Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 P3H1-204ENST00000397054 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXA4Q00056 AC087457.1-201ENST00000503496 2727 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXA4Q00056 KCNMA1-278ENST00000640141 5705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXA4Q00056 GDPD1-201ENST00000284116 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXA4Q00056 ARAP1-AS2-201ENST00000500163 1824 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXA4Q00056 ACVR1B-201ENST00000257963 4563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXA4Q00056 ACTG1-201ENST00000331925 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXA4Q00056 ABI3-202ENST00000419580 1718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXA4Q00056 KRT13-208ENST00000587544 1456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
HOXA4Q00056 RILPL2-201ENST00000280571 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXA4Q00056 ADAM33-202ENST00000356518 3677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXA4Q00056 MEGF9-201ENST00000373930 6298 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXA4Q00056 MFSD10-202ENST00000355443 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXA4Q00056 FMR1-206ENST00000370477 3437 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXA4Q00056 GTPBP3-222ENST00000600625 2493 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXA4Q00056 CXorf40A-208ENST00000434353 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXA4Q00056 DIO1-201ENST00000322679 1658 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXA4Q00056 GPAT2P1-201ENST00000444924 1672 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXA4Q00056 DIO1-217ENST00000617230 1656 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXA4Q00056 LARGE2-208ENST00000531526 2528 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXA4Q00056 GPR42-201ENST00000454971 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXA4Q00056 PLEKHG5-206ENST00000377748 5221 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXA4Q00056 VCY1B-201ENST00000250823 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXA4Q00056 VCY-201ENST00000250825 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXA4Q00056 PTMS-201ENST00000309083 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXA4Q00056 ING1-202ENST00000338450 1189 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXA4Q00056 AL445685.1-201ENST00000425802 762 ntTSL 3 BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXA4Q00056 SPAG16-207ENST00000432529 1250 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXA4Q00056 SLC39A2-203ENST00000554422 1259 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXA4Q00056 ARL16-209ENST00000573715 763 ntTSL 3 BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXA4Q00056 ARL16-211ENST00000576135 694 ntTSL 3 BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXA4Q00056 CDKN2A-213ENST00000579122 666 ntTSL 3 BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXA4Q00056 AC008763.3-201ENST00000597959 777 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXA4Q00056 MRPL3-201ENST00000264995 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXA4Q00056 KMT5B-206ENST00000405515 2869 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXA4Q00056 RIOX2-201ENST00000333396 5347 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXA4Q00056 CSPG5-202ENST00000383738 4161 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXA4Q00056 AL499627.1-201ENST00000569373 2188 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXA4Q00056 LIPG-203ENST00000577628 2323 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXA4Q00056 AC104581.1-202ENST00000635932 2618 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXA4Q00056 NADK-201ENST00000341426 3235 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXA4Q00056 RPRM-201ENST00000325926 1471 ntAPPRIS P1 BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXA4Q00056 CAPZB-202ENST00000264203 2068 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXA4Q00056 HTRA3-201ENST00000307358 2541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
HOXA4Q00056 PON1-201ENST00000222381 2568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 EPB41L2-211ENST00000525271 2568 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 LTBP4-201ENST00000204005 5032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 ZNF74-203ENST00000403682 2789 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 NPNT-203ENST00000427316 2481 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 SHE-201ENST00000304760 6243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 DMD-208ENST00000378680 1858 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 AC116565.2-201ENST00000637674 1854 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 CDC14B-203ENST00000375242 2965 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 PRRT1-202ENST00000375150 1726 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 BUB3-202ENST00000368859 667 ntTSL 3 BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 RHOC-204ENST00000369633 1295 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 TIMM17B-201ENST00000376582 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 TRPT1-203ENST00000394547 865 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 PLEKHB2-203ENST00000404460 1167 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 ABHD11-207ENST00000458339 890 ntTSL 3 BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 RPL29-202ENST00000466397 742 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 MIR1302-2HG-202ENST00000473358 712 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 AC140725.1-202ENST00000561145 712 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 NAPSB-206ENST00000562112 1266 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 ARHGDIA-207ENST00000580685 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 AL158151.3-201ENST00000599172 696 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 AL590627.2-201ENST00000637510 144 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 DIO3OS-212ENST00000557661 1937 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 AC005082.1-201ENST00000413042 2259 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 TMTC1-203ENST00000539277 2758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 CLIP2-201ENST00000223398 5563 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 CUTC-202ENST00000370476 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 SHC3-202ENST00000375835 9768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 PGAM1-201ENST00000334828 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 TBC1D4-204ENST00000431480 6347 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 PDE8A-202ENST00000339708 2663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 RND1-201ENST00000309739 1681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 KRAS-203ENST00000556131 1696 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 FGFBP3-201ENST00000311575 2545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 SAYSD1-201ENST00000229903 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 TNFRSF8-202ENST00000413146 2363 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 PHF12-205ENST00000577226 7679 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 LINC01568-207ENST00000641790 1380 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 CDC14B-208ENST00000463569 1734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 PAQR6-201ENST00000292291 1908 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 AP2M1-201ENST00000292807 1931 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 ATP6V1G2-205ENST00000303892 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 MB21D1-202ENST00000370318 1917 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 NECTIN3-206ENST00000485303 3664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 PTTG1IP-204ENST00000445724 2497 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 KCTD20-210ENST00000536244 5345 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 NDOR1-203ENST00000427047 2315 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 CAMK4-210ENST00000512453 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 CHRNA4-207ENST00000615287 5643 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 AGAP4-201ENST00000311652 2715 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 MUC1-211ENST00000438413 927 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 AC108025.1-201ENST00000453678 1058 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 MNX1-AS1-201ENST00000480284 1041 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 AP003041.3-201ENST00000527151 707 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXA4Q00056 AC002094.1-201ENST00000591482 1050 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.3 ms