Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 AC110285.5-201ENST00000611501 352 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 KDM1A-201ENST00000356634 3033 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 NFATC1-210ENST00000587635 2195 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 STX3-201ENST00000337979 3299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 NAT6-204ENST00000443094 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 TUBA8-201ENST00000316027 1518 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 ZNF385C-201ENST00000436535 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 ULK3-220ENST00000569437 2611 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 SLC25A47-201ENST00000361529 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 RUNX2-202ENST00000371432 5487 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 RASSF1-210ENST00000616212 1842 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 FAM87B-201ENST00000326734 1947 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 TNPO2-201ENST00000356861 4962 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 RNFT2-202ENST00000319176 2180 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 PODXL2-201ENST00000342480 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 RNFT2-209ENST00000622220 2176 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 PHF1-201ENST00000374512 2224 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 SHKBP1-201ENST00000291842 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 EGFL6-201ENST00000361306 2398 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 ADPGK-AS1-201ENST00000563592 2730 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 AC139713.2-201ENST00000641328 2723 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 ARID1B-203ENST00000350026 7962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 PRKRIP1-208ENST00000496391 3430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 MAL-201ENST00000309988 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 PUSL1-201ENST00000379031 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 FLYWCH2-202ENST00000396958 1036 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 JPT2-204ENST00000561516 1065 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 CD24-208ENST00000622315 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 BACE1-203ENST00000428381 1333 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 LGALS9C-209ENST00000581545 1378 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 RNASET2-214ENST00000620173 1391 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 ILKAP-201ENST00000254654 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 P4HB-203ENST00000439918 1502 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 ATPAF2-206ENST00000474627 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 FBXO27-207ENST00000600828 1557 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 PODNL1-203ENST00000538371 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 BCAP29-202ENST00000379117 1946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 TMEM191A-208ENST00000450925 1961 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 CASC2-205ENST00000454781 2216 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 FAM66C-209ENST00000544214 2623 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 TES-201ENST00000358204 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 BBS5-202ENST00000392663 3107 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 SEPT2-245ENST00000616972 3446 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 IVNS1ABP-202ENST00000367498 4199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 EEPD1-201ENST00000242108 4765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 DCHS2-201ENST00000339452 5064 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 FAM234A-203ENST00000399932 3213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 MXRA8-209ENST00000477278 2728 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 CDK11B-207ENST00000626918 2457 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 UPP1-201ENST00000331803 1932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 CHST11-205ENST00000549260 5696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 ZBTB33-201ENST00000326624 5211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 KRT14-201ENST00000167586 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 NPIPA8-201ENST00000525596 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 ACTL6B-201ENST00000160382 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 LINC02361-201ENST00000538731 1484 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 CMTM7-202ENST00000349718 1214 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 CHPF-202ENST00000373891 1079 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 PSEN1-203ENST00000394157 1249 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 Z98884.1-201ENST00000451646 830 ntTSL 3 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 AC018445.1-201ENST00000621571 568 ntTSL 4 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 SH2D3C-203ENST00000373277 2750 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 FOXP1-214ENST00000493089 2703 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 RHOB-201ENST00000272233 2372 ntAPPRIS P1 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 CD177-203ENST00000618265 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 PRORSD1P-202ENST00000563365 2154 ntBASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 ADGRA3-202ENST00000334304 4566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 EIF3B-201ENST00000360876 3055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 SPON2-203ENST00000431380 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 NPEPL1-203ENST00000525817 1780 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 SEMA3D-202ENST00000444867 1605 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 CFP-203ENST00000396992 1592 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 DTX2-206ENST00000430490 2623 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 NLE1-203ENST00000586869 5286 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 TWF2-203ENST00000499914 1440 ntTSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 CEMP1-202ENST00000567119 1374 ntAPPRIS P2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 PLCL2-204ENST00000615277 4147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 TSPY8-201ENST00000287721 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 AC110769.1-201ENST00000420161 815 ntTSL 3 BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 TSPY10-201ENST00000428845 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 NELFE-206ENST00000444811 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 TSPY3-203ENST00000457222 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 FAM201B-201ENST00000458407 597 ntBASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 CLN6-206ENST00000565471 1075 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 AC009090.2-201ENST00000565829 472 ntTSL 3 BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 AL160286.2-201ENST00000567150 934 ntBASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 HLA-A-209ENST00000638375 975 ntBASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 ACTN3-203ENST00000513398 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 CHRNA10-201ENST00000250699 1945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 ZNF211-203ENST00000299871 2577 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 TSG101-201ENST00000251968 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 MRGPRG-AS1-201ENST00000420873 1818 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 ZNF517-201ENST00000359971 2335 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 ZNF133-210ENST00000535822 2341 ntTSL 3 BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 TP53I3-202ENST00000335934 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 ATPAF1-214ENST00000576409 4158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 AL390860.1-201ENST00000449298 1541 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 C19orf66-209ENST00000591813 1481 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 GAB1-201ENST00000262994 2648 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC39Q9UFE4 PCGF6-201ENST00000337211 1950 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.8 ms