Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 AC141586.3-201ENST00000562166 1838 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 PRR14-203ENST00000542965 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 AL603832.1-201ENST00000421943 449 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 AC013402.1-201ENST00000456999 561 ntTSL 4 BASIC18.08■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 AC027796.4-201ENST00000575741 874 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 NTF4-201ENST00000593537 932 ntAPPRIS P1 BASIC18.08■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 AC112497.1-201ENST00000624824 639 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 ROCK2-202ENST00000315872 8292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 PRRT1-202ENST00000375150 1726 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 LDHAL6A-202ENST00000396213 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 CYGB-201ENST00000293230 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 NKX6-1-201ENST00000295886 2628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 DISC1-202ENST00000317586 2636 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 CCDC151-201ENST00000356392 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 MARC2-202ENST00000366913 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 LAG3-201ENST00000203629 1974 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 RCC2P3-201ENST00000418112 1537 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 CDK13-207ENST00000613626 3099 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 FCMR-202ENST00000442471 1441 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 TMEM151A-201ENST00000327259 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 GPR62-201ENST00000322241 2191 ntAPPRIS P1 BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 AC044802.1-201ENST00000501143 2894 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 HCK-206ENST00000518730 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 NTMT1-203ENST00000372483 1315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 IRF7-203ENST00000397566 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 CEP85L-205ENST00000419517 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 FOXC1-201ENST00000380874 3926 ntAPPRIS P1 BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 SEPT9-236ENST00000591088 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 FUCA1-201ENST00000374479 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 AC008556.1-201ENST00000610908 2040 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 TMEM190-201ENST00000291934 593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 ZFAND2A-201ENST00000316495 860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 ZFAND2A-203ENST00000401903 968 ntTSL 3 BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 AL161452.1-201ENST00000415062 1117 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 TMEM243-203ENST00000433078 1273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 HOXB-AS3-203ENST00000465846 434 ntTSL 3 BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 AC079385.1-201ENST00000551505 570 ntTSL 4 BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 LINC02317-201ENST00000555413 426 ntTSL 3 BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 CCDC106-206ENST00000591241 1153 ntTSL 3 BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 ILKAP-212ENST00000622223 1088 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 NR1D2-201ENST00000312521 5258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 ABHD14B-202ENST00000361143 1636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 NR1H2-201ENST00000253727 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 YTHDC2-207ENST00000515883 2629 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 PTPRE-201ENST00000254667 5331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 PGS1-201ENST00000262764 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 ANGPTL4-201ENST00000301455 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 CNOT6-201ENST00000261951 6176 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 GMPPA-203ENST00000358215 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 ACY1-201ENST00000404366 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 KATNBL1P6-202ENST00000562413 1466 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 WNT5B-203ENST00000537031 1437 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 P2RX5-202ENST00000345901 2031 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 FBLN7-202ENST00000331203 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 ST3GAL4-205ENST00000449406 1669 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 AL512353.2-201ENST00000448759 1962 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 CPQ-201ENST00000220763 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 CADPS2-202ENST00000334010 6045 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 CFP-203ENST00000396992 1592 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 ISCU-201ENST00000311893 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 CDHR4-201ENST00000343366 1188 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 PDLIM4-202ENST00000379018 1006 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 AL645929.1-201ENST00000420084 975 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 LINC01534-202ENST00000433232 554 ntTSL 3 BASIC18.06■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 PRAP1-202ENST00000463201 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 SEC1P-202ENST00000473944 940 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 C12orf43-206ENST00000537817 1270 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 OSR2-201ENST00000297565 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 ZNF281-202ENST00000367352 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 CEP78-202ENST00000376597 2618 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 FAM109B-201ENST00000321753 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 ULK3-217ENST00000568667 1470 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 RBM42-201ENST00000262633 1680 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 SLC6A18-201ENST00000324642 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 GGT6-202ENST00000381550 2145 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 FAM50A-202ENST00000393600 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 P3H4-202ENST00000393928 2601 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 PTGES2-AS1-201ENST00000443493 2100 ntBASIC18.05■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 HAUS4-218ENST00000555986 1626 ntTSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 CORO1A-216ENST00000570045 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 ARMC6-220ENST00000546344 1814 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 SLC23A3-201ENST00000295738 2037 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 INPP5J-203ENST00000401755 1751 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 MAFG-201ENST00000357736 5040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 DPF1-203ENST00000414789 1960 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 DCTN3-201ENST00000259632 808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 OR10H5-201ENST00000308940 1132 ntAPPRIS P1 BASIC18.05■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 RPA2-201ENST00000313433 1237 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 SMYD3-204ENST00000403792 1209 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 MEF2B-202ENST00000409447 1297 ntTSL 3 BASIC18.05■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 AP000347.1-209ENST00000437294 557 ntTSL 4 BASIC18.05■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 AL162258.2-202ENST00000469931 831 ntTSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 AC087623.2-201ENST00000528407 534 ntTSL 4 BASIC18.05■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 KCTD10-211ENST00000540411 866 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 AC020558.2-201ENST00000582325 795 ntTSL 3 BASIC18.05■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 PTGIR-204ENST00000596260 1009 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 PNMA8A-203ENST00000602246 572 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC18.05■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 TXNDC12-205ENST00000610127 806 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 AL157888.1-201ENST00000631930 593 ntBASIC18.05■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 HEXDC-201ENST00000327949 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.8 ms