Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 TH-203ENST00000352909 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
USP4Q13107 EMD-202ENST00000369842 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
USP4Q13107 SMN2-202ENST00000380742 1388 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.56■□□□□ 0.72
USP4Q13107 IRF5-202ENST00000357234 1680 ntTSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
USP4Q13107 MATN4-202ENST00000360607 2127 ntTSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
USP4Q13107 SEMA3B-210ENST00000611067 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
USP4Q13107 P2RY6-212ENST00000618468 2431 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.55■□□□□ 0.72
USP4Q13107 AKIRIN1-201ENST00000372984 1330 ntTSL 2 BASIC19.55■□□□□ 0.72
USP4Q13107 STARD4-203ENST00000502322 1467 ntTSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
USP4Q13107 PTBP1-220ENST00000627714 2201 ntTSL 5 BASIC19.55■□□□□ 0.72
USP4Q13107 GPR32-201ENST00000270590 1269 ntAPPRIS P1 BASIC19.55■□□□□ 0.72
USP4Q13107 ARHGAP8-202ENST00000356099 1584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
USP4Q13107 NDOR1-203ENST00000427047 2315 ntTSL 2 BASIC19.55■□□□□ 0.72
USP4Q13107 CATIP-AS1-202ENST00000441749 480 ntTSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
USP4Q13107 BTNL9-210ENST00000515271 1444 ntTSL 2 BASIC19.55■□□□□ 0.72
USP4Q13107 GPHA2-202ENST00000532246 466 ntTSL 3 BASIC19.55■□□□□ 0.72
USP4Q13107 ATP5D-207ENST00000591660 637 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.55■□□□□ 0.72
USP4Q13107 SLF2-205ENST00000609386 891 ntAPPRIS ALT2 BASIC19.55■□□□□ 0.72
USP4Q13107 DHRS2-210ENST00000611765 1287 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.55■□□□□ 0.72
USP4Q13107 SENP6-201ENST00000327284 2700 ntTSL 2 BASIC19.55■□□□□ 0.72
USP4Q13107 TP73-202ENST00000354437 2140 ntTSL 5 BASIC19.55■□□□□ 0.72
USP4Q13107 AC129492.1-201ENST00000399413 1804 ntTSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
USP4Q13107 IFRD1-201ENST00000005558 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
USP4Q13107 RND1-201ENST00000309739 1681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
USP4Q13107 KRT13-202ENST00000336861 1673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
USP4Q13107 TMEM176A-210ENST00000484928 1530 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.55■□□□□ 0.72
USP4Q13107 RSAD1-201ENST00000258955 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
USP4Q13107 LARGE2-206ENST00000529052 2459 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.54■□□□□ 0.72
USP4Q13107 NUDT16L1-201ENST00000304301 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
USP4Q13107 RDH13-203ENST00000415061 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
USP4Q13107 RRS1-201ENST00000320270 1706 ntAPPRIS P1 BASIC19.54■□□□□ 0.72
USP4Q13107 PTPRK-218ENST00000525459 1722 ntTSL 2 BASIC19.54■□□□□ 0.72
USP4Q13107 MXD3-202ENST00000427908 2269 ntTSL 2 BASIC19.54■□□□□ 0.72
USP4Q13107 GPR3-201ENST00000374024 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
USP4Q13107 ABO-203ENST00000611156 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.54■□□□□ 0.72
USP4Q13107 ACY1-206ENST00000476351 1409 ntTSL 3 BASIC19.54■□□□□ 0.72
USP4Q13107 SAMD11-211ENST00000616125 2230 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.54■□□□□ 0.72
USP4Q13107 IGLL1-201ENST00000249053 716 ntTSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
USP4Q13107 DMKN-208ENST00000424570 1293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
USP4Q13107 CBR1-203ENST00000439427 1024 ntTSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
USP4Q13107 FIS1-207ENST00000474120 915 ntTSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
USP4Q13107 LY6E-213ENST00000522528 606 ntTSL 3 BASIC19.54■□□□□ 0.72
USP4Q13107 VENTXP5-201ENST00000523979 775 ntBASIC19.54■□□□□ 0.72
USP4Q13107 NEK7-207ENST00000538004 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
USP4Q13107 ZNF444P1-201ENST00000559497 298 ntBASIC19.54■□□□□ 0.72
USP4Q13107 AL807752.6-202ENST00000622933 765 ntAPPRIS P5 TSL 3 BASIC19.54■□□□□ 0.72
USP4Q13107 SMIM29-209ENST00000636500 1186 ntTSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
USP4Q13107 AGAP2-AS1-201ENST00000542466 1500 ntTSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
USP4Q13107 USP21-201ENST00000289865 2195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
USP4Q13107 P2RX2-208ENST00000542301 1881 ntTSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
USP4Q13107 ISLR2-210ENST00000565540 2780 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC19.54■□□□□ 0.72
