Protein–RNA interactions for Protein: P38398

BRCA1, Breast cancer type 1 susceptibility protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,863 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRCA1P38398 CHST13-202ENST00000615522 1146 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 BID-215ENST00000622694 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 ESYT3-201ENST00000289135 1356 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 PDIA2-202ENST00000404312 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 ALDH7A1-215ENST00000553117 1935 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 MED16-201ENST00000269814 1199 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 SUSD4-203ENST00000344029 1056 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 AC005020.2-201ENST00000455905 830 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 BLOC1S1-204ENST00000549147 1229 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 UBE2Q2P1-205ENST00000559871 534 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 AC092718.3-202ENST00000564536 1032 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 AC002347.1-201ENST00000569543 541 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 NAA60-217ENST00000572942 1089 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 YAP1-208ENST00000531439 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 GMPR-201ENST00000259727 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 BANP-217ENST00000479780 1551 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 CA11-201ENST00000084798 1844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 POLR2F-205ENST00000442738 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 INTS4P1-201ENST00000438455 1935 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 FAM187A-202ENST00000412523 1748 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 HTD2-201ENST00000461393 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 NR2F1-205ENST00000615873 1427 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 LBH-203ENST00000404397 543 ntTSL 4 BASIC22.71■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 METTL21A-202ENST00000406927 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 COA5-202ENST00000409997 557 ntTSL 4 BASIC22.71■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 BPHL-208ENST00000434640 1186 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 AC132008.2-207ENST00000454517 770 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 AC112482.1-201ENST00000492080 688 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 AP002449.1-201ENST00000588211 474 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 UBXN11-201ENST00000314675 2254 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 AC009126.1-201ENST00000501338 2245 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 GPR83-202ENST00000539203 1909 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 SYTL1-210ENST00000616558 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 JAM2-202ENST00000400532 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 KDM8-202ENST00000441782 1612 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 TRABD2A-202ENST00000409133 1554 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 TPD52-211ENST00000519303 1594 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 POLD4-205ENST00000529704 1486 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 AC112777.1-201ENST00000540175 1423 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 SYT15-201ENST00000374321 1369 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 SCAND1-203ENST00000615116 1371 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 COLEC11-207ENST00000404205 1062 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 MEG3-211ENST00000452514 461 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 AC009533.2-201ENST00000543664 586 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 AC132872.3-201ENST00000620937 629 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 TRMU-201ENST00000290846 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 KRT16P3-203ENST00000580621 1939 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 MRPS7-204ENST00000579761 1717 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
BRCA1P38398 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
BRCA1P38398 SMPD1-203ENST00000527275 2188 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
BRCA1P38398 TP73-202ENST00000354437 2140 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
BRCA1P38398 DNAJC28-203ENST00000402202 1480 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
BRCA1P38398 WFDC1-203ENST00000568638 1319 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
BRCA1P38398 TNNT1-201ENST00000291901 967 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
BRCA1P38398 LCE1B-201ENST00000360090 1139 ntAPPRIS P1 BASIC22.7■■□□□ 1.22
BRCA1P38398 MRPS18A-201ENST00000372116 785 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
BRCA1P38398 GGT1-207ENST00000404532 853 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
BRCA1P38398 RAB17-203ENST00000409576 466 ntTSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
BRCA1P38398 AL139288.1-201ENST00000623748 933 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
BRCA1P38398 AL157832.3-201ENST00000635764 1005 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
BRCA1P38398 ACADVL-202ENST00000350303 2191 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
BRCA1P38398 ABHD5-205ENST00000458276 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
BRCA1P38398 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC22.7■■□□□ 1.22
BRCA1P38398 NUDT16-201ENST00000502852 1552 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
BRCA1P38398 PRRT1-201ENST00000211413 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
BRCA1P38398 DOK7-206ENST00000515886 2263 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
BRCA1P38398 SPPL2B-212ENST00000618220 2459 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
BRCA1P38398 C17orf67-201ENST00000397861 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
BRCA1P38398 PLGRKT-201ENST00000223864 932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
BRCA1P38398 PF4-201ENST00000296029 604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
BRCA1P38398 C22orf39-203ENST00000399568 1005 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
BRCA1P38398 RFPL4AP1-201ENST00000530883 850 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
BRCA1P38398 C19orf25-210ENST00000591027 574 ntTSL 4 BASIC22.69■■□□□ 1.22
BRCA1P38398 ARHGEF2-204ENST00000368315 1645 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
BRCA1P38398 TXNDC5-201ENST00000379757 2964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
BRCA1P38398 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
BRCA1P38398 DEPTOR-203ENST00000523492 1397 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
BRCA1P38398 SLC35F5-203ENST00000409342 2284 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
BRCA1P38398 TCF3P1-201ENST00000423021 1937 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
BRCA1P38398 GUCA1A-205ENST00000541991 1921 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
BRCA1P38398 ACHE-201ENST00000241069 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
BRCA1P38398 KCNQ1-202ENST00000335475 2159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
BRCA1P38398 IGLL1-202ENST00000330377 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
BRCA1P38398 RCN1P2-201ENST00000398357 915 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
BRCA1P38398 AL049569.1-201ENST00000446261 636 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
BRCA1P38398 AC091180.3-201ENST00000506504 963 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
BRCA1P38398 RPS29-206ENST00000557111 488 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
BRCA1P38398 LYRM1-209ENST00000568663 857 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.68■■□□□ 1.22
BRCA1P38398 MIR3197-201ENST00000582241 73 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
BRCA1P38398 HEXIM2-207ENST00000592695 1246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
BRCA1P38398 AL357033.4-201ENST00000617703 1807 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
BRCA1P38398 DHRS7B-206ENST00000579303 1479 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
BRCA1P38398 KRT8P50-201ENST00000562022 1438 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
BRCA1P38398 ISCU-205ENST00000535729 1330 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
BRCA1P38398 CLDN7-202ENST00000397317 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
BRCA1P38398 AL133375.1-201ENST00000500590 980 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
BRCA1P38398 AC026336.2-201ENST00000563922 763 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 100.2 ms