Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 LRRC23-201ENST00000007969 1615 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 ISOC1-201ENST00000173527 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 GPR83-202ENST00000539203 1909 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 ERICH4-201ENST00000378187 946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 CD70-202ENST00000423145 881 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 TSPY17P-201ENST00000450329 467 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 DIO1-206ENST00000525202 558 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 TMEM249-203ENST00000565365 975 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 SCPEP1-216ENST00000631024 444 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 PXK-206ENST00000463280 2825 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 SNHG10-201ENST00000500370 1531 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 C22orf39-205ENST00000542103 1523 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 EXOSC3-201ENST00000327304 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 FAM206A-201ENST00000322940 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 TRIP4-201ENST00000261884 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 IDH3G-202ENST00000370092 1712 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 MYEOV-201ENST00000308946 2287 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 WIZP1-201ENST00000531444 2299 ntBASIC15.77■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 LDLRAD4-211ENST00000587757 2171 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 TEKT5-201ENST00000283025 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 UMOD-202ENST00000396134 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 LURAP1-201ENST00000371980 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 ST3GAL3-205ENST00000347631 1324 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 SNAP47-201ENST00000315781 2367 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 CHPF-203ENST00000535926 2634 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 WIPI1-202ENST00000546360 1575 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 LINC01534-202ENST00000433232 554 ntTSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 MCCD1P1-208ENST00000445732 328 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 KRT18P21-201ENST00000515767 1272 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 CCNJL-205ENST00000519673 940 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 HRASLS5-205ENST00000539221 1167 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 CRNDE-210ENST00000560912 459 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 RAB11B-AS1-201ENST00000593581 1013 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 CALM3-208ENST00000596362 1203 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 JOSD2-204ENST00000598418 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 ZNF134-203ENST00000600344 483 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 LINC01023-201ENST00000606054 436 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 UBE2QL1-201ENST00000399816 4317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 SEPT8-216ENST00000620483 4335 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 PRR5-ARHGAP8-201ENST00000352766 2043 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 DOLPP1-203ENST00000406974 2037 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 FARSA-202ENST00000423140 1720 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 AC009113.1-201ENST00000570267 2443 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 FIP1L1-202ENST00000337488 2198 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 FIP1L1-203ENST00000358575 2180 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 IL1R1-205ENST00000410023 5143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 SNX4-201ENST00000251775 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 MLF2-202ENST00000435120 1379 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 BEGAIN-202ENST00000443071 2744 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 ZAR1L-202ENST00000533490 1564 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 TYMS-201ENST00000323224 1327 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 CASR-204ENST00000638421 5088 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 SLC9A6-202ENST00000370698 4631 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 RARRES1-201ENST00000237696 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 MCF2L-208ENST00000397030 6580 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 SSC4D-201ENST00000275560 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 TLE3-214ENST00000558939 6004 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 RPH3A-203ENST00000543106 2581 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 HOXC10-201ENST00000303460 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 TERF1P1-201ENST00000311003 1181 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 CD7-201ENST00000312648 1281 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 KRT17P2-202ENST00000326333 1174 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 INSIG1-202ENST00000342407 1127 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 H2AFB2-201ENST00000354514 348 ntAPPRIS P1 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 Telomerase-vert.1-201ENST00000363312 438 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 RCN1P1-201ENST00000400413 996 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 NDUFA13-201ENST00000428459 576 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 AC098829.1-201ENST00000502344 630 ntTSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 SLC52A2-205ENST00000526752 710 ntTSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 AC005606.2-201ENST00000564438 614 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 NT5C-210ENST00000582160 860 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 DEDD2-209ENST00000598727 1037 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 FP565260.3-205ENST00000620481 816 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 AC009542.2-201ENST00000637483 1189 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 CLN6-221ENST00000637494 765 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 OGFOD2-205ENST00000454694 1488 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 CHD1L-204ENST00000431239 2907 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 TBX20-201ENST00000408931 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 NCOA6-207ENST00000616167 3271 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 HEXDC-203ENST00000577944 1820 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 NTRK1-206ENST00000524377 2432 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 LYSMD4-201ENST00000332728 2847 ntTSL 4 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 HTATSF1-204ENST00000535601 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 GAREM2-201ENST00000401533 4161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 SKOR1-204ENST00000554240 3597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 KCNQ2-218ENST00000629676 2399 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 LINC01819-201ENST00000422351 2156 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 SLC31A2-201ENST00000259392 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 SEPT9-246ENST00000592951 1793 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 NBL1-212ENST00000621723 2133 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 CD19-206ENST00000567541 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 LINC00466-207ENST00000634725 1736 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 ACSS3-201ENST00000261206 2666 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 SLC29A2-201ENST00000311161 2262 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 ARHGAP11A-208ENST00000567348 2422 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 TNFSF9-201ENST00000245817 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 BTBD1-202ENST00000379403 1467 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 STK10-201ENST00000176763 6060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 SORBS3-221ENST00000523965 2028 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 MYO9A-214ENST00000566885 5111 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.8 ms