Protein–RNA interactions for Protein: Q96PV0

SYNGAP1, Ras/Rap GTPase-activating protein SynGAP, humanhuman

Predictions only

Length 1,343 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNGAP1Q96PV0 CHID1-203ENST00000436108 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SYNGAP1Q96PV0 PTGER2-201ENST00000245457 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SYNGAP1Q96PV0 MELTF-202ENST00000296351 1650 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SYNGAP1Q96PV0 AGAP3-202ENST00000397238 3225 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SYNGAP1Q96PV0 WNT5B-203ENST00000537031 1437 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
SYNGAP1Q96PV0 RHOBTB3-201ENST00000379982 5537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SYNGAP1Q96PV0 SCO1-203ENST00000577427 1601 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
SYNGAP1Q96PV0 NFIB-207ENST00000397579 3129 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
SYNGAP1Q96PV0 AC008105.1-201ENST00000587534 2003 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
SYNGAP1Q96PV0 DTNBP1-203ENST00000355917 1359 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
SYNGAP1Q96PV0 BCL11A-209ENST00000489516 1508 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
SYNGAP1Q96PV0 PAQR6-201ENST00000292291 1908 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SYNGAP1Q96PV0 FGF14-IT1-202ENST00000607251 2123 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
SYNGAP1Q96PV0 ADAMTS10-205ENST00000595838 2458 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
SYNGAP1Q96PV0 LEFTY2-202ENST00000420304 2085 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
SYNGAP1Q96PV0 TEX21P-204ENST00000641479 1693 ntBASIC21.29■■□□□ 1
SYNGAP1Q96PV0 TSPAN4-204ENST00000397404 1462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
SYNGAP1Q96PV0 KCNK7-202ENST00000342202 1283 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SYNGAP1Q96PV0 HIST1H2AI-201ENST00000358739 503 ntAPPRIS P1 BASIC21.29■■□□□ 1
SYNGAP1Q96PV0 DHRS4-203ENST00000397075 727 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
SYNGAP1Q96PV0 AL136038.4-201ENST00000603606 1261 ntBASIC21.29■■□□□ 1
SYNGAP1Q96PV0 C19orf25-202ENST00000436106 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SYNGAP1Q96PV0 EEF1A2-201ENST00000217182 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SYNGAP1Q96PV0 TCP11-209ENST00000444780 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
SYNGAP1Q96PV0 CDX4-201ENST00000373514 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SYNGAP1Q96PV0 GPR35-201ENST00000319838 2249 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
SYNGAP1Q96PV0 AMACR-205ENST00000426255 1316 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
SYNGAP1Q96PV0 EARS2-210ENST00000564501 2027 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
SYNGAP1Q96PV0 RGS11-204ENST00000397770 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SYNGAP1Q96PV0 MIR662-201ENST00000384847 95 ntBASIC21.28■■□□□ 1
SYNGAP1Q96PV0 UFSP1-201ENST00000388761 996 ntAPPRIS P1 BASIC21.28■■□□□ 1
SYNGAP1Q96PV0 CLDN7-204ENST00000571881 735 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
SYNGAP1Q96PV0 PNMA8A-203ENST00000602246 572 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC21.28■■□□□ 1
SYNGAP1Q96PV0 SMN2-213ENST00000614240 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
SYNGAP1Q96PV0 CDK2AP1-207ENST00000618072 1144 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
SYNGAP1Q96PV0 DHRS4L2-211ENST00000621761 1049 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
SYNGAP1Q96PV0 ANKRD36-207ENST00000639293 1168 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
SYNGAP1Q96PV0 BIN2-210ENST00000615107 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SYNGAP1Q96PV0 NEIL3-201ENST00000264596 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
SYNGAP1Q96PV0 LRFN4-201ENST00000309602 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
SYNGAP1Q96PV0 PHLDB3-201ENST00000292140 2591 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
SYNGAP1Q96PV0 LONRF3-202ENST00000371628 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
SYNGAP1Q96PV0 FBXL19-207ENST00000565690 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
SYNGAP1Q96PV0 NFIL3-201ENST00000297689 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
SYNGAP1Q96PV0 CYP2F1-201ENST00000331105 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
SYNGAP1Q96PV0 ENTPD8-204ENST00000472938 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
SYNGAP1Q96PV0 POLI-202ENST00000406285 2030 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
SYNGAP1Q96PV0 TNFSF11-203ENST00000398795 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
SYNGAP1Q96PV0 HEXIM2-201ENST00000307275 1528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
