Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 RNF166-203ENST00000541206 2419 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 SLC34A3-202ENST00000538474 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 CKMT1A-202ENST00000413453 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 RGS9BP-201ENST00000334176 2894 ntAPPRIS P1 BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 KDM1A-202ENST00000400181 3059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 ARPIN-202ENST00000460685 2145 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 RNF128-201ENST00000255499 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 Z82202.1-201ENST00000623446 1880 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 ICA1-208ENST00000407906 1615 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 RBM24-202ENST00000379052 2703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 HLA-G-205ENST00000428701 1578 ntAPPRIS P2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 CLASRP-201ENST00000221455 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 PGS1-201ENST00000262764 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 DNASE1L2-201ENST00000320700 1326 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 ZNRF1-202ENST00000335325 4620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 PLPP4-202ENST00000398250 1521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 PNKP-224ENST00000631020 1545 ntTSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 RPS6KB1-204ENST00000443572 1913 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 CD1E-210ENST00000368165 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 NMRK1-202ENST00000376808 1121 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 SYCE1L-201ENST00000378644 858 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 CD1E-214ENST00000452291 745 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 C12orf43-206ENST00000537817 1270 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 AP1S2-206ENST00000545766 576 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 LINC01785-201ENST00000598042 1112 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 DFFB-212ENST00000625756 649 ntTSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 SETD3-209ENST00000630307 1281 ntTSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 CLN6-214ENST00000636314 442 ntTSL 3 BASIC16.77■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 CPSF3-201ENST00000238112 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 CENPT-208ENST00000562787 2345 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 MAP4K4-210ENST00000425019 4403 ntTSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 OGG1-201ENST00000302003 1655 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 AC233280.1-201ENST00000423600 1684 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 NAPRT-203ENST00000435154 1877 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 SYTL1-210ENST00000616558 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 HTR1E-201ENST00000305344 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 KAT5-203ENST00000377046 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 ARHGEF19-201ENST00000270747 3029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 TAPT1-201ENST00000405303 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 ZNF843-203ENST00000618063 1765 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 AGPAT2-205ENST00000538402 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 PAFAH1B2-202ENST00000419197 2517 ntTSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 TLE3-201ENST00000317509 5207 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 PRRT1-202ENST00000375150 1726 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 MCIDAS-201ENST00000513312 1736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 FLT1-209ENST00000639477 6337 ntTSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 PRKCB-202ENST00000321728 2689 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 CCDC106-201ENST00000308964 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 NCF1B-201ENST00000423083 1516 ntTSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 ANKRD10-201ENST00000267339 2495 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 SCARF2-203ENST00000623402 3248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 ALDH3B1-206ENST00000615463 1300 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 GLB1-201ENST00000307363 2616 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 TMEM109-201ENST00000227525 2413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 AL109659.2-201ENST00000606809 1674 ntBASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 EEF1A2-201ENST00000217182 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 AL031658.1-201ENST00000449519 2013 ntTSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 TIMM50-202ENST00000544017 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 RNF38-202ENST00000350199 5104 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 ACVR1B-201ENST00000257963 4563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 MUTYH-203ENST00000372098 1839 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 MUTYH-204ENST00000372104 1823 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 MUTYH-205ENST00000372110 1809 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 MUC1-204ENST00000343256 648 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 TNFRSF10C-202ENST00000397703 1242 ntTSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 AC026396.1-201ENST00000419388 421 ntBASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 AC022424.1-201ENST00000512155 889 ntTSL 3 BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 CHRNB1-207ENST00000575379 1095 ntTSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 AC010463.1-201ENST00000596542 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 Metazoa_SRP.33-201ENST00000613468 285 ntBASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 AC083849.1-201ENST00000615227 514 ntBASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 AC112497.1-201ENST00000624824 639 ntBASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 ANKRD36-207ENST00000639293 1168 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 NDUFAB1-201ENST00000007516 717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 OBSL1-204ENST00000404537 5841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 DCST1-204ENST00000423025 2199 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 CDH24-201ENST00000267383 2873 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 GABRD-201ENST00000378585 1961 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 RAB11FIP4-201ENST00000394744 1968 ntTSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 FBXW8-201ENST00000309909 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 FKBP10-201ENST00000321562 2662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 ZZZ3-201ENST00000370798 2468 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 GPR83-202ENST00000539203 1909 ntTSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 MTMR1-208ENST00000445323 4516 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 CHRFAM7A-202ENST00000397827 2794 ntTSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 GALNT13-201ENST00000392825 5536 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 CA7-202ENST00000394069 1713 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 ZNF302-201ENST00000423823 2590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 SMPD3-201ENST00000219334 5453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 PLCXD1-202ENST00000381663 1863 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 KRT15-203ENST00000393976 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 EHBP1-209ENST00000431489 5076 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 TINAGL1-201ENST00000271064 2187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 FLT1-207ENST00000615840 6453 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 ZACN-201ENST00000334586 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 RIMBP3-201ENST00000619918 6105 ntAPPRIS P1 BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 CCM2-207ENST00000475551 2471 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 SCD5-201ENST00000273908 1995 ntTSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 EGLN2-201ENST00000303961 2102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
HOXD4P09016 SLC29A2-201ENST00000311161 2262 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 68.6 ms