USP4Q13107 ROR1-201ENST00000371079 5832 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
USP4Q13107 MCIDAS-201ENST00000513312 1736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
USP4Q13107 SYT8-202ENST00000381968 1424 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.72
USP4Q13107 LINC01311-201ENST00000565162 1445 ntBASIC19.53■□□□□ 0.72
USP4Q13107 FBXW9-203ENST00000587955 1437 ntTSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
USP4Q13107 HTRA3-201ENST00000307358 2541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
USP4Q13107 FBXO24-201ENST00000241071 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
USP4Q13107 DMRT2-204ENST00000382251 2292 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.72
USP4Q13107 AHRR-204ENST00000506456 2350 ntTSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.72
USP4Q13107 PXMP4-201ENST00000217398 979 ntTSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.72
USP4Q13107 MCCD1P1-208ENST00000445732 328 ntBASIC19.53■□□□□ 0.72
USP4Q13107 SDCBP-204ENST00000447182 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
USP4Q13107 PDZD7-203ENST00000470414 1057 ntTSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.72
USP4Q13107 PTK2-216ENST00000519881 863 ntTSL 3 BASIC19.53■□□□□ 0.72
USP4Q13107 PHB2-207ENST00000542912 1138 ntTSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.72
USP4Q13107 MIR3180-5-201ENST00000583743 153 ntBASIC19.53■□□□□ 0.72
USP4Q13107 ZNF534-205ENST00000617900 1085 ntTSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.72
USP4Q13107 TRMT6-202ENST00000453074 2239 ntTSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.72
USP4Q13107 TDRKH-203ENST00000368824 2824 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
USP4Q13107 KCNH1-214ENST00000640566 1365 ntTSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
USP4Q13107 PCDHA4-201ENST00000378125 2328 ntTSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.72
USP4Q13107 TSR1-201ENST00000301364 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
USP4Q13107 LDHD-201ENST00000300051 2067 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
USP4Q13107 TEAD2-202ENST00000377214 2440 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.72
USP4Q13107 TCERG1L-201ENST00000368642 2618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
USP4Q13107 YPEL3-202ENST00000398841 1588 ntTSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
USP4Q13107 ASGR1-208ENST00000574388 1552 ntTSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
USP4Q13107 ADORA2A-215ENST00000618076 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
USP4Q13107 AKIRIN2-201ENST00000257787 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
USP4Q13107 PPP4C-202ENST00000561610 1333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
USP4Q13107 PTTG1IP-204ENST00000445724 2497 ntTSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
USP4Q13107 STARD3-201ENST00000336308 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
USP4Q13107 ANKDD1B-204ENST00000601380 2569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.52■□□□□ 0.72
USP4Q13107 IFNL4-203ENST00000634680 1421 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
USP4Q13107 Z82202.1-201ENST00000623446 1880 ntBASIC19.52■□□□□ 0.72
USP4Q13107 AC140125.2-201ENST00000502515 1517 ntTSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
USP4Q13107 MYEOV-202ENST00000441339 1996 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
USP4Q13107 CNNM3-202ENST00000377060 3308 ntTSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
USP4Q13107 SNX4-201ENST00000251775 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
USP4Q13107 KIF22-203ENST00000561482 2505 ntTSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
USP4Q13107 GJA4-201ENST00000342280 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
USP4Q13107 CDC14B-208ENST00000463569 1734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.52■□□□□ 0.72
USP4Q13107 MED30-201ENST00000297347 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
USP4Q13107 FAM187B-201ENST00000324675 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
USP4Q13107 CHTOP-202ENST00000368687 1094 ntTSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
USP4Q13107 SDCBP2-203ENST00000381808 1261 ntTSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
USP4Q13107 AANAT-202ENST00000392492 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
USP4Q13107 SPDYE13P-201ENST00000445314 798 ntBASIC19.52■□□□□ 0.72
USP4Q13107 AL162457.2-201ENST00000447909 937 ntTSL 3 BASIC19.52■□□□□ 0.72
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