Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 NTRK1-206ENST00000524377 2432 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 PPP4C-202ENST00000561610 1333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 KRT8P50-201ENST00000562022 1438 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 SLC26A11-212ENST00000572725 1862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 P4HB-223ENST00000576390 439 ntTSL 4 BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 CYTH1-209ENST00000589296 2159 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 CALM3-208ENST00000596362 1203 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 GOLGA2P10-205ENST00000618267 983 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 PNKP-224ENST00000631020 1545 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 ULK2-201ENST00000361658 3908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 EFS-201ENST00000216733 3118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 GPC5-201ENST00000377067 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 P3H1-204ENST00000397054 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 DNM1-206ENST00000475805 2710 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 ARHGAP11A-208ENST00000567348 2422 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 RNF146-203ENST00000368314 2369 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 SAMD11-210ENST00000616016 2391 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 SAMD11-215ENST00000618779 2368 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 TTLL10-203ENST00000379290 2283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 CYR61-201ENST00000451137 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 LDLRAD4-211ENST00000587757 2171 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 NBL1-212ENST00000621723 2133 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 SCD5-201ENST00000273908 1995 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 ZGPAT-202ENST00000355969 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 AP001922.1-201ENST00000499390 1504 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 EFEMP2-210ENST00000528176 1504 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 AC073508.3-201ENST00000619697 1419 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 H1FNT-201ENST00000335017 1300 ntAPPRIS P1 BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 EXOC3L2-201ENST00000252482 1230 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 BAD-201ENST00000309032 929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 NME1-202ENST00000336097 986 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 TMEM53-201ENST00000372235 890 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 NME1-203ENST00000393196 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 AL137013.1-201ENST00000432946 1228 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 KRT18P57-201ENST00000443599 1254 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 AC013402.1-201ENST00000456999 561 ntTSL 4 BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 AC104596.1-202ENST00000507486 759 ntTSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 SNCB-205ENST00000510387 730 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 KRT18P41-201ENST00000518924 1277 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 CRNDE-210ENST00000560912 459 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 AC141257.4-201ENST00000634557 245 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 AC136944.6-201ENST00000634818 245 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 APLP2-210ENST00000528499 2530 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 SH3BP2-202ENST00000435136 2318 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 ZBTB33-202ENST00000557385 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 FOXP4-202ENST00000373057 3300 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 PNMA8B-202ENST00000599531 5308 ntAPPRIS P1 BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 XYLT2-203ENST00000507602 2107 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 HCK-202ENST00000375852 2082 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 NEUROD2-201ENST00000302584 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 FAM110A-203ENST00000381939 1737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 OGFOD3-202ENST00000329197 1652 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 ICA1-208ENST00000407906 1615 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 ST3GAL3-206ENST00000351035 2377 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 CTSH-201ENST00000220166 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 AC112777.1-201ENST00000540175 1423 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 ZBTB10-205ENST00000610895 2833 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 FBXO24-202ENST00000427939 2087 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 ST3GAL3-205ENST00000347631 1324 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 CDX1-202ENST00000616154 1343 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 SPIRE2-201ENST00000378247 3235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 NR1H2-210ENST00000598168 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 TMEM160-201ENST00000253047 663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 UPK3B-201ENST00000257632 1296 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 GPR6-201ENST00000275169 1089 ntAPPRIS P1 BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 LIN28AP1-201ENST00000429574 405 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 AC021087.1-201ENST00000512642 522 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 LINC01024-205ENST00000521563 939 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 PPOX-219ENST00000544598 813 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 CMTM3-210ENST00000565666 769 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 OBP2B-205ENST00000618116 961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 SCPEP1-216ENST00000631024 444 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 AC009477.2-201ENST00000635976 171 ntAPPRIS P1 BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 GORASP1-206ENST00000422110 2523 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 NPEPL1-203ENST00000525817 1780 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 CSNK2A2-201ENST00000262506 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 COL4A3BP-201ENST00000261415 2262 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 TDRKH-203ENST00000368824 2824 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 INTS10-201ENST00000397977 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 LUC7L2-210ENST00000619796 2783 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 LRRC27-203ENST00000368613 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 CRHR2-207ENST00000471646 2530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 NPNT-203ENST00000427316 2481 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 NDN-201ENST00000331837 1931 ntAPPRIS P1 BASIC21.39■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 STX11-201ENST00000367568 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 PCDHB14-202ENST00000624896 2367 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 SEC61A2-201ENST00000298428 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 ASIC3-202ENST00000349064 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 TRIM63-201ENST00000374272 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 PDE9A-213ENST00000398236 1776 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 METTL5-201ENST00000260953 1010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 BUD23-201ENST00000265758 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 SCGB3A1-201ENST00000292641 521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 ICAM4-201ENST00000340992 1176 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 H2AFB2-201ENST00000354514 348 ntAPPRIS P1 BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 ATP5G1P1-201ENST00000448724 379 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 CFL2-205ENST00000555765 632 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 AL512604.3-201ENST00000569583 964 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 NAT14-202ENST00000587400 416 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS54Q9P1Q0 RNF114-201ENST00000244061 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.9 ms