Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 GUCA1A-205ENST00000541991 1921 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 SEPT8-216ENST00000620483 4335 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 PTPRJ-207ENST00000613246 7851 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 CDX4-201ENST00000373514 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 AC008105.1-201ENST00000587534 2003 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 CALHM2-201ENST00000260743 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 SLC6A11-202ENST00000454147 2794 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 FAM19A3-201ENST00000361886 1056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 AP003396.1-201ENST00000501918 507 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 ZNF534-205ENST00000617900 1085 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 TRMT2A-203ENST00000404751 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 TLE3-226ENST00000627388 5742 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 LYNX1-204ENST00000614491 4708 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 STARD4-203ENST00000502322 1467 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 DMRT2-205ENST00000382255 2367 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 PDLIM3-212ENST00000620787 2352 ntTSL 4 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 IL4I1-202ENST00000391826 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 HEXIM2-201ENST00000307275 1528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 CHST2-201ENST00000309575 4582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 GAS7-210ENST00000579158 1528 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 ATF5-201ENST00000423777 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 BSCL2-201ENST00000278893 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 MID2-201ENST00000262843 2876 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 AC138696.1-201ENST00000522452 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 UNC5B-201ENST00000335350 6841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 C19orf25-201ENST00000427685 1410 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 RIPK2-201ENST00000220751 2584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 CHTOP-207ENST00000614256 1840 ntTSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 CELF2-217ENST00000638035 1849 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 SLC16A3-221ENST00000617373 2048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 SLC16A3-222ENST00000619321 2015 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 IGLL1-201ENST00000249053 716 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 CLN3-202ENST00000355477 1173 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 NDUFA1-201ENST00000371437 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 SMIM19-202ENST00000416469 691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 C7orf49-209ENST00000483029 596 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 C12orf43-206ENST00000537817 1270 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 KRTCAP3-207ENST00000543753 956 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 AC093458.2-201ENST00000623150 629 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 AL157888.1-201ENST00000631930 593 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 PNKP-224ENST00000631020 1545 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 AKIRIN1-201ENST00000372984 1330 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 ANXA8-208ENST00000611843 2174 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 DLGAP4-206ENST00000475894 3110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 LARGE2-208ENST00000531526 2528 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 BACE2-202ENST00000330333 2993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 TOX2-205ENST00000423191 1709 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 TMEM255B-202ENST00000375353 6100 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 TMEM171-201ENST00000287773 1247 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 RNF216P1-205ENST00000406089 807 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 COPS8-203ENST00000409334 794 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 AL445472.1-201ENST00000452532 1007 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 PDZD7-203ENST00000470414 1057 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 CBFB-203ENST00000561924 584 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 AC092902.2-222ENST00000626312 568 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 SPINK2-207ENST00000631082 392 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 NDUFAB1-201ENST00000007516 717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 SCD5-201ENST00000273908 1995 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 SPNS1-201ENST00000311008 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 COL9A3-201ENST00000343916 2485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 TRIP4-201ENST00000261884 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 ALG9-214ENST00000614444 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 GFER-201ENST00000248114 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 DMD-208ENST00000378680 1858 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 GOSR2-226ENST00000639287 2367 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 KCNH1-214ENST00000640566 1365 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 FAM182B-201ENST00000376403 1681 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 AC012615.6-201ENST00000593201 1697 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 MAPT-209ENST00000446361 5345 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 AP003356.1-202ENST00000517910 2770 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 CAMKK1-202ENST00000348335 3563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 KBTBD2-201ENST00000304056 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 EXOSC3-201ENST00000327304 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 OBSL1-203ENST00000373876 5503 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 MIR564-202ENST00000385049 94 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 PTGES2-AS1-201ENST00000443493 2100 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 LY6E-213ENST00000522528 606 ntTSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 IFI27L1-206ENST00000554562 571 ntTSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 TMEM220-AS1-201ENST00000579114 575 ntTSL 4 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 CLN6-214ENST00000636314 442 ntTSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 AC005906.2-206ENST00000638180 1029 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 DAG1-221ENST00000541308 5676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 CAPN1-226ENST00000533820 3083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 TRIM47-201ENST00000254816 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 SLC47A1-202ENST00000395585 1998 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 C1QTNF1-209ENST00000581774 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 MMP28-204ENST00000615136 2033 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 LINC00466-207ENST00000634725 1736 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 PLEKHA2-206ENST00000521746 2127 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 SMPD1-203ENST00000527275 2188 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 SAMD11-213ENST00000618181 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 RELB-201ENST00000221452 2294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 AC011944.1-201ENST00000316148 1900 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 JPH2-201ENST00000342272 1923 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 MAP3K7CL-206ENST00000399928 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 HOXA11-201ENST00000006015 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 CT47A4-201ENST00000415858 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 CT47A9-201ENST00000417256 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 CT47A6-201ENST00000419194 1298 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CHMP3Q9Y3E7 CT47A10-201ENST00000430448 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.6 ms