Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 CCNJ-202ENST00000403870 2830 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 CYP2D7-203ENST00000433992 1740 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 CYP2D7-207ENST00000612115 1734 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 AD000671.2-201ENST00000589807 1925 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 WIPI2-201ENST00000288828 4476 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 CHRND-201ENST00000258385 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 RTBDN-202ENST00000393233 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 METTL5-206ENST00000409965 880 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 RAB29-203ENST00000414729 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 A3GALT2-201ENST00000442999 1023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 BABAM1-202ENST00000447614 930 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 LINC00595-207ENST00000476909 792 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 KRTAP5-11-203ENST00000617152 558 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 AC004816.2-201ENST00000622856 284 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 AL031985.4-201ENST00000642138 673 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 RBM42-201ENST00000262633 1680 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 GPRIN2-201ENST00000374314 1696 ntAPPRIS P1 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 FAM131A-204ENST00000418281 1664 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 B3GNT9-201ENST00000449549 2917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 SNTB1-201ENST00000395601 5164 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 ANKS3-202ENST00000446014 2265 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 CPEB2-204ENST00000382401 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 KRT16P1-201ENST00000399124 1418 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 SSC4D-201ENST00000275560 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 CNNM3-201ENST00000305510 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 LCORL-203ENST00000382226 5009 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 SYNGAP1-202ENST00000418600 5828 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 MAFF-207ENST00000538999 2365 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 MTERF2-202ENST00000392830 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 CHMP4A-201ENST00000347519 1393 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 GTF3A-201ENST00000381140 1383 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 ADORA2A-213ENST00000610595 2736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 KRBOX1-AS1-201ENST00000447834 2134 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 FARSA-202ENST00000423140 1720 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 SAAL1-201ENST00000300013 1518 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 COMP-202ENST00000425807 2292 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 HTR7P1-201ENST00000538670 1336 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 FBXL18-205ENST00000620087 2076 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 ZSWIM4-201ENST00000254323 4339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 CTSA-201ENST00000191018 1898 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 ISL2-201ENST00000290759 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 ZNF623-203ENST00000526926 2612 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 NAPRT-202ENST00000426292 1654 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 FAM135A-205ENST00000418814 6415 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 RRAGD-202ENST00000369415 4900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 HOXA9-202ENST00000396345 797 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 MPV17L-202ENST00000396385 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 FLYWCH2-202ENST00000396958 1036 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 CHAC1-203ENST00000487220 853 ntTSL 3 BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 TESMIN-209ENST00000544963 1235 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 AC022167.3-201ENST00000564485 427 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 SQSTM1-216ENST00000626660 274 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 LINC00461-203ENST00000504246 2300 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 AKIP1-207ENST00000529876 1421 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 TWIST2-202ENST00000612363 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 KCNIP4-205ENST00000382152 1767 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 UMOD-201ENST00000302509 2477 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 TRIM61-201ENST00000329314 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 EFCAB14-201ENST00000371933 5767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 C5orf30-203ENST00000515669 1573 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 PIP4K2A-202ENST00000376573 3802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 ISM2-207ENST00000493585 1739 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 NECTIN3-211ENST00000493615 1876 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 SRMS-201ENST00000217188 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 PLAUR-203ENST00000340093 1548 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 MTMR9LP-203ENST00000426597 1545 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 AL390961.4-201ENST00000623958 2535 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 KRT14-201ENST00000167586 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 C19orf48-202ENST00000391812 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 NFYC-AS1-201ENST00000606277 1687 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 SPERT-202ENST00000378966 1842 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 HOXD12-202ENST00000406506 1318 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 SCFD2-204ENST00000611795 1320 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 ARHGEF40-201ENST00000298694 5919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 OTUD1-201ENST00000376495 2933 ntAPPRIS P1 BASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 ZDHHC8-202ENST00000334554 5046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 PNPLA2-201ENST00000336615 2428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 MSLN-207ENST00000566549 2418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 ATRIP-201ENST00000320211 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 AP2M1-201ENST00000292807 1931 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 NOS1AP-206ENST00000530878 2894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 HLA-DRB1-201ENST00000360004 1229 ntAPPRIS P1 BASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 AC096537.1-201ENST00000437416 684 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 AC091390.4-202ENST00000476426 537 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 RARRES2P10-201ENST00000564312 460 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 CLN6-206ENST00000565471 1075 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 SMAD7-207ENST00000589634 1278 ntAPPRIS ALT1 TSL 4 BASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 PNMA8A-203ENST00000602246 572 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 CITED2-201ENST00000367651 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 KRT8P45-201ENST00000414328 1447 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 C19orf25-201ENST00000427685 1410 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 ACAA1-209ENST00000450296 1570 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 TFCP2-205ENST00000549867 1727 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 UCHL5-206ENST00000367455 5327 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 SEL1L3-202ENST00000399878 4520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 CTSD-212ENST00000637815 2003 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 SYT3-206ENST00000600079 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 GRK6-201ENST00000355472 2939 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 LLGL2-203ENST00000392550 3509 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC54Q8NEL0 PER3-203ENST00000377541 1524 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.9 ms