Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 SKOR1-203ENST00000554054 3620 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.45■□□□□ 0.7
USP4Q13107 C20orf196-201ENST00000303142 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
USP4Q13107 RPA2-201ENST00000313433 1237 ntTSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
USP4Q13107 CRELD2-204ENST00000407217 1230 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
USP4Q13107 AC003075.1-204ENST00000433005 540 ntTSL 2 BASIC19.45■□□□□ 0.7
USP4Q13107 TRIM73-203ENST00000437796 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
USP4Q13107 CNP-204ENST00000472031 1019 ntTSL 2 BASIC19.45■□□□□ 0.7
USP4Q13107 AC092597.1-201ENST00000487352 616 ntBASIC19.45■□□□□ 0.7
USP4Q13107 AP003396.3-201ENST00000530918 778 ntTSL 5 BASIC19.45■□□□□ 0.7
USP4Q13107 SPACA6-213ENST00000637797 1073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
USP4Q13107 ELMOD1-206ENST00000531234 1832 ntTSL 2 BASIC19.45■□□□□ 0.7
USP4Q13107 TNFRSF8-202ENST00000413146 2363 ntTSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
USP4Q13107 RPS6KA1-203ENST00000374166 3131 ntTSL 5 BASIC19.45■□□□□ 0.7
USP4Q13107 FKRP-202ENST00000391909 2801 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.45■□□□□ 0.7
USP4Q13107 FAR2P2-204ENST00000424873 2070 ntTSL 2 BASIC19.45■□□□□ 0.7
USP4Q13107 EI24-201ENST00000278903 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
USP4Q13107 L3HYPDH-201ENST00000247194 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
USP4Q13107 ACSF3-202ENST00000378345 1541 ntTSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
USP4Q13107 ZHX3-212ENST00000558993 1528 ntTSL 5 BASIC19.45■□□□□ 0.7
USP4Q13107 NKD2-201ENST00000274150 1940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
USP4Q13107 NECAB3-202ENST00000375238 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
USP4Q13107 MARCH8-201ENST00000319836 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
USP4Q13107 METTL5-207ENST00000410097 1370 ntTSL 2 BASIC19.44■□□□□ 0.7
USP4Q13107 TOM1L1-202ENST00000445275 2228 ntTSL 2 BASIC19.44■□□□□ 0.7
USP4Q13107 MED15P9-202ENST00000427638 1841 ntTSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.7
USP4Q13107 PHKA1-204ENST00000373545 6173 ntTSL 5 BASIC19.44■□□□□ 0.7
USP4Q13107 KCNS2-201ENST00000287042 5219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.7
USP4Q13107 ACY1-201ENST00000404366 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.7
USP4Q13107 COPE-201ENST00000262812 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.7
USP4Q13107 SLC6A18-201ENST00000324642 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.7
USP4Q13107 PLPP5-202ENST00000422581 853 ntTSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.7
USP4Q13107 HOXB-AS3-203ENST00000465846 434 ntTSL 3 BASIC19.44■□□□□ 0.7
USP4Q13107 AP003396.1-201ENST00000501918 507 ntTSL 5 BASIC19.44■□□□□ 0.7
USP4Q13107 AC106771.1-201ENST00000502209 372 ntTSL 2 BASIC19.44■□□□□ 0.7
USP4Q13107 AC022424.1-201ENST00000512155 889 ntTSL 3 BASIC19.44■□□□□ 0.7
USP4Q13107 NDUFAB1-201ENST00000007516 717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.7
USP4Q13107 PCDHB14-202ENST00000624896 2367 ntTSL 2 BASIC19.44■□□□□ 0.7
USP4Q13107 AC093503.3-201ENST00000624917 2352 ntBASIC19.44■□□□□ 0.7
USP4Q13107 UBE2QL1-201ENST00000399816 4317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.7
USP4Q13107 LGI3-201ENST00000306317 3272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.7
USP4Q13107 ZNF843-203ENST00000618063 1765 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.7
USP4Q13107 ZNF394-203ENST00000426306 2017 ntTSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.7
USP4Q13107 HGFAC-204ENST00000511533 2016 ntTSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.7
USP4Q13107 CCT4-204ENST00000544079 2261 ntTSL 2 BASIC19.44■□□□□ 0.7
USP4Q13107 FAM50A-202ENST00000393600 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.7
USP4Q13107 MON1A-202ENST00000417270 2527 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.44■□□□□ 0.7
USP4Q13107 BMP1-202ENST00000306385 4229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.7
USP4Q13107 INAVA-202ENST00000413687 2197 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.43■□□□□ 0.7
USP4Q13107 SPTBN4-207ENST00000595535 6105 ntTSL 5 BASIC19.43■□□□□ 0.7
USP4Q13107 RPRM-201ENST00000325926 1471 ntAPPRIS P1 BASIC19.43■□□□□ 0.7
