MEN1-201ENST00000312049 2761 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
VPS28Q9UK41 WNK2-202ENST00000395477 6834 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.97■□□□□ 0.63
VPS28Q9UK41 CYB561D2-201ENST00000232508 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
VPS28Q9UK41 CLN6-204ENST00000564752 900 ntTSL 3 BASIC18.97■□□□□ 0.63
VPS28Q9UK41 FGF14-AS2-201ENST00000606448 1074 ntBASIC18.97■□□□□ 0.63
VPS28Q9UK41 AC010240.3-201ENST00000607688 395 ntBASIC18.97■□□□□ 0.63
VPS28Q9UK41 AL157888.1-201ENST00000631930 593 ntBASIC18.97■□□□□ 0.63
VPS28Q9UK41 NDUFAB1-201ENST00000007516 717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
VPS28Q9UK41 LINC01819-201ENST00000422351 2156 ntTSL 5 BASIC18.97■□□□□ 0.63
VPS28Q9UK41 AC020922.1-201ENST00000591954 3058 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.97■□□□□ 0.63
VPS28Q9UK41 ARNT-202ENST00000358595 4887 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
VPS28Q9UK41 PRRT1-201ENST00000211413 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
VPS28Q9UK41 LYPD3-201ENST00000244333 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
VPS28Q9UK41 SNAI3-AS1-205ENST00000568633 2096 ntBASIC18.97■□□□□ 0.63
VPS28Q9UK41 GDPD1-201ENST00000284116 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
VPS28Q9UK41 ACADS-201ENST00000242592 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
VPS28Q9UK41 PSAP-205ENST00000610929 1969 ntTSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
VPS28Q9UK41 HBEGF-201ENST00000230990 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
VPS28Q9UK41 NTMT1-211ENST00000617943 1346 ntTSL 3 BASIC18.97■□□□□ 0.63
VPS28Q9UK41 GOLGA2P10-204ENST00000618004 1349 ntTSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
VPS28Q9UK41 AGO3-202ENST00000324350 1726 ntTSL 2 BASIC18.97■□□□□ 0.63
VPS28Q9UK41 SSC4D-201ENST00000275560 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
VPS28Q9UK41 PRR5-ARHGAP8-201ENST00000352766 2043 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.96■□□□□ 0.63
VPS28Q9UK41 YY1AP1-213ENST00000405763 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
VPS28Q9UK41 MAPK9-208ENST00000455781 4336 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.96■□□□□ 0.63
VPS28Q9UK41 HSPB8-201ENST00000281938 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
VPS28Q9UK41 AL512380.2-201ENST00000637901 1780 ntTSL 5 BASIC18.96■□□□□ 0.63
VPS28Q9UK41 CRELD2-201ENST00000328268 1357 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
VPS28Q9UK41 NR1H2-210ENST00000598168 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.96■□□□□ 0.63
VPS28Q9UK41 CYP51A1P1-201ENST00000492267 1507 ntBASIC18.96■□□□□ 0.63
VPS28Q9UK41 EFEMP2-210ENST00000528176 1504 ntTSL 5 BASIC18.96■□□□□ 0.63
VPS28Q9UK41 TYMS-203ENST00000323274 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
VPS28Q9UK41 COPE-201ENST00000262812 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
VPS28Q9UK41 EEF1D-202ENST00000395119 1249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
VPS28Q9UK41 DGUOK-AS1-203ENST00000453103 601 ntTSL 3 BASIC18.96■□□□□ 0.63
VPS28Q9UK41 NAT14-202ENST00000587400 416 ntTSL 5 BASIC18.96■□□□□ 0.63
VPS28Q9UK41 DHRS2-210ENST00000611765 1287 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.96■□□□□ 0.63
VPS28Q9UK41 SMARCC2-203ENST00000394023 4271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
VPS28Q9UK41 LINC01311-201ENST00000565162 1445 ntBASIC18.96■□□□□ 0.63
VPS28Q9UK41 TWIST2-202ENST00000612363 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
VPS28Q9UK41 SPAG1-206ENST00000520643 1723 ntTSL 2 BASIC18.96■□□□□ 0.63
VPS28Q9UK41 GDF10-201ENST00000580279 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
VPS28Q9UK41 NDUFB9-206ENST00000522532 1319 ntTSL 2 BASIC18.96■□□□□ 0.63
VPS28Q9UK41 TEKT5-201ENST00000283025 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
