Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
VPS28Q9UK41 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.9■■□□□ 1.74
VPS28Q9UK41 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.9■■□□□ 1.74
VPS28Q9UK41 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC25.9■■□□□ 1.74
VPS28Q9UK41 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.89■■□□□ 1.74
VPS28Q9UK41 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
VPS28Q9UK41 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
VPS28Q9UK41 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
VPS28Q9UK41 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.88■■□□□ 1.73
VPS28Q9UK41 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
VPS28Q9UK41 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
VPS28Q9UK41 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.87■■□□□ 1.73
VPS28Q9UK41 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
VPS28Q9UK41 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
VPS28Q9UK41 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
VPS28Q9UK41 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
VPS28Q9UK41 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
VPS28Q9UK41 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
VPS28Q9UK41 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC25.85■■□□□ 1.73
VPS28Q9UK41 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
VPS28Q9UK41 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
VPS28Q9UK41 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
VPS28Q9UK41 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
VPS28Q9UK41 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
VPS28Q9UK41 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
VPS28Q9UK41 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
VPS28Q9UK41 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
VPS28Q9UK41 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC25.84■■□□□ 1.73
VPS28Q9UK41 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
VPS28Q9UK41 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
VPS28Q9UK41 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
VPS28Q9UK41 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC25.83■■□□□ 1.73
VPS28Q9UK41 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC25.83■■□□□ 1.72
VPS28Q9UK41 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
VPS28Q9UK41 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
VPS28Q9UK41 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC25.82■■□□□ 1.72
VPS28Q9UK41 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
VPS28Q9UK41 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
VPS28Q9UK41 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
VPS28Q9UK41 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
VPS28Q9UK41 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC25.81■■□□□ 1.72
VPS28Q9UK41 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC25.81■■□□□ 1.72
VPS28Q9UK41 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
VPS28Q9UK41 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC25.81■■□□□ 1.72
VPS28Q9UK41 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
VPS28Q9UK41 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
VPS28Q9UK41 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
VPS28Q9UK41 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
VPS28Q9UK41 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
VPS28Q9UK41 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
VPS28Q9UK41 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
VPS28Q9UK41 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
VPS28Q9UK41 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
VPS28Q9UK41 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
VPS28Q9UK41 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
VPS28Q9UK41 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
VPS28Q9UK41 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
VPS28Q9UK41 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
VPS28Q9UK41 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
VPS28Q9UK41 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
VPS28Q9UK41 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
VPS28Q9UK41 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
VPS28Q9UK41 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.77■■□□□ 1.72
VPS28Q9UK41 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
VPS28Q9UK41 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
VPS28Q9UK41 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC25.76■■□□□ 1.71
VPS28Q9UK41 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
VPS28Q9UK41 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
VPS28Q9UK41 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
VPS28Q9UK41 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC25.76■■□□□ 1.71
VPS28Q9UK41 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
VPS28Q9UK41 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
VPS28Q9UK41 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
VPS28Q9UK41 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
VPS28Q9UK41 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC25.75■■□□□ 1.71
VPS28Q9UK41 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC25.75■■□□□ 1.71
VPS28Q9UK41 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC25.74■■□□□ 1.71
VPS28Q9UK41 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC25.74■■□□□ 1.71
VPS28Q9UK41 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
VPS28Q9UK41 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC25.74■■□□□ 1.71
VPS28Q9UK41 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
VPS28Q9UK41 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
VPS28Q9UK41 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
VPS28Q9UK41 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC25.73■■□□□ 1.71
VPS28Q9UK41 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
VPS28Q9UK41 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
VPS28Q9UK41 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
VPS28Q9UK41 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
VPS28Q9UK41 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
VPS28Q9UK41 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
VPS28Q9UK41 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
VPS28Q9UK41 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
VPS28Q9UK41 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
VPS28Q9UK41 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
VPS28Q9UK41 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
VPS28Q9UK41 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
VPS28Q9UK41 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC25.71■■□□□ 1.71
VPS28Q9UK41 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
VPS28Q9UK41 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC25.7■■□□□ 1.7
VPS28Q9UK41 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.5 ms