USP4Q13107 PNKP-224ENST00000631020 1545 ntTSL 5 BASIC19.43■□□□□ 0.7
USP4Q13107 HSD17B10-201ENST00000168216 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.7
USP4Q13107 CT47A4-201ENST00000415858 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.7
USP4Q13107 CT47A9-201ENST00000417256 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.7
USP4Q13107 CT47A6-201ENST00000419194 1298 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.43■□□□□ 0.7
USP4Q13107 AL645929.1-201ENST00000420084 975 ntBASIC19.43■□□□□ 0.7
USP4Q13107 CT47A10-201ENST00000430448 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.7
USP4Q13107 CT47A5-201ENST00000439466 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.7
USP4Q13107 CT47A3-201ENST00000441330 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.7
USP4Q13107 HCG4P8-203ENST00000443049 980 ntBASIC19.43■□□□□ 0.7
USP4Q13107 CT47A8-201ENST00000457977 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.7
USP4Q13107 CT47A2-201ENST00000458218 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.7
USP4Q13107 TNFSF13-208ENST00000483039 959 ntTSL 2 BASIC19.43■□□□□ 0.7
USP4Q13107 HELT-202ENST00000505610 846 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.7
USP4Q13107 TOLLIP-AS1-201ENST00000530897 939 ntBASIC19.43■□□□□ 0.7
USP4Q13107 IFI27L1-206ENST00000554562 571 ntTSL 3 BASIC19.43■□□□□ 0.7
USP4Q13107 AC016582.2-201ENST00000591908 446 ntTSL 3 BASIC19.43■□□□□ 0.7
USP4Q13107 TBC1D9B-220ENST00000630103 303 ntTSL 5 BASIC19.43■□□□□ 0.7
USP4Q13107 SSC4D-201ENST00000275560 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.7
USP4Q13107 DSCC1-201ENST00000313655 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.7
USP4Q13107 LIPG-203ENST00000577628 2323 ntTSL 2 BASIC19.43■□□□□ 0.7
USP4Q13107 FUT4-201ENST00000358752 6059 ntAPPRIS P1 BASIC19.43■□□□□ 0.7
USP4Q13107 RPP25-201ENST00000322177 3049 ntAPPRIS P1 BASIC19.43■□□□□ 0.7
USP4Q13107 BLACE-201ENST00000378120 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.7
USP4Q13107 ARNTL-201ENST00000389707 2776 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.7
USP4Q13107 KRT14-201ENST00000167586 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.7
USP4Q13107 TMEM179-201ENST00000341595 2513 ntTSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.7
USP4Q13107 ILDR2-203ENST00000469934 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.43■□□□□ 0.7
USP4Q13107 KHDC1-202ENST00000370384 1430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.42■□□□□ 0.7
USP4Q13107 ENTPD8-204ENST00000472938 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.42■□□□□ 0.7
USP4Q13107 TFCP2-205ENST00000549867 1727 ntTSL 5 BASIC19.42■□□□□ 0.7
USP4Q13107 FUCA1-201ENST00000374479 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.42■□□□□ 0.7
USP4Q13107 IKBKG-214ENST00000618670 2069 ntTSL 1 (best) BASIC19.42■□□□□ 0.7
USP4Q13107 ZDHHC3-205ENST00000424952 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.42■□□□□ 0.7
USP4Q13107 PROB1-201ENST00000434752 5122 ntAPPRIS P1 BASIC19.42■□□□□ 0.7
USP4Q13107 FOXP4-202ENST00000373057 3300 ntTSL 1 (best) BASIC19.42■□□□□ 0.7
USP4Q13107 MUTYH-203ENST00000372098 1839 ntTSL 1 (best) BASIC19.42■□□□□ 0.7
USP4Q13107 MUTYH-204ENST00000372104 1823 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.42■□□□□ 0.7
USP4Q13107 MUTYH-205ENST00000372110 1809 ntTSL 1 (best) BASIC19.42■□□□□ 0.7
USP4Q13107 HOXC4-201ENST00000303406 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.42■□□□□ 0.7
USP4Q13107 FCER2-201ENST00000346664 1596 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.42■□□□□ 0.7
USP4Q13107 ISOC2-203ENST00000438389 1566 ntTSL 2 BASIC19.42■□□□□ 0.7
USP4Q13107 C18orf21-205ENST00000592875 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.42■□□□□ 0.7
USP4Q13107 FCER2-205ENST00000597921 1560 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.42■□□□□ 0.7
USP4Q13107 CPAMD8-202ENST00000388925 5355 ntTSL 5 BASIC19.42■□□□□ 0.7
USP4Q13107 PCBP3-206ENST00000400314 2202 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.42■□□□□ 0.7
USP4Q13107 AP000347.1-209ENST00000437294 557 ntTSL 4 BASIC19.42■□□□□ 0.7
USP4Q13107 TXNDC12-205ENST00000610127 806 ntTSL 2 BASIC19.42■□□□□ 0.7
USP4Q13107 BTD-202ENST00000383778 2261 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.42■□□□□ 0.7
USP4Q13107 MBIP-203ENST00000416007 1648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.42■□□□□ 0.7
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