Protein–RNA interactions for Protein: Q13286

CLN3, Battenin, humanhuman

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Length 438 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3Q13286 KRT16P3-203ENST00000580621 1939 ntTSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 FBXW8-201ENST00000309909 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 FUT5-202ENST00000588525 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 SIGIRR-220ENST00000531205 1649 ntTSL 2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 PRMT2-201ENST00000291705 1011 ntTSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 KLHL7-201ENST00000322275 969 ntTSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 ROMO1-204ENST00000374078 498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 TLE1-202ENST00000376484 666 ntTSL 3 BASIC17.41■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 AC139887.2-202ENST00000507446 534 ntTSL 4 BASIC17.41■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 SLC25A1P1-201ENST00000528351 927 ntBASIC17.41■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 AP005901.3-202ENST00000581653 237 ntBASIC17.41■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 BABAM1-206ENST00000595632 966 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.41■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 AL773604.1-201ENST00000617417 272 ntBASIC17.41■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 UBE2F-201ENST00000272930 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 MARK3-206ENST00000440884 2643 ntTSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 ESR2-204ENST00000353772 2454 ntTSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 HDHD5-201ENST00000155674 1735 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 AC099778.1-201ENST00000568593 1911 ntBASIC17.41■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 NEU4-202ENST00000391969 2526 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 NOL3-201ENST00000268605 1394 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC17.4■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 EDNRA-206ENST00000511804 1569 ntTSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 ADGRB1-201ENST00000323289 5527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 PLCD1-201ENST00000334661 2769 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 BRD4-202ENST00000360016 3240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 MRM3-201ENST00000304478 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 FAM20B-201ENST00000263733 5984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 AOC1-202ENST00000416793 2453 ntTSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 TPSD1-201ENST00000211076 1499 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 STX8-201ENST00000306357 1246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 MIR564-202ENST00000385049 94 ntBASIC17.4■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 RPL8-202ENST00000394920 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 MSRB1-202ENST00000399753 847 ntTSL 3 BASIC17.4■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 HOXB-AS2-201ENST00000464382 845 ntTSL 4 BASIC17.4■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 AC091607.1-201ENST00000490318 1060 ntBASIC17.4■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 ABR-217ENST00000572441 563 ntTSL 4 BASIC17.4■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 TEN1-204ENST00000588202 862 ntTSL 3 BASIC17.4■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 FLT3LG-206ENST00000597551 951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 LINC01197-204ENST00000611265 956 ntTSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 DNASE1L2-206ENST00000613572 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 LINC01714-202ENST00000635451 896 ntTSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 EPDR1-201ENST00000199448 2599 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 FGF2-202ENST00000608478 3880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 JDP2-201ENST00000267569 1700 ntTSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 CELF6-202ENST00000395258 1741 ntTSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 NOS3-204ENST00000467517 2377 ntTSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 FAM3A-204ENST00000369643 1521 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 KLF16-201ENST00000250916 2890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 PRR16-201ENST00000379551 1826 ntTSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 SYTL1-210ENST00000616558 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 BPTF-201ENST00000306378 9688 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 FAM83H-201ENST00000388913 5654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 CXorf40B-205ENST00000462691 1440 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC17.39■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 OGG1-217ENST00000449570 1948 ntTSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
CLN3Q13286 TRIM13-206ENST00000457662 1489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
CLN3Q13286 KATNBL1P6-202ENST00000562413 1466 ntBASIC17.39■□□□□ 0.37
CLN3Q13286 PDZD3-201ENST00000322712 2204 ntTSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
CLN3Q13286 COL13A1-202ENST00000357811 2991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
CLN3Q13286 YTHDF3-214ENST00000621890 2296 ntTSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
CLN3Q13286 TYMS-202ENST00000323250 693 ntTSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
CLN3Q13286 TRA2B-202ENST00000342294 288 ntTSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
CLN3Q13286 SFTPD-201ENST00000372292 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
CLN3Q13286 C2orf82-202ENST00000409230 663 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC17.39■□□□□ 0.37
CLN3Q13286 AC064807.1-202ENST00000423716 936 ntTSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
CLN3Q13286 CDV3-207ENST00000508481 661 ntTSL 3 BASIC17.39■□□□□ 0.37
CLN3Q13286 AC116021.1-201ENST00000530049 653 ntTSL 3 BASIC17.39■□□□□ 0.37
CLN3Q13286 NCAM1-AS1-202ENST00000533638 618 ntTSL 4 BASIC17.39■□□□□ 0.37
CLN3Q13286 AL449423.1-201ENST00000578935 435 ntTSL 3 BASIC17.39■□□□□ 0.37
CLN3Q13286 AC068594.1-202ENST00000581657 749 ntTSL 3 BASIC17.39■□□□□ 0.37
CLN3Q13286 MIR3180-4-201ENST00000582223 153 ntBASIC17.39■□□□□ 0.37
CLN3Q13286 AC024563.2-201ENST00000603282 481 ntBASIC17.39■□□□□ 0.37
CLN3Q13286 ABBA01031661.1-201ENST00000634362 1253 ntBASIC17.39■□□□□ 0.37
CLN3Q13286 RREB1-203ENST00000379933 5826 ntTSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
CLN3Q13286 FDXR-201ENST00000293195 1875 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
CLN3Q13286 RNPEPL1-201ENST00000270357 5658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
CLN3Q13286 SUSD1-202ENST00000374263 2973 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
CLN3Q13286 REM2-201ENST00000267396 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
CLN3Q13286 BRICD5-201ENST00000328540 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
CLN3Q13286 SPHK1-203ENST00000545180 2238 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
CLN3Q13286 PRMT5-201ENST00000216350 2271 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
CLN3Q13286 DOK3-201ENST00000312943 2292 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CLN3Q13286 TRPV6-209ENST00000638686 2298 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CLN3Q13286 RPRM-201ENST00000325926 1471 ntAPPRIS P1 BASIC17.38■□□□□ 0.37
CLN3Q13286 PDCD2-204ENST00000453163 2657 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CLN3Q13286 OTOP2-201ENST00000331427 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
CLN3Q13286 PPP1R3F-201ENST00000055335 3421 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
CLN3Q13286 SLC35B1-201ENST00000240333 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CLN3Q13286 CDK13-202ENST00000340829 5066 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CLN3Q13286 PTRHD1-201ENST00000328379 1105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CLN3Q13286 BEX4-201ENST00000372691 1066 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
CLN3Q13286 CDC26-201ENST00000374206 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CLN3Q13286 FAM197Y8-203ENST00000450145 560 ntBASIC17.38■□□□□ 0.37
CLN3Q13286 AC097372.2-201ENST00000510996 732 ntTSL 3 BASIC17.38■□□□□ 0.37
CLN3Q13286 SCN5A-214ENST00000612060 714 ntTSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
CLN3Q13286 EBLN3P-205ENST00000629870 958 ntTSL 3 BASIC17.38■□□□□ 0.37
CLN3Q13286 ADGRA3-204ENST00000502482 2870 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CLN3Q13286 RNF38-202ENST00000350199 5104 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
CLN3Q13286 LRRC23-209ENST00000443597 1628 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CLN3Q13286 TAPT1-201ENST00000405303 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CLN3Q13286 PRKG2-207ENST00000628926 2623 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
CLN3Q13286 CDC25B-202ENST00000340833 1978 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
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