Protein–RNA interactions for Protein: Q12829

RAB40B, Ras-related protein Rab-40B, humanhuman

Predictions only

Length 278 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RAB40BQ12829 AC008687.6-201ENST00000596318 630 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 AL121832.2-201ENST00000610979 668 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 MARK4-211ENST00000622871 1147 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 OR6D1P-202ENST00000641007 5290 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 AC139713.2-201ENST00000641328 2723 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 USP39-201ENST00000323701 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 ZNF655-202ENST00000320583 1601 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 TULP1-208ENST00000614066 2084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 FAM129C-202ENST00000335393 2508 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 KRT8P3-201ENST00000519669 1449 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 TPD52L1-202ENST00000368388 2147 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 GORASP1-220ENST00000479927 1345 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 HOTTIP-202ENST00000472494 2285 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 CRYZL1-203ENST00000381540 1482 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 CYHR1-202ENST00000403000 1477 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 ARNTL-201ENST00000389707 2776 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 SULT1A1-204ENST00000395609 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 PCCB-208ENST00000468777 1877 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.68■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 MED10-201ENST00000255764 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 DCXR-201ENST00000306869 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 PFN3-201ENST00000358571 530 ntAPPRIS P1 BASIC16.68■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 STYXL1-204ENST00000360591 1127 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 IFI6-203ENST00000362020 828 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 ZPBP-203ENST00000419417 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 MCRIP1-201ENST00000455127 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 AC097658.1-201ENST00000475555 843 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 ABCC3-217ENST00000515707 656 ntTSL 3 BASIC16.68■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 MIXL1-202ENST00000542034 839 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 RARRES2P6-201ENST00000567333 442 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 CES1P1-204ENST00000574030 877 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 REXO1L9P-201ENST00000604264 2108 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 FP475955.1-201ENST00000624937 553 ntTSL 4 BASIC16.68■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 TCF4-201ENST00000354452 3482 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 FLJ13224-201ENST00000313737 1514 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 KRT81-202ENST00000615839 1505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 SLC47A2-202ENST00000350657 2285 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 HCN4-201ENST00000261917 7228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 FZD10-201ENST00000229030 3281 ntAPPRIS P1 BASIC16.68■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 MAPK11-201ENST00000330651 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 ELAC2-202ENST00000395962 2924 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 SNX27-203ENST00000368843 7197 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 C1orf159-205ENST00000421241 1841 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 NDUFV3-202ENST00000354250 1575 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 TSPAN3-210ENST00000561277 1592 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 COMMD7-202ENST00000446419 1343 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 EIF3C-211ENST00000566866 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 WIF1-201ENST00000286574 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 MROH1-202ENST00000423230 1712 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 PTGER3-203ENST00000354608 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 MYZAP-201ENST00000267853 2361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 GPSM2-201ENST00000264126 3032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 DGKI-203ENST00000446122 4070 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 HR-201ENST00000312841 5351 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 TRAK1-209ENST00000487159 5536 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 MYO19-225ENST00000621344 1640 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 PROSER2-201ENST00000277570 3333 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 PLAUR-203ENST00000340093 1548 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 LINC00535-201ENST00000501400 1914 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 ZNF133-210ENST00000535822 2341 ntTSL 3 BASIC16.67■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 SDHA-204ENST00000504309 2067 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 PSPN-201ENST00000245810 471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 AC068473.1-201ENST00000317008 1111 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 MRPS26-201ENST00000380325 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 EMC6-202ENST00000397133 762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 YBEY-205ENST00000397694 534 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 AC026271.2-201ENST00000428091 497 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 POU5F1P3-201ENST00000428824 1078 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 CDCA4P2-201ENST00000441182 718 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 AC026185.1-201ENST00000445748 174 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 SOX15-202ENST00000538513 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 C14orf28-204ENST00000557112 1097 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 SOX15-203ENST00000570788 1093 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 AC022517.1-201ENST00000592429 346 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 HIST1H2AL-201ENST00000613174 393 ntAPPRIS P1 BASIC16.67■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 MYC-209ENST00000641252 345 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 GJA3-201ENST00000241125 5211 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.67■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 UNC119-202ENST00000335765 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 KCTD2-201ENST00000322444 3635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 SERGEF-201ENST00000265965 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 ACAA1-209ENST00000450296 1570 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 SNED1-204ENST00000401884 4538 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 RUBCNL-203ENST00000378787 2731 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 EDA-203ENST00000374552 5278 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 TMEM91-210ENST00000542945 1610 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 CEP83-AS1-201ENST00000623122 2482 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 ZNF746-202ENST00000458143 3797 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 BFSP1-201ENST00000377868 2063 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 CLDN9-201ENST00000445369 2050 ntAPPRIS P1 BASIC16.66■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 RALGAPA1-219ENST00000637992 8512 ntTSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 FAM234A-203ENST00000399932 3213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 CHMP4A-201ENST00000347519 1393 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 BIN1-208ENST00000376113 1832 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 CHAC1-202ENST00000446533 1849 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 RWDD4-202ENST00000327570 2590 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC16.66■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 PTPDC1-202ENST00000375360 4517 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 RTKN-203ENST00000305557 2646 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 CTNNAL1-202ENST00000374593 761 ntTSL 3 BASIC16.66■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 COQ10B-203ENST00000409398 879 ntTSL 3 BASIC16.66■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 AL162430.1-201ENST00000480705 870 ntBASIC16.66■□□□□ 0.26
RAB40BQ12829 PRKY-204ENST00000533551 1019 ntBASIC16.66■□□□□ 0.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.9 ms