Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 AC010240.3-201ENST00000607688 395 ntBASIC21.29■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 AC011558.1-201ENST00000623459 338 ntBASIC21.29■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 AC092865.7-201ENST00000641832 219 ntBASIC21.29■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 RNPEPL1-201ENST00000270357 5658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 TTC19-201ENST00000261647 3002 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 NPR3-204ENST00000434067 2715 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 CPT2-207ENST00000636867 2643 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 IQCJ-SCHIP1-207ENST00000638749 2633 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 AL445433.2-201ENST00000425113 2544 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 AC020763.4-201ENST00000623414 4170 ntBASIC21.29■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 KRT8-217ENST00000619952 2437 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 FAM3A-201ENST00000322269 1815 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 L3HYPDH-201ENST00000247194 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 HNRNPM-201ENST00000325495 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 ALDH3B1-206ENST00000615463 1300 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 ZNF302-206ENST00000505242 2849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 EHMT1-204ENST00000462484 2707 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 P2RX2-208ENST00000542301 1881 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 ZNF668-208ENST00000538906 2865 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 SUFU-201ENST00000369899 1839 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 FGF8-201ENST00000320185 799 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 PIEZO1-202ENST00000327397 1246 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 ANKRD20A18P-201ENST00000359341 492 ntBASIC21.28■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 KRT18P21-201ENST00000515767 1272 ntBASIC21.28■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 TMEM64-204ENST00000519519 873 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 C12orf43-206ENST00000537817 1270 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 CENPX-206ENST00000580435 710 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 ADGRG2-210ENST00000379878 4803 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 ZNF213-202ENST00000416391 2996 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 KMT5B-206ENST00000405515 2869 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 EPHX4-201ENST00000370383 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 RAB29-205ENST00000446390 1441 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 SLC35E1-208ENST00000595753 5099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 MTMR12-201ENST00000264934 2215 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 STARD3-201ENST00000336308 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 FKBP3-202ENST00000396062 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 WFDC1-203ENST00000568638 1319 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 MYC-207ENST00000621592 2366 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 ADGRD2-201ENST00000334810 3244 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 AC008393.1-201ENST00000499601 1454 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 GNAS-AS1-202ENST00000443966 2341 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 SLBP-201ENST00000318386 1635 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 PEPD-203ENST00000436370 1638 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 NPTX1-201ENST00000306773 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 THOP1-205ENST00000586677 1872 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 LCE3C-201ENST00000333881 425 ntAPPRIS P1 BASIC21.27■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 RAB4A-201ENST00000366690 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 CD1E-211ENST00000368166 1271 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 ST8SIA1-202ENST00000381424 1036 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 AP000523.1-201ENST00000398242 1049 ntBASIC21.27■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 AC103564.1-201ENST00000437330 562 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 AC104076.2-201ENST00000448912 469 ntBASIC21.27■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 REPIN1-210ENST00000482680 1029 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 SIDT2-217ENST00000532062 2143 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 MRPL46-202ENST00000558531 1002 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 INO80E-207ENST00000563197 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 AC140113.3-201ENST00000605663 199 ntBASIC21.27■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 SEMA3B-202ENST00000418576 1765 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 TLE3-201ENST00000317509 5207 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 GTF2IRD2-207ENST00000625377 1910 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
VPS54Q9P1Q0 RAP1GAP-204ENST00000374761 3318 ntTSL 5 BASIC21.27■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 NF2-203ENST00000353887 1845 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 PRDX3-201ENST00000298510 1591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 IFFO1-212ENST00000619571 2724 ntTSL 2 BASIC21.27■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 POLR3E-209ENST00000564209 2464 ntTSL 2 BASIC21.27■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 ADK-206ENST00000541550 2222 ntTSL 2 BASIC21.27■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 ASPHD2-201ENST00000215906 3357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 IAH1-202ENST00000470914 2137 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 KRT8-216ENST00000552551 2126 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 KRT24-201ENST00000264651 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 FAM110A-201ENST00000246100 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 CHD1L-204ENST00000431239 2907 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 GCH1-207ENST00000622544 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 AMDHD2-203ENST00000413459 2049 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 PRSS23-209ENST00000533902 2043 ntTSL 4 BASIC21.26■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 CTSD-212ENST00000637815 2003 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 ANKRD18DP-201ENST00000335478 2171 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 FBXO41-204ENST00000520530 3293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 KLK14-201ENST00000156499 1060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 TSPAN14-202ENST00000341863 1037 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 SDCBP2-203ENST00000381808 1261 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 KRTAP5-10-201ENST00000398531 1176 ntAPPRIS P1 BASIC21.26■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 SDR39U1-202ENST00000538105 1041 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 MFGE8-203ENST00000542878 1172 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 PRTN3-202ENST00000544537 1036 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 RBM26-202ENST00000438724 5152 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 ZNF446-203ENST00000594369 2238 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 LRRC27-201ENST00000344079 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 FAM117B-201ENST00000392238 5763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 DLK1-202ENST00000341267 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 KRBOX1-AS1-201ENST00000447834 2134 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 MCOLN2-201ENST00000284027 1729 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 MRPS7-204ENST00000579761 1717 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 SDHAP2-201ENST00000455183 2001 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 PLA2G2F-201ENST00000375102 2723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 RBM24-202ENST00000379052 2703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 AC007192.1-201ENST00000593731 5142 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 ICA1-206ENST00000402384 2458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 DOC2A-208ENST00000564944 1782 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 POLR2C-201ENST00000219252 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.5 ms