Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 PEPD-203ENST00000436370 1638 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 IRF3-202ENST00000377135 1442 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 MOGS-201ENST00000233616 2895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 SLC35B2-207ENST00000619636 2063 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 AL024508.2-201ENST00000607749 1894 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 OGFOD3-202ENST00000329197 1652 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 NDUFAF2-201ENST00000296597 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 S100A3-201ENST00000368712 579 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.01■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 ROMO1-204ENST00000374078 498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 DHRS4-203ENST00000397075 727 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 DDT-202ENST00000398344 713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 DDT-203ENST00000403754 569 ntTSL 3 BASIC23.01■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 DDT-206ENST00000430101 573 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 AC068134.1-202ENST00000439072 356 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 AC004975.2-201ENST00000442017 565 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 AC093459.1-201ENST00000444567 481 ntTSL 3 BASIC23.01■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 RPP14-206ENST00000466547 805 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.01■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 BET1L-206ENST00000486280 665 ntTSL 3 BASIC23.01■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 FOSL1P1-201ENST00000511041 816 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 EFCAB11-211ENST00000556609 568 ntTSL 3 BASIC23.01■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 AC091304.2-201ENST00000564639 760 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 LAT-211ENST00000566177 786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC23.01■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 DPF1-217ENST00000614244 2356 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 VEGFA-206ENST00000372077 2834 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 PGS1-201ENST00000262764 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 SAMD11-211ENST00000616125 2230 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 DLK2-203ENST00000372488 1590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 ASL-205ENST00000395332 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 SEC61A2-201ENST00000298428 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 FXYD6-211ENST00000539526 2132 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 BCAM-201ENST00000270233 2402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 PDLIM2-206ENST00000409141 1463 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 RHOV-201ENST00000220507 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 AC008105.1-201ENST00000587534 2003 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 CCDC134-201ENST00000255784 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 AC004870.1-201ENST00000315132 882 ntBASIC23■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 HDDC3-201ENST00000330334 1047 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 SUSD4-203ENST00000344029 1056 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 NFIB-201ENST00000380921 1274 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 LINC02247-201ENST00000417135 743 ntTSL 3 BASIC23■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 SBDSP1-202ENST00000423945 618 ntTSL 3 BASIC23■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 POLR2M-203ENST00000464277 910 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 AC091607.1-201ENST00000490318 1060 ntBASIC23■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 CDV3-207ENST00000508481 661 ntTSL 3 BASIC23■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 AC074051.2-201ENST00000565115 352 ntBASIC23■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 SNHG15-203ENST00000578968 982 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 IFNL4P1-201ENST00000607083 540 ntBASIC23■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 HOXB9-201ENST00000311177 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 LURAP1-201ENST00000371980 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 REEP2-202ENST00000378339 2170 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 GTPBP8-208ENST00000619116 1378 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 KRT13-201ENST00000246635 1699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 NSUN2-206ENST00000506139 2619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 TCTA-201ENST00000273590 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 WAS-201ENST00000376701 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 ARPC1B-201ENST00000252725 1551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 NEU4-202ENST00000391969 2526 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 MEN1-208ENST00000394374 3155 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 SPIN2B-202ENST00000333933 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 CRELD2-202ENST00000403427 1242 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 FDX1P1-201ENST00000449115 551 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 COX6C-204ENST00000520271 571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 SDR39U1-202ENST00000538105 1041 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 AC007220.1-201ENST00000572466 1055 ntTSL 3 BASIC22.99■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 HSP90B1-211ENST00000640977 1127 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 ANKRD20A8P-203ENST00000641373 517 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 ST3GAL4-217ENST00000534083 1919 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 FBXO24-201ENST00000241071 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 PRSS33-201ENST00000293851 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 LRRC61-201ENST00000323078 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 ZNF787-202ENST00000587279 1657 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 DAPK2-205ENST00000558069 1473 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 PHYKPL-201ENST00000308158 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 ZNF12-201ENST00000342651 2921 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 PTPMT1-201ENST00000326656 928 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 NPFFR2-202ENST00000344413 1234 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 BOLA1-201ENST00000369150 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 SUMF2-203ENST00000395435 1287 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 PSMB11-201ENST00000408907 2110 ntAPPRIS P1 BASIC22.98■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 SEC61G-203ENST00000415949 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 PLPP5-214ENST00000531823 875 ntTSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 SPINK2-205ENST00000616980 677 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 CCND3-204ENST00000414200 1724 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 CCDC47-202ENST00000403162 2195 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 PSMD11-202ENST00000457654 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 TATDN2-201ENST00000287652 5342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 MTERF2-202ENST00000392830 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 CD55-201ENST00000314754 2220 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 SCRT1-201ENST00000569446 3779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 LINC00167-201ENST00000530583 1419 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 BRSK1-201ENST00000309383 3079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 VAV1-210ENST00000602142 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 KCNMA1-252ENST00000639120 2308 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 METTL21A-208ENST00000448007 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 C19orf25-203ENST00000585675 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 PNOC-201ENST00000301908 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 STX8-201ENST00000306357 1246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 SNCG-201ENST00000348795 684 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
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