Protein–RNA interactions for Protein: Q9H6T3

RPAP3, RNA polymerase II-associated protein 3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 665 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPAP3Q9H6T3 CXorf40A-202ENST00000393985 1148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 RPL8-202ENST00000394920 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 ROMO1-205ENST00000397416 288 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.36■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 SDR39U1-201ENST00000399395 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 AC092159.3-201ENST00000439196 571 ntTSL 4 BASIC21.36■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 AC079781.3-201ENST00000449110 356 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 TRMT112-203ENST00000535750 823 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 AC104692.2-201ENST00000603054 253 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 KRT89P-201ENST00000620027 1478 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 ACD-215ENST00000620761 1483 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 FAM76B-204ENST00000536839 2546 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 ST6GALNAC4-201ENST00000335791 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 PAIP1-201ENST00000306846 2782 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 ANXA8L1-201ENST00000584982 2174 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 LAG3-201ENST00000203629 1974 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 HDAC11-221ENST00000522202 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 DGKZ-214ENST00000527911 3337 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 AC011944.1-201ENST00000316148 1900 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 RGMB-AS1-201ENST00000498871 1903 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 MAGEA6-201ENST00000329342 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 MAGEA3-201ENST00000370278 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 AL163051.1-201ENST00000569214 1512 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 NFIL3-201ENST00000297689 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 ATF5-201ENST00000423777 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 ALDOA-221ENST00000566897 2448 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 MRPL43-203ENST00000318364 1010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 MRPL43-204ENST00000342071 894 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 ROMO1-204ENST00000374078 498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 KCNAB2-205ENST00000378092 1202 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 RPL36-202ENST00000394580 556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 IGHV3-47-201ENST00000425060 335 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 KRT18P41-201ENST00000518924 1277 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 AC021066.1-201ENST00000549788 647 ntTSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 CARHSP1-205ENST00000562843 843 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 ANAPC11-204ENST00000571024 668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 ANAPC11-218ENST00000582222 523 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 AL162497.1-201ENST00000615635 518 ntTSL 4 BASIC21.35■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 TWIST2-202ENST00000612363 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 RELB-201ENST00000221452 2294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 SERPINH1-215ENST00000533603 2299 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 SEMA6C-210ENST00000621728 1918 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 SNAI3-201ENST00000332281 1732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 SYT17-207ENST00000568115 1721 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 AC016757.1-205ENST00000470346 1888 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 C14orf79-202ENST00000547315 2370 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 AC104581.1-201ENST00000324348 2852 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 SORBS3-221ENST00000523965 2028 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 SLC2A14-214ENST00000542505 1650 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 UBE2K-203ENST00000445950 2175 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 ECE1-205ENST00000436918 2328 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 SMIM24-201ENST00000215531 1329 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 KRT1-201ENST00000252244 2451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 AC073107.1-201ENST00000633579 1962 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 MATN4-202ENST00000360607 2127 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 OLFM1-204ENST00000371793 2444 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 CAPS-201ENST00000452990 1789 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 LONP1-203ENST00000585374 2882 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 GML-201ENST00000220940 723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 SEC61G-203ENST00000415949 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 AL611929.1-201ENST00000457340 449 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 AC091607.1-201ENST00000490318 1060 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 EFCAB11-211ENST00000556609 568 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 AP005901.3-202ENST00000581653 237 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 NDUFA6-204ENST00000617763 1183 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 LINC01714-202ENST00000635451 896 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 CLN3-204ENST00000357857 1720 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 MTSS1-203ENST00000431961 1711 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 CDO1-201ENST00000250535 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 AL161938.1-201ENST00000569833 2180 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 HOXC13-201ENST00000243056 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 AC087482.1-204ENST00000636067 2431 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 DNAJC28-204ENST00000617313 2237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 P2RX5-202ENST00000345901 2031 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 USP36-203ENST00000542802 6063 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 GUCA1A-201ENST00000053469 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 PHOX2B-201ENST00000226382 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 PSRC1-202ENST00000369904 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 CCDC134-201ENST00000255784 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 PTPMT1-201ENST00000326656 928 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 SPIN2B-202ENST00000333933 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 CKLF-202ENST00000345436 571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 MRPL43-208ENST00000370242 884 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 CD99-205ENST00000381192 1245 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 C7orf34-201ENST00000409607 766 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 SBDSP1-202ENST00000423945 618 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 TRPC2-202ENST00000526541 1189 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 PLPP5-214ENST00000531823 875 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 AP003555.3-201ENST00000534086 432 ntTSL 4 BASIC21.33■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 AC099518.3-201ENST00000564808 809 ntAPPRIS P5 TSL 4 BASIC21.33■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 AC003688.1-201ENST00000577138 489 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 AC011511.2-201ENST00000592893 918 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 MAP2K3-215ENST00000627447 351 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 KMT5B-203ENST00000401547 2666 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
RPAP3Q9H6T3 LRRC45-201ENST00000306688 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
RPAP3Q9H6T3 FAM57A-201ENST00000301324 2013 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
RPAP3Q9H6T3 PDLIM2-206ENST00000409141 1463 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
RPAP3Q9H6T3 AC008393.1-201ENST00000499601 1454 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
RPAP3Q9H6T3 PCDH8-202ENST00000377942 5088 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
RPAP3Q9H6T3 MEN1-208ENST00000394374 3155 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
RPAP3Q9H6T3 ZDHHC14-203ENST00000359775 7380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.7 ms