Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 PDZD3-201ENST00000322712 2204 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 BEST4-201ENST00000372207 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 MRPS34-201ENST00000177742 1040 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 TMEM147-201ENST00000222284 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 PMP22-202ENST00000395936 816 ntTSL 3 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 AC091180.3-201ENST00000506504 963 ntTSL 3 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 MRPL52-210ENST00000555345 895 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 AL596442.2-201ENST00000610240 980 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 SELENOM-210ENST00000611680 689 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 TMEM250-205ENST00000561457 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 ZNF513-202ENST00000407879 2077 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 C17orf58-204ENST00000580729 2065 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 IFRD1-201ENST00000005558 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 SCYL2-201ENST00000360820 5779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 SP3-208ENST00000640958 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 KLHDC1-201ENST00000359332 2691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 SYTL1-210ENST00000616558 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 ABHD14B-202ENST00000361143 1636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 FOXP3-206ENST00000557224 1371 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 C7orf43-201ENST00000316937 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 TMEM25-225ENST00000533102 1410 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 C19orf35-201ENST00000342063 2574 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 FUCA1-201ENST00000374479 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 SBK1-201ENST00000341901 4992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 TEX264-215ENST00000611400 1488 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 ARAP1-AS2-201ENST00000500163 1824 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 CYP51A1P1-201ENST00000492267 1507 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 KLF14-201ENST00000583337 2827 ntAPPRIS P1 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 TUBA3C-201ENST00000400113 1551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 MARK2-204ENST00000402010 4728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 EGFR-202ENST00000342916 2239 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 RNA5SP416-201ENST00000516838 111 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 AC012640.2-201ENST00000561606 901 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 TWSG1-202ENST00000581641 1119 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 GZMM-202ENST00000592501 941 ntTSL 3 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 CCL3-204ENST00000613922 778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 C6orf48-210ENST00000614363 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 FLT1-207ENST00000615840 6453 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 STRADB-201ENST00000194530 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 PTGES2-201ENST00000277462 1614 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 WFDC1-203ENST00000568638 1319 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 HNRNPDL-210ENST00000630827 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 ESR2-204ENST00000353772 2454 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 OTOP2-201ENST00000331427 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 SLC46A3-202ENST00000380814 2121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 EXOSC3-201ENST00000327304 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 RPRM-201ENST00000325926 1471 ntAPPRIS P1 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 SUSD1-204ENST00000374270 3124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 MAP3K15-201ENST00000338883 4012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 ALG9-215ENST00000616540 2069 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 DPM3-201ENST00000341298 486 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 SMN1-201ENST00000351205 900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 SMN2-201ENST00000380741 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 YWHAZ-203ENST00000395951 964 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 AC007967.2-201ENST00000432613 625 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 METTL21AP1-201ENST00000438852 635 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 SART3-203ENST00000546611 1184 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 ARHGDIA-208ENST00000581876 709 ntTSL 3 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 STXBP2-222ENST00000612033 1188 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 CHST13-202ENST00000615522 1146 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 SMN2-216ENST00000638794 846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 SYT15-201ENST00000374321 1369 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 FBXW8-201ENST00000309909 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 NFATC4-223ENST00000555802 1476 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 C18orf8-214ENST00000615148 1958 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 IRX2-201ENST00000302057 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 EXOC3L2-202ENST00000413988 2964 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 DUSP5-201ENST00000369583 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 D2HGDH-201ENST00000321264 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 ZBTB7B-201ENST00000292176 2129 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 ACHE-203ENST00000411582 2179 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 TPBGL-201ENST00000562197 2793 ntAPPRIS P1 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 PBX1-222ENST00000627490 1769 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 ACTL6A-201ENST00000392662 1899 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 TNNT1-201ENST00000291901 967 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 OR7E14P-202ENST00000530490 1290 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 SDR39U1-202ENST00000538105 1041 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 LINC00623-201ENST00000613486 486 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 EML2-AS1-203ENST00000623430 886 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 PRRT1-201ENST00000211413 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 EGLN2-202ENST00000406058 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 C6orf141-206ENST00000529246 1450 ntAPPRIS P1 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 CPNE7-202ENST00000319518 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 GRB7-202ENST00000394204 1667 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 AR-204ENST00000504326 3615 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 MYO1D-213ENST00000583621 1916 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 CSPG5-201ENST00000264723 4080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 AKNA-205ENST00000374079 2138 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 FCN2-201ENST00000291744 1057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 VKORC1-201ENST00000300851 876 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 COA5-202ENST00000409997 557 ntTSL 4 BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 AC023274.1-201ENST00000418278 595 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 MRPS24-203ENST00000418740 743 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 RNASEH2C-202ENST00000527610 835 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 ABO-202ENST00000538324 1147 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 AP000763.4-201ENST00000544674 752 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 AC099518.3-201ENST00000564808 809 ntAPPRIS P5 TSL 4 BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 AC130456.4-201ENST00000568635 665 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC9Q9Y3X0 RUFY1-201ENST00000319449 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 82.9 ms