Protein–RNA interactions for Protein: Q93008

USP9X, Probable ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase FAF-X, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 2,570 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP9XQ93008 TMEM205-205ENST00000586590 677 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 TMEM205-207ENST00000586956 1003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 NUDT17-201ENST00000334513 1473 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 BCL7A-201ENST00000261822 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 AC125634.1-201ENST00000438758 1403 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 ATP6AP1-201ENST00000369762 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 RGS11-203ENST00000359740 1371 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 C16orf70-208ENST00000569600 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 ZHX3-212ENST00000558993 1528 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 RTN1-202ENST00000342503 1703 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 TMSB4X-203ENST00000380636 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 KRT16P3-203ENST00000580621 1939 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 LIMS2-207ENST00000409808 2315 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 H2AFZ-201ENST00000296417 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 FAM3A-208ENST00000419205 1763 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 IL17RC-205ENST00000413608 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 ZFPL1-201ENST00000294258 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 STARD3-202ENST00000394250 1949 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 IKBKG-214ENST00000618670 2069 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 CPNE7-202ENST00000319518 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 DNAAF3-207ENST00000527223 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 HIKESHI-207ENST00000533986 1694 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 DNAJC28-203ENST00000402202 1480 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 GPN3-202ENST00000537466 1491 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 C11orf49-201ENST00000278460 1645 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 MTX1-202ENST00000368376 1632 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 P2RY6-209ENST00000540342 1611 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 POLR3GL-202ENST00000369314 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 JMJD7-203ENST00000408047 1192 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 LINC02558-202ENST00000436395 298 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 NDUFAF5-203ENST00000463598 991 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 NDUFB2-208ENST00000471136 499 ntTSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 RBM14-RBM4-203ENST00000500635 829 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 AC138304.1-201ENST00000563841 424 ntTSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 RAB3D-202ENST00000589655 924 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 AC084346.2-201ENST00000607097 949 ntBASIC16■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 HAND2-AS1-237ENST00000616485 2420 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 GNA14-201ENST00000341700 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 PFN2-203ENST00000452853 1780 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 PRR14-202ENST00000300835 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 TRAPPC1-201ENST00000303731 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 H3F3C-201ENST00000340398 1057 ntAPPRIS P1 BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 C6orf48-204ENST00000375639 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 MRPL2-202ENST00000388752 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 IRF3-204ENST00000442265 315 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 H2AFV-207ENST00000446531 1041 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 TWIST2-201ENST00000448943 1176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 ITGA9-AS1-209ENST00000450990 562 ntTSL 4 BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 MRPL36-204ENST00000508987 686 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 ARAP1-AS1-201ENST00000542022 388 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 TPCN2-205ENST00000542467 2000 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 AC005225.4-201ENST00000557330 545 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 COX5A-206ENST00000568783 571 ntTSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 AC008403.2-204ENST00000600650 1006 ntTSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 AJ011932.1-201ENST00000621707 465 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 HOXC13-201ENST00000243056 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 ZNF669-201ENST00000343381 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 EDC3-214ENST00000568176 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 CPEB1-214ENST00000617522 2220 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 KLHL21-206ENST00000610898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 SLC22A18-203ENST00000380574 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 LMCD1-204ENST00000426878 1431 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 LINC02028-204ENST00000449350 1419 ntTSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 LY6E-207ENST00000520466 1419 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 MSL1-206ENST00000579565 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 DNAJC4-203ENST00000355040 759 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 SUMO2P17-202ENST00000508743 738 ntTSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 TNFRSF13B-203ENST00000579315 600 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 AL022328.2-201ENST00000608016 640 ntTSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 ST3GAL3-219ENST00000372374 2170 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 DNAJC1-202ENST00000376980 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 KATNBL1P6-202ENST00000562413 1466 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 TLX2-204ENST00000621092 1452 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 DSCC1-201ENST00000313655 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 NUDT10-201ENST00000356450 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 SLC35F5-203ENST00000409342 2284 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 SLAIN1-206ENST00000418532 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 PRKN-202ENST00000366892 1505 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 NUDT6-201ENST00000304430 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 SH3TC1-202ENST00000382521 829 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 AC092809.2-202ENST00000436706 790 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 AC095060.1-201ENST00000502455 549 ntTSL 4 BASIC15.98■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 ATG10-207ENST00000513443 978 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 TMEM206-205ENST00000535273 2119 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 TMEM220-AS1-202ENST00000580899 561 ntTSL 4 BASIC15.98■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 AC138761.1-201ENST00000584393 385 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 FBF1-204ENST00000586631 621 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 KCNK4-207ENST00000539216 1723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 MORF4L2-AS1-201ENST00000435306 2086 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 ARAP1-AS2-201ENST00000500163 1824 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 IRF7-207ENST00000525445 1588 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 ILDR2-204ENST00000525740 2242 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 SLC22A1-201ENST00000324965 1521 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
USP9XQ93008 SLC39A5-209ENST00000454355 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.6 ms