Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 TLE2-219ENST00000591529 2483 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 LRRC56-201ENST00000270115 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 CPEB3-203ENST00000614585 5789 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 ZNF416-201ENST00000196489 2561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 KLC2-203ENST00000394066 2591 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 TNFAIP1-202ENST00000544907 1656 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 C14orf180-202ENST00000410013 2009 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 AC005498.3-201ENST00000596587 2045 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 C18orf8-201ENST00000269221 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 PYCR1-204ENST00000403172 1811 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 TLK2-201ENST00000326270 3512 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 HES2-203ENST00000377837 1222 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 C20orf196-202ENST00000378979 585 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 MIR663A-201ENST00000385250 93 ntBASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 NCF1B-202ENST00000432102 930 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC112Q8NEF3 NADSYN1-201ENST00000319023 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 PCSK5-201ENST00000376752 5756 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 PABPC1L-217ENST00000537323 1910 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 ARSA-201ENST00000216124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 MLXIP-201ENST00000319080 8427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 GNAS-203ENST00000306120 1878 ntBASIC20.58■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 KANSL2-212ENST00000550347 2714 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 MFSD10-202ENST00000355443 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 GOLGA2P7-201ENST00000316967 2525 ntTSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 PDE2A-226ENST00000544570 3119 ntTSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 TRAM1-201ENST00000262213 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 MAP1LC3A-203ENST00000397709 698 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 KANSL1-AS1-201ENST00000398275 517 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 AMIGO2-202ENST00000429635 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 CROCCP5-201ENST00000436658 830 ntBASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 ZCCHC9-204ENST00000438268 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 AL645608.9-201ENST00000442292 829 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 AC093787.1-201ENST00000450396 207 ntBASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 HRAT92-201ENST00000452622 3506 ntTSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 HMX1-202ENST00000506970 651 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 AC016065.1-203ENST00000523225 1017 ntTSL 3 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 SAAL1-202ENST00000524803 1582 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 MUS81-215ENST00000533035 2180 ntTSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 NDUFS7-210ENST00000539480 1743 ntTSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 BEAN1-AS1-201ENST00000564618 533 ntTSL 4 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 SH2D3C-213ENST00000629203 2478 ntTSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 FNDC5-207ENST00000640867 639 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 KIAA1522-202ENST00000373480 5294 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 KIAA1522-203ENST00000373481 5293 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 FAM135A-209ENST00000505769 4806 ntTSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 PIGZ-202ENST00000412723 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 ABCB9-207ENST00000442833 2587 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 WSCD1-209ENST00000574232 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 IL6R-202ENST00000368485 5914 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 AUP1-201ENST00000377526 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 GSR-201ENST00000221130 3119 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 STX17-205ENST00000525640 2523 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 SLC44A3-201ENST00000271227 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 DCP1B-201ENST00000280665 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 MTERF2-202ENST00000392830 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 TMEM235-203ENST00000550981 1786 ntTSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 MMP17-206ENST00000535291 2301 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 PKD1P1-201ENST00000458669 6805 ntBASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 PHRF1-205ENST00000533464 5218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 FHL1-205ENST00000370690 2441 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 GRAMD2B-218ENST00000542322 2977 ntTSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 ZNF354C-201ENST00000315475 5411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 MTMR14-203ENST00000353332 2368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 TXNRD3-202ENST00000523403 2351 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 MGLL-204ENST00000434178 4941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 RPS6KA5-201ENST00000418736 2249 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 AC134043.2-201ENST00000624206 2238 ntBASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 DKK3-201ENST00000326932 2636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 RAC3-201ENST00000306897 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 AL355802.2-201ENST00000402069 882 ntBASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 GGT1-206ENST00000404223 952 ntTSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 AC007322.1-201ENST00000426983 750 ntBASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 NCF1B-203ENST00000435988 1254 ntBASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 KRT18P16-201ENST00000510337 1294 ntBASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 EMC9-206ENST00000560403 872 ntTSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 AC005181.1-201ENST00000604782 1256 ntBASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 GGTLC2-204ENST00000613850 973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 GGTLC2-205ENST00000618722 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 TYMS-203ENST00000323274 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 CCDC43-201ENST00000315286 2082 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 ASXL1-202ENST00000375687 7031 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 CEP83-AS1-201ENST00000623122 2482 ntBASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 UNC5D-202ENST00000404895 3252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 WDFY4-202ENST00000360890 2193 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 INPP4A-204ENST00000409540 3231 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 RBPMS-210ENST00000520191 1613 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 MAP3K6-202ENST00000374040 4309 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 CDH22-203ENST00000537909 3902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 OLA1-201ENST00000284719 4417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 IL6R-208ENST00000622330 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 IL17RC-201ENST00000295981 2621 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 MCEMP1-201ENST00000333598 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 GABRD-205ENST00000638771 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 SERPINA4-202ENST00000555095 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 NOMO1-208ENST00000620755 3921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 DVL2-209ENST00000575458 2659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 EPOR-201ENST00000222139 2411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 STAMBPL1-203ENST00000371926 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 RNH1-205ENST00000397615 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 CEP78-204ENST00000415759 2623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.55■□□□□ 0.88
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.7 ms