SYNGAP1Q96PV0 BCR-202ENST00000359540 4708 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
SYNGAP1Q96PV0 MEN1-206ENST00000377321 2614 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
SYNGAP1Q96PV0 PUF60-202ENST00000349157 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
SYNGAP1Q96PV0 TRAPPC3-209ENST00000616395 1336 ntTSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
SYNGAP1Q96PV0 CFAP77-203ENST00000393216 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
SYNGAP1Q96PV0 DNAJC8-201ENST00000263697 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
SYNGAP1Q96PV0 SNRPN-207ENST00000554227 1763 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
SYNGAP1Q96PV0 AL391807.1-203ENST00000604392 2365 ntBASIC21.27■■□□□ 1
SYNGAP1Q96PV0 NDUFS7-201ENST00000233627 1039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
SYNGAP1Q96PV0 STRA8-201ENST00000275764 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
SYNGAP1Q96PV0 GNGT2-201ENST00000300406 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
SYNGAP1Q96PV0 GDF5OS-201ENST00000374375 1734 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.27■□□□□ 0.99
SYNGAP1Q96PV0 LENG8-AS1-201ENST00000416022 582 ntTSL 3 BASIC21.27■□□□□ 0.99
SYNGAP1Q96PV0 ASCL5-202ENST00000458416 1420 ntAPPRIS P1 BASIC21.27■□□□□ 0.99
SYNGAP1Q96PV0 NDUFB9-202ENST00000517367 636 ntTSL 3 BASIC21.27■□□□□ 0.99
SYNGAP1Q96PV0 PRTN3-202ENST00000544537 1036 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
SYNGAP1Q96PV0 AC015961.2-201ENST00000589281 701 ntTSL 3 BASIC21.27■□□□□ 0.99
SYNGAP1Q96PV0 AP002414.4-201ENST00000589764 1148 ntBASIC21.27■□□□□ 0.99
SYNGAP1Q96PV0 PCSK6-214ENST00000611716 4409 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
SYNGAP1Q96PV0 AL732314.6-201ENST00000627721 484 ntTSL 4 BASIC21.27■□□□□ 0.99
SYNGAP1Q96PV0 CLN3-259ENST00000637551 1083 ntTSL 5 BASIC21.27■□□□□ 0.99
SYNGAP1Q96PV0 RBM42-201ENST00000262633 1680 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SYNGAP1Q96PV0 AL109659.2-201ENST00000606809 1674 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
SYNGAP1Q96PV0 NAA50-209ENST00000497525 1385 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
SYNGAP1Q96PV0 BLACE-201ENST00000378120 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SYNGAP1Q96PV0 RAC1-201ENST00000348035 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SYNGAP1Q96PV0 ZNF579-201ENST00000325421 2899 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
SYNGAP1Q96PV0 HGFAC-204ENST00000511533 2016 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SYNGAP1Q96PV0 DOK1-201ENST00000233668 2555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SYNGAP1Q96PV0 MAFG-202ENST00000392366 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SYNGAP1Q96PV0 PACRGL-203ENST00000444671 1720 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
SYNGAP1Q96PV0 TTYH3-201ENST00000258796 4840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SYNGAP1Q96PV0 KLHL11-201ENST00000319121 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SYNGAP1Q96PV0 KHDC1-202ENST00000370384 1430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SYNGAP1Q96PV0 KRT8P7-201ENST00000533003 1432 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
SYNGAP1Q96PV0 PGLS-201ENST00000252603 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SYNGAP1Q96PV0 YWHAZ-204ENST00000395953 994 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
SYNGAP1Q96PV0 CHCHD2P8-201ENST00000429873 447 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
SYNGAP1Q96PV0 LINC01128-207ENST00000449005 874 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SYNGAP1Q96PV0 AC111152.3-201ENST00000569699 673 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
SYNGAP1Q96PV0 NAA38-203ENST00000575071 553 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
SYNGAP1Q96PV0 RN7SL510P-201ENST00000581311 263 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
SYNGAP1Q96PV0 TH-202ENST00000333684 1535 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SYNGAP1Q96PV0 AQP11-201ENST00000313578 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
SYNGAP1Q96PV0 PDLIM3-202ENST00000284770 1766 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
SYNGAP1Q96PV0 HCK-207ENST00000520553 2101 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
SYNGAP1Q96PV0 EML2-220ENST00000589876 2364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
SYNGAP1Q96PV0 PRKRA-203ENST00000432031 1344 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
SYNGAP1Q96PV0 SRP9-203ENST00000366839 1596 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
SYNGAP1Q96PV0 UTP4-201ENST00000314423 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
SYNGAP1Q96PV0 ARID3C-201ENST00000378909 1411 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.1 ms