Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

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Length 1,200 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 PCBP3-206ENST00000400314 2202 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 MRPL24-202ENST00000368211 883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 AC034232.1-201ENST00000506026 1064 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 METRN-205ENST00000568415 612 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 AC027796.4-201ENST00000575741 874 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 FXYD7-203ENST00000586063 456 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 ZNF534-205ENST00000617900 1085 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 FAM198A-202ENST00000430121 3121 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 NOP14-204ENST00000502735 2723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 MAPKAPK3-208ENST00000621469 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 KCNC4-203ENST00000413138 3018 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 AGTR1-209ENST00000497524 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 HEXDC-201ENST00000327949 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 DPF1-203ENST00000414789 1960 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 ADORA2A-213ENST00000610595 2736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 ISOC2-203ENST00000438389 1566 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 ELMOD1-206ENST00000531234 1832 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 C19orf25-202ENST00000436106 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 RBM42-201ENST00000262633 1680 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 NBPF9-209ENST00000621645 5632 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 NEFHP1-201ENST00000412845 2629 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 CDHR4-201ENST00000343366 1188 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 GPR3-201ENST00000374024 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 MED4-202ENST00000378586 931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 UBE2C-206ENST00000405520 641 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 RNF216P1-205ENST00000406089 807 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 AC003075.1-204ENST00000433005 540 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 CBR1-203ENST00000439427 1024 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 AC092597.1-201ENST00000487352 616 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 AC004080.2-201ENST00000523331 556 ntTSL 4 BASIC21.57■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 UBE2C-208ENST00000617055 705 ntTSL 3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 TRMT6-202ENST00000453074 2239 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 GATM-201ENST00000396659 2597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 RCAN3-205ENST00000436717 2574 ntTSL 3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 CA7-202ENST00000394069 1713 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 HCK-206ENST00000518730 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 PFKFB3-204ENST00000379785 2181 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 MYO15B-232ENST00000610510 9195 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 UBL4A-202ENST00000369660 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 EML2-220ENST00000589876 2364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 KMT5B-201ENST00000304363 5837 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 FKRP-202ENST00000391909 2801 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 PITPNC1-201ENST00000299954 6359 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 ZNF331-214ENST00000511154 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 CHPF-201ENST00000243776 3013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 L3HYPDH-201ENST00000247194 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 PLPP4-202ENST00000398250 1521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 NCF1B-201ENST00000423083 1516 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 AL512353.2-201ENST00000448759 1962 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 ABHD14B-202ENST00000361143 1636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 FEM1AP3-201ENST00000403722 1741 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 PXMP4-201ENST00000217398 979 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 FAM187B-201ENST00000324675 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 HBZP1-201ENST00000354915 429 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 PDLIM7-205ENST00000393551 1226 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 AL161452.1-201ENST00000415062 1117 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 BECN2-201ENST00000419583 1296 ntAPPRIS P1 BASIC21.56■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 SPDYE13P-201ENST00000445314 798 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 LBX1-AS1-203ENST00000454527 740 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 AC138207.7-201ENST00000584499 668 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 ILKAP-212ENST00000622223 1088 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 ASCC2-202ENST00000397771 2823 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 ACVR1C-201ENST00000243349 8994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 RNF113B-201ENST00000267291 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 KATNBL1P6-202ENST00000562413 1466 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 AKAP8L-201ENST00000397410 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 FCER2-201ENST00000346664 1596 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 FCER2-205ENST00000597921 1560 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 KLHL14-201ENST00000358095 1884 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 MMAB-204ENST00000537236 1342 ntTSL 3 BASIC21.55■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 RCC2P3-201ENST00000418112 1537 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 ZHX3-212ENST00000558993 1528 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 NLRP6-201ENST00000312165 2679 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 LRPPRC-202ENST00000409659 1610 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 ALDH1A3-201ENST00000329841 3924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 MIB2-203ENST00000378712 2890 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 FAM3A-215ENST00000447601 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 CYP2E1-205ENST00000463117 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 FAM222A-202ENST00000538780 3294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 POLI-202ENST00000406285 2030 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 HCK-207ENST00000520553 2101 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 SLC35E4-201ENST00000343605 2714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 UBE2N-201ENST00000318066 5186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 GRAMD4P1-201ENST00000435181 1110 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 LINC01293-201ENST00000453951 1266 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 KRT18P56-201ENST00000507275 550 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 AP003396.3-201ENST00000530918 778 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 C12orf43-206ENST00000537817 1270 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 LCE1C-202ENST00000607093 644 ntAPPRIS P2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 MARK4-211ENST00000622871 1147 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 CLN6-214ENST00000636314 442 ntTSL 3 BASIC21.55■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 RPRM-201ENST00000325926 1471 ntAPPRIS P1 BASIC21.55■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 NUDT17-201ENST00000334513 1473 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 GAMT-202ENST00000447102 1769 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 C2orf54-201ENST00000307486 2017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 TRA2A-201ENST00000297071 1845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 SLC12A4-201ENST00000316341 4765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 ACSF3-202ENST00000378345 1541 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 BDKRB1-202ENST00000553356 1526 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 MZF1-206ENST00000599369 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
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