VPS28Q9UK41 AL365232.1-201ENST00000423730 1636 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.96■□□□□ 0.63
VPS28Q9UK41 SEMA3D-202ENST00000444867 1605 ntTSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
VPS28Q9UK41 CTBP2-214ENST00000531469 1918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.96■□□□□ 0.63
VPS28Q9UK41 SSX2IP-210ENST00000605755 1933 ntTSL 2 BASIC18.96■□□□□ 0.63
VPS28Q9UK41 COBL-210ENST00000632460 1941 ntTSL 5 BASIC18.96■□□□□ 0.63
VPS28Q9UK41 TMEM129-202ENST00000382936 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
VPS28Q9UK41 ULK2-201ENST00000361658 3908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
VPS28Q9UK41 TICAM1-202ENST00000621756 1650 ntTSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
VPS28Q9UK41 CHPF-203ENST00000535926 2634 ntTSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
VPS28Q9UK41 CCND3-204ENST00000414200 1724 ntTSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
VPS28Q9UK41 ELP5-204ENST00000396628 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
VPS28Q9UK41 MTSS1L-204ENST00000616026 2241 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
VPS28Q9UK41 AP006284.1-202ENST00000527113 527 ntTSL 4 BASIC18.95■□□□□ 0.62
VPS28Q9UK41 SLF2-205ENST00000609386 891 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
VPS28Q9UK41 C1QTNF8-202ENST00000621771 897 ntTSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
VPS28Q9UK41 DFFB-212ENST00000625756 649 ntTSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
VPS28Q9UK41 SMIM29-209ENST00000636500 1186 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
VPS28Q9UK41 NECTIN3-206ENST00000485303 3664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
VPS28Q9UK41 ARHGEF28-204ENST00000437974 5792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
VPS28Q9UK41 AP5S1-202ENST00000379567 1791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
VPS28Q9UK41 PTN-201ENST00000348225 1614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
VPS28Q9UK41 CAB39-202ENST00000409788 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
VPS28Q9UK41 TINAGL1-202ENST00000457433 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
VPS28Q9UK41 TCTN1-223ENST00000550703 2149 ntTSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
VPS28Q9UK41 BTG3-201ENST00000339775 1485 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
VPS28Q9UK41 GLYCTK-202ENST00000436784 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
VPS28Q9UK41 SYT3-206ENST00000600079 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
VPS28Q9UK41 KCNMA1-278ENST00000640141 5705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
VPS28Q9UK41 IRS2-201ENST00000375856 8138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
VPS28Q9UK41 STXBP2-202ENST00000414284 1859 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
VPS28Q9UK41 IGFBP4-201ENST00000269593 2200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
VPS28Q9UK41 CCDC17-202ENST00000421127 2216 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
VPS28Q9UK41 KLHL17-201ENST00000338591 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
VPS28Q9UK41 KCNH1-214ENST00000640566 1365 ntTSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
VPS28Q9UK41 ACBD5-201ENST00000375888 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
VPS28Q9UK41 ELOC-209ENST00000602840 2780 ntTSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
VPS28Q9UK41 PFDN6-206ENST00000463584 1915 ntTSL 3 BASIC18.94■□□□□ 0.62
VPS28Q9UK41 MAFF-206ENST00000538320 2458 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.94■□□□□ 0.62
VPS28Q9UK41 ARL5A-201ENST00000295087 5326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
VPS28Q9UK41 SPIRE2-201ENST00000378247 3235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.7 ms