Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 LY6E-202ENST00000429120 1173 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 HEXB-207ENST00000511181 2021 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 RPPH1-201ENST00000516869 333 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 AP002433.1-201ENST00000525548 964 ntTSL 3 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 IGHMBP2-205ENST00000539224 785 ntTSL 3 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 AC015712.2-203ENST00000560461 688 ntTSL 3 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 ASPSCR1-211ENST00000581647 720 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 AP000692.2-201ENST00000608391 879 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 DGCR10-201ENST00000609839 495 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 TSTD3-202ENST00000636394 336 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 SALRNA1-201ENST00000555871 2086 ntTSL 4 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 ZC3H7B-201ENST00000352645 5909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 KCNC4-203ENST00000413138 3018 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 MZF1-206ENST00000599369 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 AC107464.1-203ENST00000468356 2120 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 GRIA4-203ENST00000393127 5621 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 ARNTL-201ENST00000389707 2776 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 SBNO2-202ENST00000438103 4537 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 ZNF324-203ENST00000536459 5653 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 AP003774.1-201ENST00000316124 2340 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 GNAS-AS1-202ENST00000443966 2341 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 DMRT3-201ENST00000190165 2183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 SKOR1-203ENST00000554054 3620 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 TRIM74-201ENST00000285805 1350 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 TRIM73-201ENST00000323819 1358 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 CRYBB2P1-202ENST00000382734 1364 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 LINC00511-201ENST00000453722 1716 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 EWSR1-207ENST00000406548 2207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 SLC25A39-202ENST00000377095 1565 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 PIP4K2C-202ENST00000422156 1558 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 MCU-202ENST00000373053 2949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 N4BP1-201ENST00000262384 7106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 TMEM104-202ENST00000417024 1781 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 BSX-201ENST00000343035 830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 ENSA-205ENST00000361532 792 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 BOLA1-203ENST00000369153 1096 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 B3GAT3P1-201ENST00000471720 806 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 TMEM263-203ENST00000547242 811 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 EFTUD1P1-201ENST00000558187 596 ntTSL 4 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 RPS15-203ENST00000586096 570 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 ZNF667-AS1-208ENST00000594783 475 ntTSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 MMD2-204ENST00000612910 778 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 ASNS-206ENST00000437628 1638 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 ACSM2A-201ENST00000219054 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 PTGER3-201ENST00000306666 2333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 ETV2-203ENST00000402764 1487 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 STUM-201ENST00000366788 7705 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 SIKE1-201ENST00000060969 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 CDK11B-201ENST00000340677 2534 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 LRRC36-201ENST00000329956 2395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 AL139130.1-201ENST00000451362 5586 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 MTMR12-201ENST00000264934 2215 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 FBLIM1-202ENST00000375766 3695 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 DPYSL4-202ENST00000368627 1545 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 ANKRD10-201ENST00000267339 2495 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 GPS2-201ENST00000380728 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 DIO3OS-212ENST00000557661 1937 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 PTPA-206ENST00000358994 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 PDLIM7-203ENST00000359895 1567 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 MEN1-205ENST00000377316 2868 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 UBL3-201ENST00000380680 4384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 AC063977.6-201ENST00000600074 1763 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 PCOLCE-AS1-201ENST00000442166 2537 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 NLGN2-201ENST00000302926 4642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 ANKRD18DP-201ENST00000335478 2171 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 KRT17-205ENST00000540235 1438 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 ZNF655-202ENST00000320583 1601 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 CIRBP-202ENST00000413636 1606 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 DSCR9-201ENST00000454482 1644 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 CCDC127-201ENST00000296824 9342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 FAM49B-214ENST00000519540 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 GNG5-202ENST00000370645 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 PUSL1-201ENST00000379031 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 TSPAN4-209ENST00000409543 1031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 TMEM240-202ENST00000425828 717 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 SDR39U1-202ENST00000538105 1041 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 TARBP2-220ENST00000552857 916 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 C14orf144-202ENST00000555282 854 ntTSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 TSPYL5-201ENST00000322128 4491 ntAPPRIS P1 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 NRG1-202ENST00000356819 5931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 CDK5R1-201ENST00000313401 4325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 PLCL2-204ENST00000615277 4147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 ZNF114-206ENST00000600687 1742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 CNIH3-201ENST00000272133 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 WNT5B-201ENST00000310594 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 RASSF1-201ENST00000327761 1757 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 AC106820.2-201ENST00000563775 3264 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 YY1-201ENST00000262238 6697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 KRT86-202ENST00000423955 2217 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 NOC2LP1-202ENST00000452600 2235 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 CACNA1A-221ENST00000636012 7500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 TNFRSF19-202ENST00000382258 1625 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 MSANTD1-201ENST00000438480 2922 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 TRAK2-202ENST00000430254 1436 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 THOP1-205ENST00000586677 1872 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 VAV1-204ENST00000596764 2775 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 RAB11FIP5-205ENST00000486777 6120 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 ANKS3-230ENST00000614075 2387 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 MRPL3-201ENST00000264995 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 AC087500.1-202ENST00000571689 1715 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.5 ms