Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 AC009487.1-202ENST00000437683 402 ntTSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 AL451069.1-201ENST00000455414 634 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 TMUB1-205ENST00000482202 899 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.82■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 MVB12A-204ENST00000528515 686 ntTSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 EGLN1P1-201ENST00000531623 762 ntBASIC15.82■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 SUSD3-205ENST00000617293 1076 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.82■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 KLHL17-201ENST00000338591 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 GMDS-208ENST00000530927 1440 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 KRT8P32-201ENST00000512863 1461 ntBASIC15.82■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 CHPF-201ENST00000243776 3013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 LONRF1-208ENST00000533751 3043 ntTSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 FNBP1-203ENST00000443566 5227 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 UTP18-201ENST00000225298 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 GCDH-216ENST00000591470 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 IL10RB-201ENST00000290200 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 CBSL-210ENST00000624934 1992 ntTSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 AC138356.1-201ENST00000330539 2086 ntTSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 FBXL18-205ENST00000620087 2076 ntTSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 MAPK9-201ENST00000343111 4369 ntTSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 FAM213A-206ENST00000615554 2213 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 TBC1D19-201ENST00000264866 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 ARHGAP28-203ENST00000383472 2295 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 ARHGAP22-203ENST00000374172 2380 ntTSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 CCDC50-202ENST00000392456 2454 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 AL445433.2-201ENST00000425113 2544 ntTSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 TSHZ3-201ENST00000240587 5176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 ADAMTS17-201ENST00000268070 6207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 PRKAR2A-201ENST00000265563 6471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 CD70-201ENST00000245903 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 PLPP2-201ENST00000269812 1228 ntTSL 3 BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 TSSC4-201ENST00000333256 1686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 CAPN10-203ENST00000352879 862 ntTSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 S100A16-203ENST00000368705 956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 STX5-202ENST00000377897 1785 ntTSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 STRN4-202ENST00000391910 3628 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 SLC25A1P2-201ENST00000430693 912 ntBASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 LRCH3-207ENST00000441090 2034 ntTSL 2 BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 HMGB3P22-201ENST00000442010 597 ntTSL 2 BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 FCMR-202ENST00000442471 1441 ntTSL 2 BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 KCTD7-202ENST00000443322 1160 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 KRT18P57-201ENST00000443599 1254 ntBASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 AC096719.1-201ENST00000510705 1874 ntTSL 5 BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 CCNC-207ENST00000518714 1426 ntTSL 5 BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 RAB2A-211ENST00000531289 1058 ntTSL 2 BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 SMOC2-206ENST00000535039 1875 ntTSL 5 BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 PPHLN1-213ENST00000549190 1777 ntTSL 5 BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 AC090970.2-201ENST00000561318 865 ntTSL 5 BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 C17orf62-230ENST00000583617 866 ntTSL 5 BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 GNAZ-203ENST00000615612 3333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 CCDC28A-203ENST00000617445 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 HEIH-201ENST00000623091 1652 ntBASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 AVL9-209ENST00000640103 1367 ntTSL 5 BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 AC097493.4-201ENST00000641197 219 ntBASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 AC068587.9-201ENST00000641814 219 ntBASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 BAG5-201ENST00000299204 4848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 FLT1-201ENST00000282397 7092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 PRDM8-202ENST00000415738 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 CPT2-207ENST00000636867 2643 ntTSL 5 BASIC15.81■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 ALDH5A1-201ENST00000348925 2266 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 GNS-208ENST00000543646 2164 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 ZBTB4-201ENST00000311403 5956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 SASH1-201ENST00000367467 7711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 SEMA6C-210ENST00000621728 1918 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 CALHM2-201ENST00000260743 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 IRF7-202ENST00000348655 1801 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 MTSS1-203ENST00000431961 1711 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 VBP1-201ENST00000286428 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 SLC25A51-202ENST00000377716 1691 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 ATP5L-201ENST00000300688 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 KRT81-202ENST00000615839 1505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 NUDT17-201ENST00000334513 1473 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 C19orf25-201ENST00000427685 1410 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 IFNL4-203ENST00000634680 1421 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 AC020763.4-201ENST00000623414 4170 ntBASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 HMBS-221ENST00000544387 1351 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 UBE2O-201ENST00000319380 5436 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 PRDX5-201ENST00000265462 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 POMZP3-201ENST00000275569 1259 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 LRRC23-202ENST00000323702 1208 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 C20orf166-AS1-202ENST00000436101 761 ntTSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 AP001059.1-201ENST00000442785 523 ntTSL 3 BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 STXBP1-203ENST00000476182 566 ntTSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 AQP4-AS1-204ENST00000582605 525 ntTSL 4 BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 AC008735.6-201ENST00000635964 1292 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 AC116562.4-202ENST00000641738 218 ntBASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 PPP1R3F-202ENST00000376188 2443 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 PTTG1IP-203ENST00000397887 2413 ntTSL 4 BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 PSMD3-201ENST00000264639 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 SARAF-214ENST00000545648 1976 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 AAED1-201ENST00000375234 2863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 RAPGEF5-203ENST00000405243 2800 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 AL357033.4-201ENST00000617703 1807 ntBASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 TMEM104-202ENST00000417024 1781 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 TFCP2-205ENST00000549867 1727 ntTSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 ATRIP-201ENST00000320211 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 CDK4-202ENST00000312990 1650 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 RBFOX1-204ENST00000422070 1684 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 AC012615.6-201ENST00000593201 1697 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 SLC22A17-204ENST00000397267 2455 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 SEMA3D-202ENST00000444867 1605 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.1 ms