Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

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Length 1,077 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 IL1R1-205ENST00000410023 5143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 LRRC25-201ENST00000339007 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 SEPT8-201ENST00000296873 4394 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 HLA-G-205ENST00000428701 1578 ntAPPRIS P2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 NUDT16-201ENST00000502852 1552 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 LYNX1-204ENST00000614491 4708 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 NPLOC4-201ENST00000331134 4415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 NT5C1A-201ENST00000235628 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 METTL21A-201ENST00000272839 1210 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 HP1BP3-202ENST00000375000 928 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 DMRT2-206ENST00000412350 1244 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 HOTAIRM1-203ENST00000429611 722 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 UBE2K-204ENST00000503368 891 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 PTTG1-205ENST00000520452 895 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 RPS15-203ENST00000586096 570 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 MIR6786-201ENST00000616843 113 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 MARK4-211ENST00000622871 1147 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 SQSTM1-216ENST00000626660 274 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 TADA2B-204ENST00000512388 1343 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 SEMA6D-205ENST00000389425 2318 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 AC026471.1-201ENST00000564629 3026 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 PTPRJ-202ENST00000440289 3158 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 PCDHB2-202ENST00000622947 2231 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.03
USP28Q96RU2 RCC2P3-201ENST00000418112 1537 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 KDM2A-202ENST00000398645 6511 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 SNX17-201ENST00000233575 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 PDE9A-209ENST00000398227 1606 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 ZNF385B-204ENST00000410066 3288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 KMT5B-206ENST00000405515 2869 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 CIZ1-226ENST00000629610 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 HLA-DRB1-201ENST00000360004 1229 ntAPPRIS P1 BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 CAMKK2-207ENST00000404169 2116 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 TSPAN4-209ENST00000409543 1031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 ANKRD54-204ENST00000411961 946 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 TMEM240-202ENST00000425828 717 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 FAM207BP-201ENST00000447172 505 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 AC008771.1-201ENST00000508000 1151 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 ISG20-210ENST00000560741 800 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 AL031600.3-201ENST00000566287 1124 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 TYROBP-209ENST00000589517 415 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 CDC14B-208ENST00000463569 1734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 ANKRD18DP-201ENST00000335478 2171 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 RIMBP3B-201ENST00000620804 6105 ntAPPRIS P1 BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 LHX8-201ENST00000294638 2373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 NSMAF-202ENST00000427130 3371 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 ACSM2A-201ENST00000219054 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 HARBI1-201ENST00000326737 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 GRB10-201ENST00000335866 5032 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 SAAL1-201ENST00000300013 1518 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 TTC22-201ENST00000371274 2149 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 MARK1-202ENST00000366918 5169 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 NFKB2-201ENST00000189444 3011 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 GPR42-201ENST00000454971 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 BIK-201ENST00000216115 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 TSPY20P-201ENST00000450910 630 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 FAM131A-208ENST00000453072 1038 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 MOK-228ENST00000523231 1114 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 FAM213B-215ENST00000537325 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 ABALON-201ENST00000629058 1903 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 PAQR4-202ENST00000318782 2793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 RNFT2-202ENST00000319176 2180 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 HAUS4-217ENST00000555367 1454 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 DNAJA3-203ENST00000431375 2294 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 AKT1S1-207ENST00000391835 3075 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 HNF1A-202ENST00000400024 2337 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 LYPD3-201ENST00000244333 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 SETMAR-206ENST00000430981 1671 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 SLC2A14-214ENST00000542505 1650 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 EML3-217ENST00000531557 2509 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 FAM110A-203ENST00000381939 1737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 CHTOP-207ENST00000614256 1840 ntTSL 3 BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 RAB4A-205ENST00000618010 2799 ntTSL 3 BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 SPNS1-204ENST00000352260 1948 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 NOP9-202ENST00000396802 1942 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 GPR83-202ENST00000539203 1909 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 RARRES1-201ENST00000237696 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 CCDC43-201ENST00000315286 2082 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 PGLYRP2-202ENST00000340880 2230 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 MCCC1-215ENST00000629669 2316 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 RRP7BP-201ENST00000357802 2375 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 BANP-223ENST00000538234 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 PCCA-202ENST00000376285 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 MCAT-202ENST00000327555 1134 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 SAPCD2P4-201ENST00000424595 1171 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 TMEM235-204ENST00000551068 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 SMAD7-207ENST00000589634 1278 ntAPPRIS ALT1 TSL 4 BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 TMEM191C-214ENST00000621561 1337 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 VIPR1-201ENST00000325123 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 IFNL4-203ENST00000634680 1421 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 SRMS-201ENST00000217188 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 CLN3-206ENST00000360019 1840 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 QPCTL-202ENST00000366382 1814 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 PPP2R2C-209ENST00000515571 1832 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 PPP2R2B-203ENST00000394411 2071 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 PRRT2-212ENST00000636619 2065 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 GPATCH3-201ENST00000361720 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 FBXL15-201ENST00000224862 2362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 DPAGT1-203ENST00000409993 3274 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 GAREM2-201ENST00000401533 4161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 C1QBP-201ENST00000225698 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
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