Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 AMACR-205ENST00000426255 1316 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 SMOC2-206ENST00000535039 1875 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 STXBP6-203ENST00000419632 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 FARSA-207ENST00000588025 2057 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 BEX1-201ENST00000372728 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 AC034232.1-201ENST00000506026 1064 ntBASIC16■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 AC004448.5-201ENST00000579897 567 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 PRR29-207ENST00000580752 458 ntTSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 MMD2-201ENST00000401401 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 CAMKV-205ENST00000467248 1688 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 RASSF1-202ENST00000357043 1864 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 ACTL6A-201ENST00000392662 1899 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 MXD3-202ENST00000427908 2269 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 EVX1-202ENST00000496902 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 C6orf136-203ENST00000376473 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 KLHDC4-227ENST00000622456 1422 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 TUBA8-201ENST00000316027 1518 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 SDCBP-204ENST00000447182 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 EFS-201ENST00000216733 3118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 GOSR2-210ENST00000576910 1891 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 OGFOD2-205ENST00000454694 1488 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 FAM50A-202ENST00000393600 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 FUOM-201ENST00000278025 709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 HOPX-201ENST00000317745 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 RASGRP2-208ENST00000394428 444 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 HELT-202ENST00000505610 846 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 AC020558.2-201ENST00000582325 795 ntTSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 TYROBP-209ENST00000589517 415 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 CCDC106-206ENST00000591241 1153 ntTSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 IFNL4P1-201ENST00000607083 540 ntBASIC16■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 AL121672.3-201ENST00000608644 468 ntBASIC16■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 TPCN2-201ENST00000294309 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 LIPG-203ENST00000577628 2323 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 LGI3-201ENST00000306317 3272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 TM9SF1-203ENST00000524835 1938 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 FAM3A-215ENST00000447601 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 GRK6-201ENST00000355472 2939 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 NOP14-202ENST00000398071 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 AC233280.1-201ENST00000423600 1684 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 C6orf223-202ENST00000439969 2757 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 ACSS3-201ENST00000261206 2666 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 KRT13-208ENST00000587544 1456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 PPP2R5A-201ENST00000261461 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 NAA50-209ENST00000497525 1385 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 TRA2A-201ENST00000297071 1845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 CXXC5-AS1-201ENST00000514287 577 ntTSL 4 BASIC15.99■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 AC008738.3-201ENST00000589932 659 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 CHMP2A-208ENST00000601220 885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 RASGRP1-201ENST00000310803 5023 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 RASGRP1-204ENST00000539159 5021 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 SPATA20-226ENST00000619622 2769 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 ZDHHC3-205ENST00000424952 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 SYN2-206ENST00000621198 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 PROB1-201ENST00000434752 5122 ntAPPRIS P1 BASIC15.99■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 ZACN-201ENST00000334586 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 RPS6KA1-204ENST00000374168 3186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 NKD2-201ENST00000274150 1940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 FAM217A-208ENST00000639338 1929 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 CEP85L-205ENST00000419517 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 RNF113B-201ENST00000267291 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 OTOP2-201ENST00000331427 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 NAT6-202ENST00000417393 1163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 VCX3B-203ENST00000444481 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 ACY1-210ENST00000494103 1298 ntTSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 SELENOH-204ENST00000534355 818 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 VCX3A-203ENST00000612369 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 ZCCHC24-202ENST00000372336 4933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 SNRPN-207ENST00000554227 1763 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 PPP4C-202ENST00000561610 1333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 SCFD2-204ENST00000611795 1320 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 CBFA2T2-201ENST00000342704 2864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 B3GALNT2-201ENST00000313984 1874 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 AC096719.1-201ENST00000510705 1874 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 GPR139-202ENST00000570682 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 NAGPA-AS1-202ENST00000632058 2265 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 TRPC1-203ENST00000476941 3061 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 ANXA8L1-201ENST00000584982 2174 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 EMX1-202ENST00000394111 1528 ntTSL 3 BASIC15.98■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 NCF1B-201ENST00000423083 1516 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 DBNDD2-202ENST00000360981 1078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 AL359747.1-201ENST00000442370 536 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 ZNF346-205ENST00000506693 1276 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 CCNG1-208ENST00000510664 994 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 SDHD-206ENST00000528182 754 ntTSL 3 BASIC15.98■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 AP000721.2-201ENST00000537170 650 ntTSL 4 BASIC15.98■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 ANKRD34C-AS1-201ENST00000557790 594 ntTSL 3 BASIC15.98■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 RNPS1-224ENST00000569598 918 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 SYNGR2-202ENST00000585591 949 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 AL691432.3-201ENST00000621860 400 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 TRIM7-205ENST00000422067 1954 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 TLK2-202ENST00000343388 3227 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 ZBTB10-205ENST00000610895 2833 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 CIDEB-202ENST00000336557 2409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 MIXL1-201ENST00000366810 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 CD164L2-202ENST00000374027 1457 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 RBPMS-210ENST00000520191 1613 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 CASKIN2-205ENST00000581870 1612 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 FAR2P2-204ENST00000424873 2070 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 PTBP1-220ENST00000627714 2201 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 L3HYPDH-201ENST00000247194 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.7 ms